当前，国际法学界对普遍管辖权主要的批评意见集中在以下几个方面：
1．行使普遍管辖权与国际法的宗旨与原则相抵触。国际法的目的是为了国际和平与安全，维护和稳定国际关系，促进国家间的交往与联系，建立和谐的国际社会。而行使普遍管辖权则有可能破坏国际关系的稳定与和谐，造成国家间的矛盾与纠纷，使国际关系中出现不稳定的因素。如在以色列法院审理的“艾希曼案”中，以色列特工到阿根廷绑架了被告，这引起了两国关系的紧张。联合国安理会在其138号决议中指出：“当前所审议之一类行为影响了会员国主权因而引起国际摩擦，如再发生，可能危及国际和平与安全，因此，要求以色列政府根据《联合国宪章》与国际法规则进行适当的赔偿。”{48}
2．其他所有管辖权都与国家主权原则紧密相联或是以国家主权原则为基础的管辖权，而普遍管辖权则超出了国家主权的范畴，高于国家主权。普遍管辖权将严重损害一国的司法主权。这是不少国家，特别是发展中国家对普遍管辖权主要顾虑。在一国境内发生的犯罪或一国国民所实施的犯罪主要是一国国内刑事司法机构所管辖的范围，如果另一国对该罪行行使普遍管辖权将被视为干涉了该国的内政与刑事司法主权。普遍管辖权显然有利于大国和强国，这些国家打着代表“国际社会”的旗号，充当世界警察，利用普遍管辖权干涉一国的内政。
3．行使普遍管辖权不利于对案件的调查取证。如果犯罪不在行使管辖权的国家的领土上发生，也不是该国国民所实施的，如果犯罪与行使管辖权的国家没有任何联系，如果对犯罪具有管辖权的国家不进行合作，那么，取得犯罪的证据是相当困难的。如果没有证据，对行为人的起诉与审判只是有名无实，最终不能将罪犯绳之以法。
4．普遍管辖权将鼓励行为人对审判地进行选择（forum shopping）普遍管辖权只能使对罪行具有管辖权的国家越来越多，这就给行为人提供了选择管辖法院的机会。行为人可以选择对其定罪机会最小、惩罚最宽大的国家法院投案自首，根据刑法上“一案不审”的原则（ne hisin idem），其他具有管辖权的国家则失去了对其进行起诉与审判的权利。这为进行假审判而实际上包庇罪犯打开了方便之门。
5．行使普遍管辖权将可能损害被告人的合法权益。不惜一切代价追求实质正义，必然会违反“严格合法性”原则（The principle of strict legality），在被告缺席的情况下行使管辖权往往会损害被告人的诉讼权利，甚至导致对被告进行缺席判决，从根本上违反了无罪推定的原则。另外，在被告根本不熟悉当地法律的情况下，对被告进行审判是不公平的，在诉讼过程中，被告得到公正审判的权利可能会受到损害与影响。
行使普遍管辖权的先决条件应是其他所有具有管辖权的国家，特别是行为发生地国和行为人与被害人的国籍国，都没有行使管辖权。从这个意义上讲，普遍管辖权只能是一种补充性的管辖权，而不能是一种排他性或超然性的管辖权，否则，其他与犯罪具有更紧密联系的国家必然与行使普遍管辖权的国家发生管辖冲突，引发国家间的冲突与争执。
三、普遍管辖权的国际立法与实践
目前，国际法学界以及世界各国对普遍管辖权是否已经成为国际法上的一项原则还存在着激烈的争论。国际条约是各主权国家意志的反映，是争议最少的国际法渊源。根据著名国际刑事学者巴西奥尼教授的研究，从1815年到1997年，国际上共有276项有关国际刑法的国际公约，其中32项国际公约涉及了管辖权的问题，只有很少几项国际公约明示或暗示地反映出普遍管辖权原则{49}，多数条约只规定了犯罪行为人所在地国的管辖权和“或引渡或起诉”原则。
