基本权利性质、类型与功能的复杂性和发展变动性导致国家保护义务的结构十分复杂。同时，国家尊重义务和实现义务（特别是其中的满足义务）的不履行都需要国家保护义务来弥补或者说都会引起国家的保护义务。换句话说，即便国家负有尊重的义务和实现的义务，侵犯人权的行为--无论是来自国家自身的公共权威，还是来自其它私法主体--仍有可能发生和存在。因此，国家还必须保护基本权利免受来自任何方面的侵害。
基本权利的国家保护义务“旨在要求国家机关必须尽到保护人民基本权利之义务，使人民之权利免于遭受公权力或者第三人之侵害”，“旨在强调国家不仅应‘尊重’人民之自由，不妄加干预，尚应采取各种不同的防范措施，以创设并确保人民行使自由之‘客观条件’，达到‘保护’人民权利之目的。”[27]保护义务首要含义实际上是需要设计并实施确保国家不违反“尊重”义务的制度和当违反尊重义务时应给予的救济制度（关于当违反“实现义务”时应给予的救济制度。广义说也应是“保护义务”之内涵，但这一问题我们在后面专门讨论国家的“实现义务”时再论）。保护义务的进一步含义当然也应包括国家需要设计并实施确保第三者不违反“尊重义务”和当违反“尊重义务”时应给予的救济制度。换句话说，救济制度的设计与实施是针对侵犯基本权利的主体，这一主体既包括国家也包括第三人，这涉及到在基本权利人、第三人和国家三者的关系中的国家行为义务。保护义务的实现也就是这种制度的设计与实施产生了基本权利的“司法受益权功能”（也有学者称之为消极的受益权功能[28]），由此也产生了国家赔偿的请求权、请愿权、接受裁判权等一系列的受益权。这些权利的设计与实现也就是国家保护义务实现的具体表现。关于国家保护义务是否针对第三者的侵害问题，学界也进行了一系列的深入讨论。这里引用德国学者杜端的观点是必要的，他“承认宪法基本权利，并非是专门为第三者之权力（Dritte Gewalt）而制定，而是针对国家权力而产生！但是，基于《基本法》第一条三项之规定，基本权利之规定，对司法（视为国家权力行使之一种）有直接拘束力，所以，基本权利之规定，毫无疑问的，是对民事诉讼之种类和方式是有直接的效力。但是，基本权利规定对民事法院审判的拘束之内容上的范围，则端视事实上所应适用的实质民事法律所应受到基本权利之拘束的程度而定。”[29]“任何民法不能和基本权利相违背，并应依其精神，来予以解释。”因而，在民事案例中，法院有义务“对民法条文必须依照基本权利之规定来适用及解释。”[30]
基本权利的国家“保护义务”主要是针对国家权力而设计的，这种“保护义务”首先通过宪政制度设计中的权力分立与权力制约来实现，即国家权力、法治和彼此的制约是实现国家对权利“尊重”和“保护”义务的有效形式。同时，通过对公民国家赔偿请求权、请愿权、接受裁判权等消极受益权的实现来有效约束国家权力，实现对基本权利的“尊重”与“保护”。保护义务实现中至关重要的是救济制度、特别是司法救济制度的确立与完善，甚至可以说，消极受益权实现的主要内涵在于国家给权利人受到国家侵害时提供何种救济，在受到第三人侵害时提供何种保护。因此，传统的国家义务观甚至把司法救济与程序制度看成人权保障的基本形式，甚至认为“司法机关=人权的保护神。”[31]
但这种“保护义务”当然也存在于任何一种有可能被第三人侵害的基本权利之中，当受到第三人侵害时，国家当然也负有相应的义务，这种义务通过立法权、行政权、司法权等不同的方式体现出来。国家立法机关的保护义务主要表现为及时通过立法将宪法基本权利具体化、法律化。抽象的宪法权利具体化、法律化才能真正使基本权利得到保护与实现。司法机关的保护义务在涉及第三人效力的案件审理中，法院应根据宪法基本权利的精神，正确运用法律，以达到基本权利保护之目的。行政机关也负有保护的义务，特别是当公民基本权利受危险时，行政机关应主动为权利人提供保护。
最后，基本权利的国家实现义务。
基本权利的实现义务是随着基本权利由自由权向社会权扩张、延伸的必然产物，因为对社会权性质的认识不同导致对国家实现义务的理解也大相径庭。一般来说，基本权利的国家实现义务至少包括二个层面：一是满足的义务，二是促进的义务。长期以来，对社会权是否可诉一直存在争论，个中原因之一在于对社会权性质所要求的国家实现层次结构认识不清。实际上，国家对社会权的实现义务至少包括二个层次，我们称之为“满足的义务”层次和“促进的义务”层次。
就“满足的义务”层次而言，它属于“最低限度的核心义务”层次，也就是联合国经济、社会和文化权利委员会就《经济、社会、文化权利国际公约》的实施提出的“第3号一般性意见”要求的“每个缔约国都有责任承担最低限度的核心义务，以确保使每项权利的实现均达到一个最基本的水平。”[32]也有人权理论把这类义务归结为结果的义务即国家满足的义务。“如果一个缔约国内有任一较大数目的人被剥夺了粮食、基本初级保健、基本住房或最基本的教育形式，该缔约国等于没有履行《公约》下的义务。如果不把《公约》看作是确立此种最低义务的限度的核心义务，那就等于使其基本上失去了存在的理由。”[33]对不同社会权利，国家满足的义务要求也不相同。
