一般来说，在排放权交易中，由法律决定排放权一级市场即初始分配的公平性问题；由市场决定排放权二级市场即再分配的效率性问题，但相对来说，二级市场是排放主体之间的交易场所，在实现排放权优化配置方面更为关键和重要。[1]对于碳交易市场来说也同样如此。碳排放权是法律创设出来的权利，其初始分配关系到整个碳排交易市场的运行效率甚至是成败。排放权初始分配是指政府以排污许可证的形式对排污主体规定容量资源的使用权，获得许可证的主体即拥有了环境容量资源产权的初始配置，并能够在市场上进行交易而获得财产价值。因此，碳排放权的拥有者就相当于获得了相应数量的财富。[2]此种权利对于不同市场主体的价值是存在差异的，而这种差异性使碳交易获得了现实可能性，碳排放权的初始分配就成为碳排放权交易市场的前提。
二、碳排放权分配应兼顾公平与效率
碳排放权初始分配须着重考虑和解决公平和效率两方面的问题。一是初始分配的公平问题。碳交易市场必然有其碳排放权总量市场，在建立了总量市场之后，碳交易就面临着这样的问题：如何在碳排放企业之间分配碳排放权？以何种标准分配这些权利才能体现公平性？我国地域辽阔，不同地区之间经济发展水平以及产业结构都存在着相当大的差异，如果在不同地区之间进行分配，肯定会对欠发达地区造成巨大的减排压力，从而产生碳减排额承担上的不公平问题；如果是区分不同性质的行业、企业进行分配，那么，确定什么样的行业承担减排任务，也涉及到公平性问题；如果采取无偿分配的原则，那么，对于新进入碳交易市场的企业而言，就必须在市场上购买一定的碳排放权来应对当年正常生产而产生的排放额，从而产生市场进入的壁垒问题，这显然是不公平的。二是初始分配的效率问题。碳排放权的初始分配分配总量控制需要一定量的控制，只有分配后碳交易价格高于平均企业减排投入的成本，碳交易才能充分发挥市场调节作用，促使企业为减少成本在加大减排投入，实现削减社会排放总量。
如何解决碳排放权分配的公平和效率问题，将是中国碳交易市场制度成败的关键。分配初始配额应考虑地区特征、历史排放、预测排放和部门排放标准等因素。碳排放权的初始分配可分为无偿分配和有偿分配两种。第一种无偿分配方法是：基于排污企业历史排放量或可以印证排放量的相关数据，或者在历史数据无法取得的情况下根据目前的排放量推算，来确定分配给每一个企业或者其他个体的碳排放权数量。第二种有偿分配的方法是：企业一般通过为拍卖形式支付相应的对价购买相应的排放权，企业拥有的排放权总量取决于其购买量大小。[3]以上两种方法各有长短，前者具有较明显的行政性质，分配成本较大，也很容易造成“权力寻租”的腐败问题；后者以政府主导的方式快速推行碳交易机制，来自企业的阻力相对较小，更能发挥减排功能，体现交易主体之间的公平性。不过，也会相应地增加企业成本，容易形成市场垄断，导致碳排放权价格被操控。目前，世界上很多国家或地区的碳交易都是以无偿分配为主。随着碳交易市场的不断成熟和相关制度的完善，考虑到对于新进入该市场企业的公平性问题，有偿分配将是未来碳交易市场的发展方向。
