一、刑罰手段的科學解釋
反對化學去勢的刑罰有兩種說法，一種是基於司法精神醫學的考量，認為化學去勢將使受刑人的犯罪手段轉趨殘暴；另一種則是認為化學去勢違反人格尊嚴。前者引發一個刑罰論上的爭議-刑罰的本質或目的是什麼；後者則引發法哲學上的爭議-人格尊嚴的法理是什麼。
（一）、刑罰論的科學解釋
按教科書上的通說，刑罰理論包含報應說、一般預防說、特別預防說。報應說源於自然法，是以「善行善報、惡行惡報」為原則；一般預防說即法經濟學的「威嚇理論」，強調適度刑法可以減低犯罪率，應是以Becker的法經濟犯罪理論為基礎；特別預防說是強調刑罰的教育或改善功能，認為刑罰應有助於改善罪犯的預期行為。
其實，從動物學家與人類學家幾十年前的研究，已經知道法規範與制度不過是群居動物的生物經濟學中的一環，用來減低生物維持生存或改善生活的群居成本-即使群居的低等動物（如螞蟻或蜜蜂）亦有類似法律制度的群居規則。法律制度的主要功能就是有效維繫社會制度、降低紛爭與交易成本或適當分配利益，可以說是以司法能量減少社會的熵（entropy）增加-合乎熱力學第二定律。所以，刑罰的本質或目的是維繫已存在的法律制度與重要法益，或減低維持生存與改善生活的群居成本-簡單說叫「社會成本（social cost）」。
源於自然法的報應說在古代的冰島、古代的中國、美國建國初期都很盛行-應是部落社會與封建社會初期的世界潮流，對於維護社會和諧有相當幫助-能減少一些社會成本。不過，難免有過度遵循進化論的物競天擇原則，導致社會經常出現「鬥雞賽局」的失控現象，而引發大小戰爭或家族（黑道）火拼。
一般預防說應是屬於政治組織更為健全的群居社會-包含封建帝制與民主政治社會，健全的政治組織有執行公權力的機關，可成為公正的第三者-例如「類封建部落」的酋長或長老會，能設計出比「以牙還牙」的報應說更為精緻的刑罰體系，亦有雛型的獄政管理-如自由刑或勞役刑，顯現「政府」已有能力獨占刑罰權。這樣的刑罰體系當然更具有法和平性，更能避免紛爭擴大以減少社會成本。
特別預防說大概與人類的科技文明發展有關；隨著科技文明的進步-如行為科學、神經心理學、精神醫學的發展，人類已經了解部分犯罪行為有可能給予強制治療或教育而改善。此外，改善受刑人通常可以改善一個家庭，這樣的外部效益顯然大於純粹給予報應或對社會的威嚇效果。不過，過度的特別預防可能減低一般預防的外部效益-使犯罪率應減而未減，反而增加社會成本。
（二）、特殊刑罰手段-化學去勢的科學解釋
如果「化學去勢將使受刑人的犯罪手段轉趨殘暴」這個判斷為真，那表示受刑人的再犯可能性相當高，而且這類受刑人已經是「危險人物」；而這樣的判斷已經隱含「行為刑法」轉向「行為人刑法」的意義。
其次，在不考慮變態心理學之下，按生理醫學上的研究可知，化學去勢將使受刑人的睪固酮（Testerone）濃度下降，有助於減低受刑人的性焦慮或性衝動，使其回復平靜。如此情況下，若仍將使受刑人的犯罪手段轉趨殘暴，表示刑法有從「行為刑法」轉向「行為人刑法」的必要，亦表示現有的刑罰理論對這類的受刑人都無用-即無威嚇效果亦無改善可能。因此，這類的受刑人縱使不施以化學去勢，亦難保證其犯罪手段不會轉趨殘暴，或很難預測其犯罪手段何時會轉趨殘暴。果真如此，對這類的受刑人施以化學去勢配合強制監控與強制治療，可能才是最佳的處遇措施。
當然，若性工作者已合法化為服務業之從業人員，讓性侵犯得同意從事性服務業以免除去勢之刑罰，並將其所得抵償所科處的罰金，是最符合各種刑罰理論-可能還包括報應理論-的刑罰。
二、人格尊嚴原則及其根源之科學解釋
基於人道主義（或人格尊嚴）酷刑應予禁止，那麼，人格尊嚴的法理是什麼？若是基於正義的要求，那麼，正義的法理是什麼？從前述可知，化學去勢不是酷刑，應無違背人格尊嚴。若化學去勢是酷刑，當然違背人格尊嚴，則有必要研究人格尊嚴的法理是什麼。
如果所有的法原則都源於正義的法哲學，那麼毫無疑問，人格尊嚴就是源於正義的要求。有關正義的理論或爭議，已經汗牛充棟而眾說紛紜，本文毋庸贅述。若人格尊嚴是源於正義的要求，兩者之間的關聯是什麼？才是本文應該探究的問題。
若從法釋義學研究人格尊嚴與正義的關聯，實在很難擺脫捉襟見肘的窘境；頂多只能牽強附會一番，然後試圖自圓其說。因為，正義似乎已是法學上的終極公設（axiom）-無法再探究其源由。於是，法哲學家們各有一套解釋正義為何的說法，但鮮見法哲學家們解釋正義的來源是什麼或其上位概念為何。故從法釋義學研究人格尊嚴與正義的關聯，除了釋義上的困難之外，還必須面對如何解釋正義之正義的挑戰-或說明此挑戰不存在的原因。
不過，法釋義學原本就是人類建構用來方便綜觀法學脈絡的象牙塔，自然有其遠見的侷限；在象牙塔的侷限內鑽研，終究還是鑽不出象牙塔。因此，只好從生物經濟學來尋求解釋或理論的圓滿；從生物經濟學來看，人格尊嚴與正義的關聯或源頭，皆與減低生物維持生存或改善生活的群居成本有關-因為這攸關「種族的延續」且為「自私的基因（the selfish gene）」所控制。
