1998年新修订的《村民委员会组织法》在1987年试行法基础上有了很大的发展，主要体现在：在“三自”方针的基础上增加了“四大民主”（民主选举、民主决策、民主管理和民主监督）的规定；在村民会议之外增加村民代表会议制度，代行村民会议职能；细化村民委员会的选举程序；进一步理顺村委会与乡镇的关系以及“两委”关系等。修订主要基于10年来积累的一些新的村民自治经验，如村民代表会议的经验[14]。

　　1998年以后，村民自治开始在村务公开和民主管理方面作重点推动[15]。但是，“组织法”的基本特征与内在逻辑并没有改变。由于组织法关注管理而非自治，“村民会议”这种直接民主的制度逐步被边缘化，理由一般表述为：村民人数众多，村民会议召集难。村民代表会议制度本身就是对村民会议制度的一种替代而非简单的补充，因为有了村民代表会议，村民会议便可开可不开——“组织法”逻辑倾向的管理思维便很自然地偏向于更多地采用村委会决策或村民代表会议决策，而逐渐“冷漠”村民会议。按照1998年法律的明确规定，只有在“人数较多或者居住分散的村”才可以推选产生村民代表，并且村民委员会（区域意义上）的设立要以便利群众自治为原则。法律文本上仍然是以“村民会议”这样的直接民主制度作为原则，村民代表会议只是作为限制条件下的例外。但事实上，根据1994年的数据，到1994年上半年，全国至少已有半数以上的村建立了村民代表会议制度，其中辽宁、福建、贵州、甘肃、天津、宁夏等省市的村一级建立村民代表会议的比例达到90%以上。[16]笔者相信到1998年，这个比例一定增加很多。难道这些普遍建立村民代表会议制度的村委会（区域意义上），都属于“人数较多或者居住分散”？即便都是这样，当初在设立村委会（区域意义上）时是否很好地遵循了便利群众自治原则？这些都是很可疑的。问题进一步表现为，尽管1998年法律确立了村民会议高于村民代表会议的原则，以及通过授权原则确定二者之间的法律关系，但是该法律没有提供关于授权原则的任何实质性限制，也没有规定何种事项必须属于村民会议的权力以至于不能够授权。于是，通过“过度授权”而经常或永久地“冻结”村民会议的现象逐渐普遍起来。据詹成付的观察和研究，“有些地方村民会议向村民代表会议授权无度，授权过多，一些本属于村民会议的职权却授予了村民代表会议，从而使村民会议徒有其名，背离了村委会组织法的立法宗旨。”[17]陈兆华的研究结论认为，目前村民代表会议实际行使着只有村民大会才能行使的权力，包括许多法律上没有明确授予它们的权力，实际上构成了对村民政治权利的损害。[18]而且很多地方的相关法规都经常性地将村民会议和村民代表会议相提并论，在表述上一般处理为“村民会议或村民代表会议”，这似乎在逻辑上更加完整，但却由于实践因素和思维习惯，这一表述在实质内涵上已经逐渐接近于单一的“村民代表会议”本身，村民会议作为村民自治领域的最高权力机关的地位日益显得模糊。

　　这是一个虽然很细微但却需要在原理上加以细致分辨的现象。实践的便利与组织法的管理思维，导致我们在原理上没有认真对待村民自治的直接民主原则——严格来讲，以选举为基础的村委会和村民代表会议都只是代议制民主，村民会议才是真正的直接民主。[19]

　　二、“组织法时代”村民自治的内在逻辑