关于制度保障的上述两种学说的差异，也为第29条第2款、第3款的解释带来重要的差异。私有财产制单独保障论认为，第2款规定，通过法律，赋予国家行使由第1款所保障的私有财产制度适合于公共之福祉的权限，并且，关于根据本款进行的规范，只要其是一般性规制(只要是个别性权利的限制，就不是财产制度的规制，所以，就属于本款的机能之外了)，没有补偿也是可能的，第3款的存在理由，就在于允许违反平等原则(第14条)的个别的侵害，并且，基于平等原则，就需要予以损失补偿。
与此相对，具体的私有财产和作为法制度的私有财产制双重保障论则认为，根据第2款能够实施怎样的规制以及是否需要补偿，这是两个不同层面的问题，当该损失是基于对私人赋课的“特别的牺牲”时，便需要第3款所规定的补偿。
3、补偿基准论—自由国家观和社会国家观的博弈
(1)是否需要补偿的探讨
通说即“特别的牺牲说”认为，相邻关系(为了调节邻接土地、房屋等的利用，所有者或者利用者限制各自权利的合作关系)上的制约和财产权内在的社会制约，不需要予以补偿，除此之外，对特定个人的“特别的牺牲”需要补偿。至于是否可以认定为“特别的牺牲”，还要对如下两个实质要件进行综合考虑再下判断：侵害行为的对象是广泛的一般人，还是特定个人或者团体；侵害行为是作为财产权内在社会制约应忍受的限度，还是超越了这一限度，即侵害财产权本质的强度。最近，伴随着对土地合理开发的必要性日益增强，随之而来的是土地利用的社会规制将不可避免，于是，关于土地利用的诸多规制，作为内在制约表现，大多不需要补偿。这方的讨论对目前中国相关领域的问题具有重要的借鉴意义。
此外，补偿请求通常应当基于相关法规范的具体规定进行(例如，《土地收用法》第68条以下)。当相关法规范上欠缺补偿规定时，亦可以直接根据《日本国宪法》第29条第3款请求补偿。日本判例也持这种观点。[22]这种理解有助于相关纷争的有效解决诸如中国《宪法修正案》中关于“依照法律规定”，《物权法》中关于“依照法律规定的权限和程序”，以及《行政许可法》第8条所规定的“应当依法给予补偿”之类有关法律保留的规定，在相关法规范得以制定和完善之前，若能直接根据这些授权规定请求补偿，将在很大程度上助推权利救济程序的启动。不过，问题的关键在于，既然没有具体的“法律”规定，那么，由谁、依据什么标准来实施利益均衡和权利救济呢?
(2)如何补偿的探讨
围绕《日本国宪法》第29条第3款的“正当的补偿”，主要有“相当补偿”说和“完全补偿”说两种解释。完全补偿说认为，应全额补偿该财产的客观的市场价格；相当补偿说则主张，关于该财产合理算出的相当额，即使低于市场价格，也可称之为“正当的补偿”。在第二次世界大战后不久的农地改革中，围绕农地收买价格引起很大争议，日本最高法院采取了相当补偿说，将极低廉的农地收买价格判定符合“正当的补偿”。[23]学说上大多支持这一判决。这是因为，这些农地收买是基于农地改革这种特殊因素展开的，当构成对既存财产秩序的某种财产权(例如地主的土地所有权)的社会评价发生根本变化时，对该财产权的收归公用，宜于采取相当补偿的基准。一般认为，这种差异源于解释者持自由国家观还是社会国家观之不同。即，立足于自由国家的立场，要求完全的补偿，换言之，与被收用财产所具有的财产性价值相等的财产性价值构成“正当的补偿”；立足于社会国家的立场，在其财产侵害行为的公共性重要性之中，意味着根据所谓社会国家的基准来决定的“妥当的”或者“相当的”补偿，根据该基准，补偿额比完全补偿说或多或少低一些也是被允许的。
现在，认为始终需要完全补偿的学说越来越少见到了。也有学说认为，对于在既存的财产法秩序的范围内的个别的侵害行为，需要完全的补偿，但是，基于对构成既存的法秩序的某种财产权的社会性评价发生了变化，以这种权利关系的变革为目的而实施的情况下，则未必存在这种必要。[24]
一般认为，《日本国宪法》第29条是基于社会国家的立场作出的规定，立足于这种立场，社会国家中的补偿，由于对私有财产权的社会性评价不同而各异。所以，补偿的程度，与该财产所具有的利己性的大小成比例地得以决定。私有财产兼具利己性和社会性这两种性质。在近代国家初期，其利己性得以完全发挥，而在社会国家阶段，其社会性得以更多强调。但是，即使在社会国家中，根据财产的种类不同，既有其利己性没有受到太多损害的财产，也有其利己性受到非常严重损害的财产。对于利己性没有受到太多损害的财产，应当承认“完全的补偿”；对于社会性较强的财产，则以“相当的补偿”就足够了。这里所讲的“公共的福社”，既是以保障个人权利的公平为目标的自由国家的公共福扯，也是确保个人尊严生存的社会国家的公共福祉。即，财产权也服从社会公平和调整观点，从而构成积极目的规定。