海盗罪是国际法中最早适用普遍管辖权的罪行，在20世纪以前，对海盗罪的普遍管辖只是依据自然法和各国国内法的规定。1958年《日内瓦公海公约》和《联合国海洋法公约》将对海盗罪适用普遍管辖权的问题列入了国际公约。《联合国海洋法公约》第105条规定：
在公海上，或在任何国家管辖范围以外的任何其他地方，每个国家均可扣押海盗船舶或飞机，和逮捕船上或机上人员并扣押船上或机上财物。扣押国的法院可判定应处的刑罚，并可决定对船舶、飞机或财产所应采取的行为，但受善意第三者的权利的限制。{50}
但是，从当前的情况看，海盗罪是否还能被列入国际罪行的范畴是存在着争论的，因为海盗罪主要是以抢劫财物为特征，这种行为是否危害了全体人类的根本利益是存在着疑义的。
在战争法方面，《日内瓦四公约》第49条、第50条、第129条和第146条作出了相同规定：
各缔约国有义务搜捕被控为曾犯或曾令人犯此种破坏本公约行为之人，并应将此种人，不分国籍，送交各该国法庭。该国亦得于自愿时，并依其立法之规定，将此种人送交另一有关缔约国审判，但以该缔约国能指出案情显然者为限。{51}
该条款开没有明确规足—国可以行便晋遍管辖权，可以到其他国家境内搜捕违反公约规定的人。在实践上，从1949年《日内瓦四公约》制订之日起到前南国际刑庭于1993年成立之日，40多年来，《日内瓦四公约》中关于管辖权的条款基本上没有适用过。而且，到目前为止，几乎世界上所有的国家都是《日内瓦四公约》的缔约国，仍主张对违反《日内瓦四公约》的犯罪行为行使普遍管辖权似乎没有什么实际意义，因为行使其他管辖权也可以达到使罪犯绳之以法的目的。
对于灭绝种族罪，《灭种公约》第6条规定：“凡被诉犯灭绝种族罪或有第三条所列其他行为之一者，应交由行为发生地国家的主管法院，或缔约国接受其管辖权的国际刑事法庭审理之。”该条款中并没有规定各国可以对灭绝种族罪行使普遍管辖权。至于国际刑事审判机构是否对灭绝种族罪行使普遍管辖权，则是由该国际刑事法庭的规约所规定。前南国际刑庭上诉庭在“塔迪奇案”中指出，对于灭绝种族罪，“现在，在应对国际犯罪的情况中，普遍管辖权已得到了认可”{52}。因此，对于灭绝种族罪行使普遍管辖权，如果没有影响到其他国家的司法主权，看来并没有太大的问题。
值得注意的是1973年《禁止并惩治种族隔离罪行国际公约》。该公约第4条第2款规定：
本公约缔约国承诺：……（b）采取立法、司法和行政措施，按照本国的司法管辖权，对犯有或被告发犯有本公约第二条所列举的行为的人，进行起诉、审判和惩罚，不论这些人是否住在罪行发生的国家的领土内，也不论他们是该国国民抑或其他国家的国民，抑或是无国籍的人。{53}
该公约显然赋予了各缔约国对种族隔离罪行行使普遍管辖权的权力。但是，该公约也存在着一些问题，由于绝大多数北美与西欧的发达国家都不是该公约的缔约国，该公约被称为发展中国家的公约，而且，该公约的管辖条款从未适用过，特别是20世纪末，南非种族主义政权下台以后，该公约更无人问津了。
至于其他的国际公约，都没有明确规定可以在没有任何联系的基础上对犯罪行使管辖权的规定。国际法院前院长纪尧姆指出：“成文国际法尚不知道在本案中适用的被告缺席的普遍管辖权。”“国际法并不接受普遍管辖权，更不接受被告缺席的普遍管辖权。” {54}毫无疑问，国际法决定国家在哪些限度内可以采取何种形式的管辖权，而国内法则规定国家在事实上行使管辖权的范围和方式。当国内法与国际法发生抵触或冲突时，国际法应处于优先地位。国际法院审理的2000年4月11日“逮捕令案”（刚果诉比利时案）是国际法院中唯一涉及普遍管辖权的案例{55}。
