（三）后期的变质崩溃
在律令法时代的后期，律令体制趋于崩溃，律令的规定逐渐被忽视，尤其是到了12世纪后期，随着封建制度的确立，地方势力的扩张，被称之为武家法的习惯法逐渐开始占据主宰位置，律令法虽然并没有退出历史舞台，但是其影响已经微乎其微。例如，在律令法时代后期，律令中规定的刑罚以及执行方面都被极大地改变了。根据律令的规定，死刑只有绞和斩两种，但在宝龟四年（公元773年），对于防火犯与盗贼增加了格杀，既被发现的民众打杀。但在弘仁九年（公元818年），规定对于犯盗贼罪者，不问罪行的轻重，一律处以徒役。此后，不仅仅是盗贼罪，即使是其他犯罪，也回避适用死刑，这一做法一直延续至12世纪中期。再如，在长期的实践之中，形成了针对官员的习惯处罚法，针对犯罪的官员，新增了除藉（剥夺上殿的资格）、勘事（停止参加公事的资格）、召笼（禁止位于殿堂某些特定位置）等处罚方式。
此外，在律令法时代中后期，祓除刑得以复兴。本来，根据律令的规定，刑罚只有适用于全体国民的死、流、徒、杖、笞五种主刑以及没官与移乡等附加刑与替代刑等，祓除刑被排除在外。但是到了延历二十年（公元801年），祓除刑开始抬头，对于犯有各种禁忌的，作为习惯，处以祓除刑，这其实就是变更了律令的规定。[40]
律令体制崩溃与律令式微的原因，可以从多个方面解释，例如地方诸侯势力大涨，土地制度的改变等等。[41]从法制的角度而言，可以认为其原因主要在于以下几个方面：第一，律令政治机构的空洞化，体现在如下几个方面，首先，在律令法时代中后期，出现了摄政制度（辅佐年幼的天皇代行国政）、关白制度（通过天皇的委任执行国政），这都超越了以天皇为中心的中央集权制的律令国家的基本框架。
其次，作为管理地方政务的制度，当时规定了受领国司（以四年或者六年为期，在任命的地方管理政务），与遥任国司、遥受国司（不到地方赴任，委托当地的官员代理政务），此外还有员外国司、权任用国司以及实质上就是卖官的假名国司等，这些制度导致了地方政务松弛，也导致中央政权对地方控制力的减弱。
再次，军团的废止。公元7世纪，为了应对新罗等外国以及国内的诸侯势力，律令国家建立起了强大的军团，为此不得不征收大额的军团维持费。此后，为了减轻社会负担，中央政权废止了军团制。这虽然减轻了社会负担，有利于民生，但是废止了支持中央集权的军团，也导致了中央控制力的减弱，并产生了负有追捕、缉盗责任的追捕使、押领使等储备私兵的危险。
最后，官员专权，恩赦滥用。随着律令国家基本框架被破坏，中央政府对地方控制的减弱，出现了官员专权的现象。例如在当时在刑部省的裁判、狱务管理中，对于放火、盗贼、私铸钱等行为，存在私自处以律令中没有规定的刑罚，以追求威慑的效果的现象。同时，因为怨灵思想或者天现祥云等自然现象，当权者滥用恩赦，歪曲了律令中的宽刑思想，导致了治安的恶化，使刑罚制度逐渐成为了形式性的存在。
第二，律令手续的繁琐，私法不备。例如在当时的诉讼中，民、刑不分，而且各部司的管辖繁杂，主管刑政的刑部省不仅负责裁判、狱务，而且负责户籍、债务等。此外，律令本身就是与国家的行政功能密切联系的，以诏敕、官位、地租等为中心构成，所以公法的内容处于优先的地位，这同时导致了私法的内容严重缺失。
第三，地方习惯优先。律令制国家本来就是在以习惯法为主要渊源的氏族国家的基础上发展而来，习惯法在地方上本来就深入民心，兼之如上所述，中央对地方的控制力减弱，所以在地方上，习惯法的适用优先于律令规定。郡司在诉讼中经常通过神意裁判处理案件。例如，在当时的但马国朝来郡内，某一根据律令提起诉讼的女性，因为郡司的劝谕回到乡里，备受同村之人侮辱。再如，弘仁二年（公元811年），为了除去谱代终身的地方豪族担任郡司的弊端，中央政府派遣了通晓律令者担任地方的郡司，但是却遭受了强烈的抵制，以至陷入了“为政则不合实情，听讼难以决断，于公难以善政，于私烦忧不断”的困局。[42]这也表明了在郡司的管辖之下，地方豪族的名望、权势与保守的地方习惯是如何的根深蒂固。
三、封建法时代
