2.教育财政拨款的增长低于财政经常性收入的增长。
教育法规定：“各级人民政府教育财政拨款的增长应当高于财政经常性收入的增长。”1995年全国财政经常性收入比上年增长18.58%，全国预算内教育拨款（不包括城市教育费附加）增长16.34%，全国预算内教育拨款增长，低于财政收入增长2.24个百分点。有16个省、自治区没做到预算内教育拨款的增长高于财政经常性收入的增长。
3.教育经费尚未实行预算单列。
教育法规定：“各级人民政府的教育经费支出，按照事权和财权相统一的原则，在财政预算中单独列项。”但是，目前中央级财政和全国各省、自治区、直辖市除北京市部分实施外，其他均未实施这一法律规定。这主要是由于现行财政制度对教育经费的预算仍旧沿用
教育法颁行前的管理体制及相关规定执行，未把教育经费 （包括教育事业费和教育基建投资）从“教育、科学、文化、卫生、体育等事业发展支出”预算项目中单列出来，其结果是，不仅各级人大及其常委会难于审议和了解同级政府的教育预算，而且连政府的教育行政部门也难于了解同级政府的教育预算。由于教育经费没有预算单列，除中央和省教育部门所属高等学校基建投资外，中央和省其他业务部门所属高等学校基建投资（占全国教育基建投资的大部分），分别由各业务部门自行确定，计划部门没有高等学校基建投资总预算，高等学校基建投资苦乐不均、随意性大。近年来随着经营性投资从业务部门划出，业务部门所属高等学校基建投资普遍拮据。这不仅无法保证教育基建投资的稳定增长，也很难实现中央和省级政府对高等教育的宏观协调和管理。
教育法规定了政府教育行政部门主管教育工作、统筹规划、协调管理教育事业的职权，而政府教育经费投入的决策权和管理权基本上不由教育行政部门掌握，这是依法实行教育经费预算单列和事权与财权统一的一个突出问题。同时，还存在本应由教育行政部门安排的教育经费，却不经教育部门而分别由计划部门和财政部门直接安排的现象。如据一些省反映，近年来国家计划部门的教育基建项目直接安排到一些省的小学。1995年和1996年新增的1.5亿元国家扶贫教育工程资金，这就是由国家计划部门单独下达和直接安排的。这种事权与财权分离的状况，使教育事业的国家宏观调控能力不强，国家有限的教育资源不能优化配置，也是教育投入效益不高的原因之一。另一方面，教育事权和财权的分离，还往往出现政府教育拨款不能及时到位以及挤占、挪用、克扣教育经费的现象。甚至有的还用教育费附加、预算外资金来抵顶预算内财政拨款。
各地普遍反映，教育经费支出按照事权和财权相统一的原则在财政预算中单独列项的法律规定，国务院有关部门不实施，各省、自治区、直辖市就很难实施。
