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下面按照层次来分析这种间接持有系统的一般形态（参见图例）。
1、处在这种间接证券持有体系最顶层的机构是一个具有中央证券托管功能的机构或公司（即CSD），在其处存管有大量的由不同发行人发行的证券，不管是有形的证券还是虚拟化的证券。在实际中，CSD的功能可能同时与中央证券、结算、清算和登记功能组合在一个机构之中，但是从托管关系来看还是具有一定的独立性的。
重要的是，在发行人的证券发行登记簿上（不管是发行人自己持有这种登记还是由中央证券登记公司或者CSD保有这种登记），证券持有人的名称是CSD的名称或者是CSD的别名，而不是通常的具体的投资者的名称，这与直接持有方式是一个大的不同。有时候CSD不使用自己的名称，例如美国的中央证券托管公司是托管信托公司（或译存券信托公司，the Depository Trust Company, DTC) ，是世界上最大的证券托管公司，在其处存管有200多万种各式证券，同时服务于美国国内业务和国际业务。据统计，纽约证交所上市公司股票的83%和91%的企业债券的登记持有人是CEDE & Co，这是DTC在证券持有登记时的别名。从国际证券业务来看，最重要的国际CSD（或者ICSD）是Euroclear和Clearstream （他们同时也是主要的国际证券交易清算结算机构)。
2、在间接持有体系里，处在第一层CSD之下的是一些在CSD持有证券帐户，与CSD有直接的托管合同关系的中介组织（intermediaries） ，通常这些中介被称作CSD的参与人。他们在CSD开立有证券帐户，持有证券，这些证券可能是他们自己投资的，也可能是他们客户投资的，但不管是谁投资的，在CSD所开立的帐户登记的证券持有人都是这些中介机构，仍然不是最终实际投资者本人。而且，这些参与人在CSD开立的帐户下面并没有开立投资者名义的分类帐户，因此无法反映出参与人帐户内证券的实际投资人是谁。
CSD参与人自身还会有客户，这些客户可能就是直接的证券投资者，但主要还是处于间接持有体系下一层次的中介机构。这些客户（投资者和中介机构）只能在位于第二层的CSD参与人处开立证券帐户，由CSD参与人替自己存管证券。同时，间接持有方式的一种惯常作法是，对于客户持有的同一种证券，一般是在本机构内设立一个关于该证券的总帐户，在混同基础上记录所有客户的证券，然后这个总帐户下设立该客户名义的分帐户，记录以该客户名义持有的证券数量。
例如，美国DTC有600多个参与人，主要是各类证券经纪机构、银行和区域性证券托管人。Euroclear则有近2000个参与人，来自近一百个国家。这些参与人基本上涵盖了世界上主要的证券中介机构，不仅使得证券业务国际化，而且由于间接持有体系的自身交易特点，极大地分担了在直接持有方式下中央托管机构帐户变动的工作。
3、由于处于CSD下层的CSD的参与人的客户不仅进行自营证券投资业务，可能仍旧需要从事证券经纪业务等中介服务，那么这些机构仍然拥有自己的客户群体，替客户在自己机构内开立证券分帐户。这时，帐户的开立、证券的混同以及帐户持有人名义等方面需要遵循的惯常作法与在CSD参与人处开立帐户时的相同。而且，从结构上来看，处于间接持有最底层的证券投资者与发行人和CSD之间的层次可能是很多的。
这种间接持有体系是一种金字塔式的形态。从上往下看，发行人只需要与CSD打交道，CSD与其参加人（主要是大的中介机构）打交道，CSD参加人与下一级的中介打交道，最后是某一个具体的中介机构与自己的客户（证券投资者）打交道。
依据这个体系，从下往上看，投资者不但不会出现在发行人保有的证券持有人记录上，也不出现在CSD的证券记录或者帐户之中，也不出现在与其没有直接关系的上层中介的证券帐户记录上，只是在自己的直接中介机构处在某一种证券下面保有一个分帐户；同时他们也不拥有证券凭证本身。因此，在这样一个典型的间接持有体系中，投资者的权益完全依赖于他所持有的证券帐户。
相对于直接持有体系来说，间接持有体系，辅之于计算机技术和通讯技术的发展，以及与清算结算方式相配套作用，在交易量巨大的国内和国际证券市场上，能够提高证券结算、登记的效率和安全性，比较有效地解决证券交易、清算以及登记后最后一步问题。因为，只要通过帐户的变动，无需交付证券凭证，也无需在发行人的登记簿上变更，交易过程就可以完成，降低了流通中的丢失/偷盗等风险，降低了成本，提高了效率；辅之于银货对付（delivery versus payment，DVP）的证券与资金清算方式的日益流行，减少了证券和资金交收时间不一致产生的信用和流动性风险，也适应了证券交易电子化和国际化的趋势。同时，投资者只需要与自己直接的中介机构打交道，而中介机构在执行客户的指令之前将会知道客户是否持有这种证券以及是否有能力交割，而在直接持有体系中中介机构需要额外的注谨慎和注意来确认客户的能力。由于间接持有体系比较适应证券清算结算体系的演进要求和市场国际化趋势，得到越来越多的运用。根据有关报告，现在世界上大多数的证券通过这种间接体系持有。
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