就日本封建制度形成的时间与标志，在日本的史学界尚存在争议，有的学者甚至认为，封建制度一词是否适用于日本社会，都还存在争议的余地。[43]现在的通说认为，日本进入封建社会的标志是12世纪末期镰仓幕府的成立，而1868年的明治维新则标志着日本封建社会的结束与近代资本主义社会的开始。[44]从12世纪末至19世纪后期近700年的封建时期，在刑法思想史上，可以大致分为两个时代，即镰仓·室町时代（12世纪末至17世纪初）与德川时代（17世纪初至19世纪后期），因为德川幕府的驻在地被称为江户城，所以德川幕府时代通常也被称为江户时代。
（一）封建法的形成
1.封建国家的形成
（1）镰仓·室町时代
日本从律令国家向封建国家的国度，始自于土地制度的变更与庄园制的形成。首先，土地制度的变更。律令制国家虽然存在班田制，即中央政权在以公地公民为原则的前提下，将一定的土地分封给臣下百姓，但是班田制的对象仅限于已经开垦的水田，寺田、神田以及个人的宅地，国家承认永为个人所有。因为山林原野为公私共利，所以中央贵族与地方豪族的宅地也处于一定的限制之中。但是进入8世纪之后，随着分封给百姓的田地不足，中央政权于养老七年（公元723年）颁布了《三世一身法》，鼓励开垦荒田，天平十五年（公元743年），中央政权颁布了《垦田永世私财法》，承认开垦土地的永代所有权。以此为契机，王公贵族、寺庙神社、地方豪族，纷纷大肆开垦、收购土地，在各地设下庄园。于是，权门世家的大土地所有制慢慢成为了社会构成基础的重要组成部分之一，庄园制逐渐形成。[45]
其次，庄园制的形成。在庄园的内部，大致可以区分出领主、庄官、庄民。领主，即庄园的所有名义人，如果存在三位以上的领主，则称为领家。领主既是庄园的所有人，同时也对司法权、行政权等公法权力行使具有支配权，在主要瞩目这一侧面时，领主被称之为本所。为了保护庄园不受官衙的侵害，领主将所得的一部分上交给皇族、摄政家族等上级豪门世家，将之称为本家。在这种场合，本家是庄园最上层的名义所有者。领家为了管理庄园，支配庄民，设置了庄官。庄官由领家派遣，作为其代理人，管理庄务。从领主处获得土地进行耕种，每年向领主缴纳贡品者为庄民，又被称为作人、百姓。[46]公元11世纪开始，随着庄园公领制确立，大大小小的庄园在日本社会的政治、经济结构中获得了支配地位。各个庄园为了确保自身的安全与统治，开始蓄养自己的武装力量，武士阶层由此产生，并很快扩大，形成了强大的势力，为武家政权的成立奠定了基础。
如此，从最初的庄园制开始，慢慢“形成了马克思主义历史学中所谓的封建制度，即以领主对小经营农民进行人格支配，并通过经济强制实现地租的生产关系（广义上的农奴）为基础的社会体制。”[47]
鸟羽天皇（公元1107年-公元1123年在位）驾崩之后的自公元1156年开始，各武家势力之间的激烈争斗爆发，并一直持续至镰仓幕府的成立。关于镰仓幕府成立的时间，目前在日本史学界尚存在争议，有的观点认为是公元1180年，有的认为是公元1192年。[48]但总体而言，有两点是可以确定的：其一，大致说镰仓幕府成立与12世纪末期，基本上是稳妥的；其二，公元1192年，当时的源赖朝氏（1147-1199）就任征夷大将军，标志着武家政权的正式成立，征夷大将军也在其后将近700年的时间里，成为了武家政权的标志。
幕府，本来指将军出征时的幕营，在日本的法制史上，则指从镰仓时代到江户时代的以武家政权为栋梁的军事政权。在镰仓幕府成立后，在日本社会就形成了两重权力构造：公家政权，即以天皇为核心的政权，与武家政权，即以幕府为核心的军事政权。镰仓幕府的统治延续近一个半世纪，于公元1333年被后醍醐天皇（公元1318-公元1339年在位）联合其他武家势力灭亡，其后日本再次陷入了战争内乱，进入了光严天皇（公元1331年-公元1333年在位）与光明天皇（公元1336年-公元1348年在位）为北、后醍醐天皇为南的南北朝对立时期。1336年，继镰仓幕府之后，室町幕府成立。公元1392年，室町幕府主导南北朝和谈，并取得了实际的支配权。在室町幕府统治期间，虽然发生了数次大的动乱，但室町幕府的统治一直延续到公元1573年。在室町幕府灭亡后，直至17世纪初，日本国内一直处于战争期间，史称战国时期。[49]
