由是观之，目前土地承包经营权的征收补偿有两个弊端：首先，从《土地管理法实施条例》第26条第1款已经明确属于集体经济组织（准确地讲是“农民集体”）所有的土地补偿费中拿出绝大部分分配给被征地人，不仅可能模糊了土地承包经营权是独立征收客体的法律地位，而且还会影响集体成员以土地承包经营权人的身份直接行使征收参与权。其次，各省市规定分配土地补偿款的比例既有固定比例、又有浮动比例，浮动比例又有不少于80%、75%和70%的不同规定，并允许集体成员在浮动比例范围内民主决定具体分配比例，势必加剧分配比例的参差不齐。[25]在第二轮农村土地发包几乎都开始于1999年，且农地承包期均为30年的情况下，参差不齐的分配比例必然造成土地承包经营权人受益程度不均，有违民事权利平等保护原则。
耕地征收补偿两个弊端的克服，应当在承认土地承包经营权和集体土地所有权都是独立征收客体的基础上，统筹考虑其补偿机制的改革。具体有两种方式可供选择：一是按照没有土地承包经营权负担的耕地所有权转让的市场价格确定土地补偿费，然后修改《土地管理法实施条例》第26条的规定，按全国统一的固定比例（如80%或75%），[26]拿出绝大部分分配给土地承包经营权被征农户，其余则留给集体组织或者平均分配给本集体成员。二是针对土地承包经营权和耕地所有权分别确定补偿标准。如有人主张“需要补偿的是剩余土地承包期内的土地承包经营权和土地承包期届满后的集体的土地所有权。土地承包经营权的补偿数额可以通过土地承包经营权的市场价格与剩余的土地承包期相乘得出。土地所有权的征地补偿可以通过土地承包费与承包年数相乘得出。参照《土地管理法》第47条的规定，国家应补偿农村集体组织被征农地的10年承包费。而且，土地承包经营权人在获得征收补偿费之后，应将整个承包期内尚未缴纳的土地承包金交付给其所在的集体经济组织。”[27]
两种补偿方式比较而言，第一种方式既符合多数学者所主张的“按市场价值补偿”的改革思路，也有政府规章“至少70-80%分配给被征地农户”的实践经验，简便易行。而第二种方式则难以操作。比如，在我国普遍施行集体土地无偿发包的现行模式下，所谓的土地承包费如何确定？从理论上看，土地承包费应当低于土地承包经营权的市场价格，那么土地承包经营权期满后，按较低的土地承包费补偿已经不考虑是否附着土地承包经营权负担的土地所有权，显然不合理。因此，土地承包经营权征收补偿更宜选择第一种方式，不过第二种方式中的“土地承包经营权的补偿数额可以通过土地承包经营权的市场价格与剩余的土地承包期相乘得出”的观点，可以作为第一种补偿方式中根据一定比例得出的土地承包经营权补偿款是否合理的参考判断标准，进而作为第一种补偿方式中划定分配比例的一个考量因素。
（三）宅基地的征收补偿机制
根据补偿内容和颁布时间的差异，宅基地征收补偿的现行规定可以分为两类或者两个阶段：一是《土地管理法》第47条“征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定”和《土地管理法实施条例》第26条“土地补偿费归农村集体经济组织所有”的规定。根据这些规定，《物权法》实施前宅基地被征收的，宅基地使用权人可以获得安置补助费以及基于集体成员资格可能分得的部分土地补偿款。二是《物权法》第42条第2款“足额支付土地补偿费、安置补助费”、第3款“征收单位、个人的房屋及其他不动产，应当依法给予拆迁补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件”的规定，以及广东省、山西省等省市2007年后修改的《实施<中华人民共和国土地管理法>办法》的地方性法规中“宅基地不予安置补助费”的规定。根据这些规定，《物权法》颁布实施后，宅基地被征收的，宅基地使用权人有权获得居住条件的保障以及基于集体成员资格可能分得的部分土地补偿款，不再获得安置补助费。
但是，《物权法》对《土地管理法》规定的宅基地征收补偿规则修改后，仍然存在一些问题需要进一步明确和完善。首先，《物权法》并未明确区分宅基地使用权的征收补偿与宅基地上建筑物的征收补偿，而是在“保障居住条件”名下予以统筹考虑。在实践和地方性法规中不仅有住房安置补偿，还有货币补偿和另批宅基地等多种补偿方式的情况下，理当明析宅基地使用权的独立征收客体地位并构建宅基地使用权与其建筑物各自独立的最低补偿标准。其次，安置补助费不应取消，可以改为类似于搬迁等费用的补偿。第三，应当划清宅基地所有权与宅基地使用权征收利益的分配比例。鉴于宅基地使用权与自留地、自留山使用权都具有无期限的共性，亦可以统一两者集体土地所有权的分配比例，即根据宅基地的公平市场价格先确定完全所有权的土地补偿款，然后将其中的绝大部分再分配给宅基地使用权人，农民集体只象征性地分取一小部分。第四，宅基地所有权的土地补偿款应按照征地时集体建设用地的公平市场价格确定，而不能参照邻近耕地（或旱地[28]）前三年的平均产值确定，也没有理由低于邻近耕地的补偿标准。[29]
