1.立法权对农民集体分配自治权的限制
前已阐述，在《土地管理法实施条例》第26条规定“土地补偿费归农村集体经济组织所有”的情况下，根据2004年国务院《严格土地管理的决定》的要求，很多省市制定了土地补偿款的分配办法。而以《严格土地管理决定》授权制定的政府规章表现的立法权，对农民集体享有的土地补偿款分配自治权的四个方面，都已经有很大程度的限制。首先，“是否分配决定权”的严重受限。不管是集体土地被全部征收还是被部分征收、不管是否撤销建制、也不管是否确权确地到户，[30]集体经济组织都应当分配土地补偿款，不存在分还是不分的选择。其次，“拿出多大比例用于分配的决定权”的严重缺失。无论是集体土地被全部征收并撤销建制后土地补偿款的100%分配，还是政府规章规定的固定比例的分配，农民集体都已经没有“拿出多大比例用于分配的决定权”；而在“村民委员会在村内经济事务尤其是农地所有权问题上的强力主导与村民几乎无条件服从”[31]的状况下，所谓的浮动比例在实践中很可能更倾向于按照80%、75%或者70%的固定比例进行分配，致使农民集体“拿出多大比例用于分配的决定权”亦少有发挥空间。第三，“哪些人有权参与分配的决定权”在地方性规范文件详细规定集体成员资格认定依据的情况下，集体经济组织只能遵照执行。例如，《吉林分配意见》、福建省高院2008年《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件疑难问题的解答》（简称《福建高院解答》）等规范性文件均规定了较为详细的集体成员资格认定的概括性依据和特殊人群的具体认定标准。第四，“是平均分配还是按所尽义务或者贡献分配的决定权”也被相关立法单一化。如《山西分配办法》和《河南分配意见》均规定“平均支付给征地补偿安置方案确定时本集体经济组织依法享有土地承包经营权的成员”，亦即排除了“按所尽义务或者贡献分配”的决定权。
上述国务院授权制定的政府规章对农民集体分配自治权的限制主要是为了修改或变通《土地管理法实施条例》第26条的相关规定。但是，在集体土地部分征收或者虽全部征收未撤销建制时，农民集体对于留给集体经济组织的小部分土地补偿款，仍有分与不分、分多少的自治权。因此，本文前述提出修改《土地管理法实施条例》第26条，区分耕地、宅基地、自留地、自留山上的用益物权和所有权分别补偿的立法建议，将农民集体享有的分配自治权缩限于土地补偿款中归属于农民集体自己所有的那部分，不仅可以避免农民集体干预本属于用益物权人的土地补偿款份额，[32]而且还可以理顺《物权法》、《村民委员会组织法》规定的土地补偿款分配自治权的适用对象，适度缓解法律既授权又限制农民集体分配自治权的自相矛盾。之所以“适度缓解”，因为在“哪些人有权参与分配的决定权”以及“是平均分配还是按所尽义务或者贡献分配的决定权”两个方面，基于集体成员权的平等性，农民集体的分配自治权仍应当受制于立法权的统一规定；如果不受制于立法权，那么法院的司法干预亦将于法无据。
2.司法权对农民集体分配自治权的干预
司法权对农民集体享有的土地补偿款分配自治权的干预，主要体现在：一是对哪些人有权参与分配的决定权的干预；二是对是平均分配还是按所尽义务或者贡献分配的决定权的干预。
首先，大多数法院在土地补偿款分配纠纷案件中，审查、确认外嫁女及其落户子女等特殊人员的集体成员资格，并直接判决给付其固定数额的土地补偿款，不仅是对农民集体自治决议效力的形式审查，而且也是对自治决议内容的直接否定。例如，河南省信阳市中级人民法院 （2011）信中法民终字第8号民事判决书便以“卷井洼组的土地补偿款分配方案第七条‘凡出嫁姑娘，自资金到位之日，一律不得参与分配’的内容，因违反相关法律规定，该条款为无效条款”为由，维持了判令给付原告土地补偿款的一审判决。湖南宁乡县人民法院 （2011）宁民初字第1649号、第1450号、第1451号、第1653号4个民事判决书均以“村民小组代表同意并签字的分配方案，未包括对独生子女家庭应增加一人份额，与法律、法规规定相违背”为由，直接判令给付原告土地补偿款47316元。
其次，绝大多法院都直接否定了不等额分配的村民民主决议，责令按相同数额支付补偿款。例如，郴州市苏仙区人民法院 （2011）苏民初字第243号民事判决书针对被告以原告系“已结婚妇女及子女”为由，只分配给原告朱玲丽土地征收补偿款8万元，未分配给原告张子曦任何款项，而其他村民每人分得11.5万元的事实，直接判令再支付原告朱玲丽土地征收补偿款3.5万元，支付原告张子曦土地征收补偿款11.5万元。新乡市红旗区法院 （2011）红民一初字第111号民事裁判书针对“被告以所尽村民义务不同，只为原告分配40%土地补偿款”的事实，直接判令再支付剩余60%。此外， 常德市中级人民法院在（2011）常民三终字第82号民事判决书中认为：土地被征收所获得的土地补偿费属于全体集体经济组织成员共同所有，集体经济组织决定用于分配的土地所有权的补偿部分和基于集体土地所有权产生的收益部分，因作为一种自然资源的对价，其价值量与集体经济组织成员的个人劳动或者贡献没有关系。
