（一）立法明确检察工作一体化的机制
检察工作一体化无疑首先强调的是效率价值、秩序价值，是一种行政化倾向的改革，虽然这一改革对检察工作来说是必要的而且是合理的，但必须注意规避检察工作一体化实际运行中可能出现的行政化弊端。行政的重要特点是在权力运行中强调下级服从上级，并在行政决策中强调合理性，这就给上级机关或官员任意不任法留下可乘之机，造成整个部门或部门内部的小团体主义，反而破坏了效率价值和秩序价值，更加破坏了自由和正义价值。因此，检察机关推行的检察工作一体化，必须首先在立法上做出系统而完善的规范，对检察工作一体化的运行依据、运行原则、运行规则、保障措施作出详细规定，做到有章可循、有据可依，合法合理而且合乎诉讼规律，切不可像搞政治运动一样武断地推行检察一体化，否则检察一体化可能仅仅是领导权力膨胀的工具和借口而已。
（二）建立书面存档制度
为了避免检察工作一体化的弊端，避免上级检察机关或检察官借一体化机制任意干涉下级检察机关和检察官的正常工作，使得检察工作一体化实现规范化，应当建立书面存档制度。即上级人民检察院对下级人民检察院，各级人民检察院检察长、部门负责人等向办案检察人员发出的指示、指令等不得采取口头、电话、传话、短信等形式。这些指示、指令必须采取书面的方式，并予以存档。根据《法国刑事诉讼法》第36条的规定，上级的指令应当采取书面形式并且归入诉讼案卷[2]。这样做的目的就是规范检察指令行为，为监督检查、实现责任追究提供依据。法国的规定无疑具有借鉴意义。另外，司法实践中，上级检察院的指令可能与检察官所了解的案件客观事实有出入。在此种情况下，办案检察官有责任向发出指令的上级院汇报案情及相关证据，提出自己对案件的处理意见。如果上级院在了解案情后仍坚持原有指令，办案检察官应当执行上级指令。但是，如果上级指令明显有违国家法令，办案检察官有权向发出指令的检察院的上级反映实情，请求撤销明显违法的指令。这些指令、请求均应归入案卷，作为责任追究和承担的直接依据。
（三）正确处理检察工作一体化与发挥检察官自主性的关系
近年来，检察改革如火如荼，上至最高人民检察院下到基层人民检察院，推出的改革措施很多。总结这些改革措施，不难发现其中的两种倾向：强化检察一体化与推进检察官独立。我国法律没有规定检察官独立行使检察权，从中无法发现检察官独立行使检察权的字眼，但检察改革中推出的主诉检察官制度、主办检察官制度已经得到全面推行，这些改革都强调检察官的独立性，注重发挥个体检察官的作用。《检察改革三年实施意见》提出“改革检察官办案机制，全面建立主诉、主办检察官办案责任制”，要求“建立、健全检察官办案责任制。健全、落实检察业务工作中的主诉、主办检察官办案责任制，依法明确主诉、主办检察官承办案件的程序和职权。”从上述高检院的指导文件中可以看出其加强检察官独立性的决心。“改革检察业务工作机制。实行主诉检察官办案责任制，有2960个检察院择优选任主诉检察官9000多名，明确了办案责任，提高了公诉质量和效率。”[1]“全国已有86％的检察院实行了主诉检察官办案责任制。”[2]从中不难看出各级检察机关在检察官独立性改革上的良苦用心。从当下的检察改革实践中，不难发现检察官已经获得了诉讼法上的主体地位并且取得了越来越大的独立性。
