作为公益事业的制度工具，公益信托和财团法人可以并行。公益信托的起源可以追溯到11世纪的英国，不少人在死前将土地捐赠给教会。教会利用此收入通过修道院与城市慈善组织，以提供衣食住行的方式承担救济穷人和丧失劳动能力者、照顾麻风病人和流浪者，这就是公益信托的雏形。1985年生效的《关于信托的法律适用及其承认的公约》规定，信托是委托人在生前或逝世时为受益人的利益或特定目的将资产置于受托人的控制下而创设的法律关系。公益信托，也称慈善信托，是指出于公益目的，即使整个社会获得利益之目的而设立的信托，此种类型的信托在社会生活中通常表现为：委托人提供一定数额的财产作为信托财产，由受托人管理该项财产，并按照有关信托行为的规定，将信托利益运用于举办某一项或某些公益事业即科学、教育、文艺、体育、卫生、宗教、环保或社会福利事业。[33]我国汶川地震后，西安于2008年6月6日推出了我国第一个公益信托“5·12抗震救灾公益信托计划”，信托规模为一千万，信托期限为三年，定向用于陕西地区震灾受损的中小学重建或援助希望小学等公益目的。
财团法人和公益信托的区别首先表现为，财团法人是具有民事权利能力的权利主体，公益信托是以信托财产为核心的管理方式，是权利客体。在信托制度中，不创设特别的权利主体，使财产归属于特定的管理者，只是对其管理的方法，使之不失财产的独自性和管理的永续性。[34]其次，财团法人要符合法人的成立要件，设有管理机构及固定的办公场所，营运费用较高，捐助金额有最低要求；公益信托以依信托契约和遗嘱信托成立，捐助没有数额要求。再次，财团法人不可处分其基本财产，可以长期存续；公益信托分为维持基本财产的公益信托和动用基本财产的公益信托，前者仅以信托财产的收益从事公益活动，信托终止后委托人可收回原本，后者原本和收益可全部使用，难以永久延续。
公益信托与财团法人二者的关系，犹如车之二轮，为现代公益活动不可或缺的制度。[35]英美法系国家没有传统的财团法人，以公益信托作为公益的主要制度工具。美国学者格雷曾说：“法人通常的形式是社团。的确，社团对普通法来说是唯一被知道的法人。”[36]一般认为，英美法系没有财团法人制度的原因是：英美法系在其发展中没有完全只是片段性地继受罗马法；英美法系存在着独特的信托制度在相当大的程度上替代了大陆法系财团法人制度的功能。尽管如此，在保留传统的公益信托的基础上，美国仍然有类似于财团法人的基金会，英国《2006年慈善法》规定的CIO也可以是公益财团法人。
同样，大陆法系的很多国家也引入了公益信托制度。日本学者认为公益信托较之财团法人有三个优点：（1）成立方式简便，无须受财团法人必须取得法人资格的限制；（2）无须受财团法人须设专职人员及固定事务所的困扰，有助于节省营运费用；（3）不受捐赠规模与存续期间的限制，因此所捐赠的信托财产，可以尽量使用于公益目的。[37]笔者认为，我国财团法人和公益信托的联系表现在以下两个方面。首先，财团法人可以利用公益信托作为财团法人事业运营的手段。财团法人可以成为公益信托的受托人，如青少年发展基金会中的“希望工程----金龙鱼农民助学基金”、“濮存昕爱心公益基金”等。财团法人也可以成为公益信托的委托人，利用信托制度的优势实现基金的保值、增值。其次，公益信托可以作为财团法人的过渡形式，当基金达不到财团法人的要求时，可先作为公益信托开展公益活动。
