本来，在李斯特教授那里，刑法是为了限制刑事政策被恣意滥用从而导致人权侵犯而存在的，所以他主张刑法典是犯罪人的大宪章，刑法是刑事政策不可逾越的樊笼。但是，在日本的现代刑法思想史上，刑法与刑事政策的关系与上述恰恰相反，刑事政策成为了在刑法内部提供处罚依据、调节处罚范围的参考标准。就如山中敬一教授（1947-）所言：“20世纪70年代以后刑法理论的主流，基本上是，刑法是站在了一方面承担着社会形成功能，另一方面为实现刑事政策目的提供自由主义的框架的基本认识之上。无论是为了实现观念价值的刑法理论，还是为了机能主义的刑法理论，都是力图构筑将刑事政策纳入射程之内的刑法理论。”[67]以如何将刑事政策应用于刑法理论之中为标准，可以区别出三种不同的刑法理论。[68]
第一，是以谦抑的刑事政策为志向的刑法理论。这一理论，从现存的国家权力是一种“恶”的立场出发，对于以回归现在国家的再社会化为目的的特别预防表示出警戒感，体现出了消极意义上的报应主义的刑事政策。这一理论，也可以说是站在了以古典自由主义的社会观为基础，视刑罚为恶害，在适用过程中应该坚持谦抑主义的立场。从这一立场出发，在犯罪论领域，这一理论认为，应该限定犯罪的成立范围，强调谦抑主义，重视刑法的人权保护功能。所以，赞成这一理论的刑法学者，如佐伯仁志教授（1958-）、中山研一教授（1927-）、内藤谦教授（1923-）、曾根威彦教授以及浅田和茂教授，通常都站在客观主义的立场上，以结果无价值为内核构建其犯罪论体系。
第二，是以行为规范的特别预防为志向的刑法理论。这一理论，是将刑法作为行为规范的功能放在了刑法理论的中心，采纳了行为无价值的立场。这一理论的前提，是以主观与客观两方面的状况并存为前提，探索如何恰当地处罚对行为规范的违反。在制裁论上，虽然在可归入这一理论范围内的学者之间存在倾向于报应主义还是倾向于再社会化的细微区别，但是都将通过对行为者采取措施的特别预防作为刑罚的目的。也即，对于这一理论而言重要的是通过对实施犯罪的人采取积极的措施实现犯罪预防的刑事政策。小野清一郎教授、团藤重光教授、川端博教授（1944-）、野村稔教授（1944-）等学者的理论都体现出了这一观点。
第三，是以实证主义的一般预防为志向的刑法理论。这一刑法理论，通常将刑法视为社会统治的工具，将犯罪预防作为刑法的目的，虽然其采纳了与近代学派比较相近的犯罪构成，但是在从一般预防的观点出发构筑刑法理论这一点上，与近代学派又有着很大的不同。这一理论的思想内核是：以结果无价值为中心，严格解释犯罪的成立要件，在一般预防的框架内，从功能的角度出发，对犯罪人进行合理处罚。平野龙一教授、町野朔教授（1943-）、前田雅英教授、林幹人教授（1951-）以及山口厚教授（1953-）的刑法理论，可以大致归于这一类。
（二） 现代刑法思想的发展方向
如上所述，在刑法与刑事政策靠近这一总体特征之下，可以区别出三种刑法理论。而在这三种刑法理论中，可以隐隐看出存在于日本现代刑法思想史上的两个基本发展方向。[69]
第一个基本方向是在后期旧派理论的道义责任论及与之相对应的道义的报应刑论的基本框架中加入新派理论的刑事政策的主张的倾向，即以重视刑法的社会伦理功能为前提，在刑罚论中，主张刑罚是作为与对犯罪的道义非难的具体实现相均衡的事物而科处意义上的报应，通过这样的道义报应，可以唤醒、强化一般人、犯罪行为人的规范意识，发挥一般预防、特别预防的作用；在犯罪论中，主张违法的实质是违反居于法律秩序基础之中的社会伦理规范，责任的本质是道义的（社会伦理的）非难可能性。
这一方向，从日本刑法理论的系谱而言，在以道义责任论与以之基础的道义报应刑论为核心构建刑法理论这一点上，基本上继承了小野清一郎教授的后期旧派的刑法理论。此外，也可以说表明了在某种程度中接纳牧野英一教授等学者新派理论的刑事政策的主张并展开理论的方向，体现之一，就是在采纳道义责任论的同时，提倡承认责任的基础不仅仅在于特定的犯罪，也在于其背后的人格的人格责任论，并藉此提出，对常习犯加重处罚的根据就在于在可以非难人格形成过程之际，就凭这一点就可以加大责任非难。人格责任论意识到了刑法学正在跨越新派，以实证科学的知识为基础，同时关注人的主体性，意图将人理解为具体人。
