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证券直接持有体系在证券权益的确认方面比较简单，但是相对来说证券的转让和清算手续就比较烦琐。投资者要么拿着纸质的证券去交易场所进行交换，一手交钱一手交货，要么为了一笔证券交易需要费力地在发行人的登记簿（这种登记可能在某些专门机构进行）上进行变更登记。这种交易清算结算方式在上世纪六七十年代以前还占主导地位。但是随着证券交易量的扩大，特别是证券的全球交易逐步发展，原有的证券清算、结算、登记体系远远不能适应巨大的交易量以及带来的记录变更工作，以至于在华尔街产生了所谓的文书工作危机（paperwork crisis）。
2、证券进行托管：好在现代计算机和通讯技术帮了大忙。计算机系统在证券清算、结算中的使用逐步代替了人的物理劳动，使得文书工作得以缓解。既然交易和清算速度快了，作为权利证明的纸质证券本身如果还是像以前那样需要移动交付或者需要书面变更登记才能表明交易成功，那么交易速度在最后一步上还是没有大的改进，那么怎样才能使证券本身不流动同时保证清算结算正常进行呢？证券界的精英们聪明的脑袋没有闲着，他们认为提高效率的一种办法是将所有的证券都存管在一个机构中，通过转账方式来改变其所有权，使所有的交易后的清算、结算都在同一个机构内发生，实现证券处理的非移动化和无纸化。这种设想的实现就是后来证券界普遍使用的中央证券存托组织机构（central securities depositories，下面简称CSD）。虽然现在很多中央清算、结算、登记和托管机构合为一体，但就托管关系来分析，CSD在这方面的功能是中央托管，有别于其可能同时承担的清算功能。CSD根据清算结果和指令，通过对开立在CSD的需要清算的帐户进行借记或者贷记，完成证券结算和登记变更过程；而登记和托管是结算前或结算的后的法律关系，相互联系在一起。
证券被集中托管在CSD以后，投资者就不再直接持有证券凭证本身，而是将自己投资的证券托管在自己委托从事证券交易的中介机构，并通过证券帐户来进行投资活动和主张权益。
从各国CSD帐户开立的情况来看，如果每一个投资者直接在CSD持有一个证券帐户或者是持有某一证券的分帐户（不管投资者是否通过中介进行证券交易，也不管投资者是否都与CSD有直接的合同关系，都为其开立帐户或者允许其开立帐户），那么证券发行人可以容易地知道哪些人是其发行证券的投资者（在托管和直接开户的情况下，中央登记结算和托管机构充当发行人的投资者登记人或者代理人，或者按照与发行人的协议向发行人提供名录），投资者的所有者权益体现是其名字出现在发行人的投资者登记簿上，其是以自己的身份直接表明对于证券的所有权。这与在有形的证券情况下通过变更发行人簿记来表明证券权益转变在本质上是一种模式，只是更有效率。
但是，如果不允许每一个投资者都在CSD持有证券帐户或者分帐户，而只是允许那些与CSD有合同关系的机构（主要是各种从事证券业务的中介）在CSD开立有帐户，通过中介进行证券交易的投资者不能在CSD开立有帐户或者分帐户，那么投资者只有通过在中介机构开立的证券帐户持有自己投资的证券了。在这种情况下，经过对持有结构中的某些制度性创新和发展，一种间接的证券持有体系创新的设计出来，并成为现今国际证券市场上证券持有的主要方式。
（二）间接持有证券方式
所谓间接，其实是指一种从投资者到发行人之间存在一个以上持有层次的制度安排，投资者与CSD以及发行人不存在直接的联系。间接的证券持有，简单地说，是指投资者通过在某一中介机构开立的帐户持有证券，这个机构本身处于一个多层次的证券持有系统中，按照这种持有系统：在证券发行人处登记为证券持有人的只是处于这个证券持有体系最顶层的机构，而非投资者本人；投资者开立有帐户的中介机构在位于其上层的其他机构那里以自己的名义开立证券帐户，在混同（commingled）的基础上为所有客户持有证券。
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