现行刑罚体系架构上的这种失衡，必将导致诸多问题的发生。其中包括以下三个方面：
第一，有“重判轻改”之嫌。我国所坚持的社会主义国家性质决定了我国刑罚的性质不单单是惩罚罪犯，而是要以改造人为宗旨。这一精神在我国的《宪法》、《刑法》、《刑诉法》中都有体现。《监狱法》中更是将此作为指导思想和方针，成为中国特色社会主义刑罚理论体系的本质特征。但是当前的刑罚体系架构客观上存在着涉及“判”的方面立法规格高，部门设置独立专业，是受到“重视”的；在涉及“改”的方面立法规格低（严格地说是没有专门法律），没有独立的部门，是被“轻视”的现象。这不仅有“重判轻改”之嫌，更是与我国刑罚的指导思想、宗旨观念相违悖的。
第二，影响刑罚执行功能的全面实现。正如再好的制度不去抓落实就等于一纸空文一样，刑罚体系中制刑、求刑、科刑只是依据刑法的规定完成了对犯罪人适用与其罪行相适应的刑罚宣告。但是刑罚宣告只是表明了国家对犯罪人的否定评价，并不能使刑罚的内容通过宣告得以实现。也就是说，刑罚的宣告并不意味着刑罚的惩罚功能得以实现。只有通过刑罚执行机关对犯罪人所受到的刑罚宣告具体加以实施，才能将刑罚的惩罚功能的内容落到实处。虽然没有刑罚的宣告，刑罚的执行就失去了法律的前提和依据，但是，没有刑罚的执行，刑罚宣告就毫无现实意义而失去刑罚固有的属性。一方面刑罚执行是将罪犯改造成守法公民的前提条件。我国刑罚执行在强制性剥夺犯罪人的人身自由，让其承受不情愿承受的痛苦惩罚的同时，还有一个重要目的就是要改造犯罪人的不良思想，矫正其恶习，使其成为守法公民。如果没有刑罚执行这一强制性的惩罚手段作保证，从普遍意义上讲，犯罪人是不会自觉接受改造的。只有在刑罚执行强制性惩罚手段保证下，我们才能有条不紊的开展教育改造工作。另一方面，刑罚执行本身就具有预防犯罪的教育功能。对于犯罪人来说，刑罚的执行限制了其继续危害社会的条件。这期间或者是刑罚执行机关通过系统的惩罚矫正措施，促使犯罪人幡然醒悟，使其由被迫改造逐步走向自觉改造，最终成为守法公民；或者是犯罪人鉴于其体验到惩罚所带来的痛苦，从而产生畏惧不再实施犯罪行为。无论是前者的主动不再犯罪，还是后来的被动不再犯罪，都起到了预防犯罪的教育功能。同时，刑罚执行这一惩罚犯罪人的措施也必然会对其他公民起到儆诫教育作用。使他们知道犯罪是要受到惩罚的，惩罚是要带来痛苦的。这对于预防犯罪减少犯罪具有特别重要的意义。刑罚执行的上述功能是刑罚体系内部分工的必然结果，是其它任何机关不能发挥也无法替代的。确保刑罚执行功能的全面实现，提高刑罚执行机关的工作效率、执法能力及水平是一个方面，更重要的是应当在现有刑罚体系内提高刑罚执行的地位，尽快出台一部专门的刑罚执行方面的法律，设立独立的刑罚执行主管机关。