第二个基本方向也体现出了刑法与刑事政策靠近的特点，即：在对刑法进行功能性考察之际，以重视内在于刑法的人权保障功能与法益保护功能的谦抑原则为前提，在刑罚论中，在质疑道义的报应刑论、从功能与经验的角度检讨刑罚的效果、直面犯罪者处遇等刑事政策问题的同时，于关注刑罚的预防作用之际，从人权保障的立场出发通过行为责任对之予以限制，在犯罪论中，主张违法的实质不是违反社会伦理而是对法益的侵害或使之危险化，责任也不是道义的非难而是通过刑罚的手段而施加的法律非难（可罚的责任）。
第二个基本方向，从刑法理论的系谱而言，位于从前期旧派向后期旧派发展的刑法理论系谱中的自由主义的侧面以及从前期旧派向新派发展的刑法理论系谱中的自由主义的延长线上。至少，与第一个动向相比，其作为后期旧派继承者的色彩要淡得多，仅仅继承了自由主义的侧面，并对之进行发展。从日本刑法理论的系谱而言，可以说是处于牧野英一教授、泷川幸辰教授（1891-1962）以及宫本英脩教授（1882-1944）的刑法理论的延长线上，[70]并意图对之加以修正。也即，第二个基本方向在质疑与强调刑法的社会伦理功能相联系的道义责任论与道义报应刑论、关注刑法的人权保障功能与法益保护功能的同时以二者为基点深化、发展客观主义犯罪论方面，是位于泷川刑法学的延长线上；在对刑法的效果与界限进行功能性、合理性以及经验性检讨，直面犯罪人处遇等刑事政策问题，关注犯罪预防的论点方面，是位于牧野刑法学的延长线上；在强调刑法中的谦抑主义的重要性方面，是位于宫本刑法学的延长线上。但是，在直面刑事政策问题这一点上，对试图对泷川刑法学进行修正，在从人权保障的见地处罚通过刑罚责任对犯罪预防的目的、作用设定界限的同时，否定主观主义犯罪论采纳客观主义犯罪论这一点上，是尝试对牧野刑法学、宫本刑法学加以修正。
在上述两个基本发展方向的影响下，自20世纪40年代中期以后，在日本现代刑法思想史上，逐渐形成了三个主要的刑法流派，即：团藤（重光）刑法学、平野(龙一)刑法学与佐伯(千仞)刑法学。
（三）现代刑法思想的三个流派
1 团藤刑法学
（1）理论系谱
20世纪10年代之后在日本逐渐展开的学派之争之中，作为旧派代表之一的小野清一郎教授与作为新派代表之一牧野英一教授被视为各自阵营的权威。在20世纪40年代中期之后的一段时期，出自小野清一郎门下的团藤重光教授与出自牧野英一门下木村龟二教授在传承了各自师门的理论精髓的同时，也在一定程度上取代了小野清一郎与牧野英一的对立位置。但是，与小野清一郎教授与牧野英一教授在刑法的基本立场、刑法的功能等领域几乎是针锋相对不同，团藤重光教授与木村龟二教授的刑法理论，体现出了相互倾斜的现象。
在20世纪40年代中期以后，木村龟二教授在其刑法理论导入了旧派所提倡的罪刑法定主义与犯罪构成理论，倾向于目的行为论；而团藤重光教授则在旧派的道义责任与新派的性格责任的基础之上提出了人格责任论，体现出了向新派理论倾斜的迹象。所以，团藤刑法学与木村刑法学的的对立，不是像小野清一郎教授与牧野英一教授的刑法学那样的体系的对立，而只是在某些领域中，在具体问题上存在争议。在某种程度上，也可以说团光刑法学是新派，而木村刑法学是旧派的。
团藤刑法学在20世纪50年代曾经占据通说地位。其后，团藤刑法学主要为大塚仁教授所继承，福田平教授的刑法理论也受到了团藤刑法学的一定影响。
（2）主要特征
首先，团藤刑法学的思想基础是尊重人权，强调罪刑法定主义。例如，就罪刑法定主义的意义，团藤重光教授明确指出，“为了保证刑罚权这一国家权力的发动不成为无根据的事物，必须摒弃一切的恣意妄行。罪刑法定主义虽然是立法上的体现，但也可以说与不能有丝毫动摇的正确的理论构成形成了表里的关系。”[71]再如，在论及罪刑均衡时，团藤重光教授认为，“不仅仅是立法，司法也必须承认罪刑均衡。在具体的案件中，应该根据具体的情节，确定相应的刑罚。近代学派的学者，论述了以犯人的社会危险性与社会适应性为基础的刑法个别化，而且由此出发，提倡扩大法定刑的范围或者废除刑期，这都是违反罪刑均衡原则的。”[72]
