对这一在主观主义刑法思想主导下制定的新刑法的系统解释也主要是由牧野英一教授（1878-1970）等新派学者完成，因为根据旧派刑法思想对于其中的犯罪规定与刑罚设置无法作出一贯的说明。所以，新刑法的基本保留，也就决定了刑法传统对整体刑法思想的重要影响。即使在日本的新宪法颁布之后，有的新派学者仍然认为，在新宪法之下，1908年的日本刑法与对之的解释也应当得到承认，例如木村龟二教授在新宪法颁布之后，曾经一度认为即使在新宪法之下，也必须全面承认新派刑法学、教育刑以及主观主义。[16]
第二，虽然新的国家体制确立，刑事诉讼法得到全面修改，但是主导从刑事诉讼实务的，仍然是二战之前的法官，他们的思维与理念并没有发生变化，而且二战之前的判例仍然具有法定约束力，这也决定了日本的刑法传统在现代刑法思想中的地位。根据日本1947年颁布的《法院法》第1条、第2条规定，在最高法院之下，设有高等法院、地方法院；根据该法第4条的规定，上级的法院所作判决中的判断，就具体案件对于下级法院具有约束力；根据该法第7条、第10条的规定，在上告程序中，关于宪法与其它法律、命令、规则的解释适用，如果出现了与最高法院的判例相反的情形，最高法院应该组成大法庭进行审理。此处所谓的判例，不仅包括根据1946新宪法设立的日本最高法院的判例，也包括之前的天皇制国家的大审院所作出的判例。具体的例证之一，就是共谋共同正犯。
所谓共谋共同正犯，“指二人以上就实施一定的犯罪进行共谋，如果其中一部分共谋者实施了上述共谋的犯罪，对于所有参加共谋者都以共同正犯追究责任的共同犯罪形式。”[17]共谋共同正犯并不是刑法中的概念，而是由明治时期的大审院在1895年通过判例所确立一种共犯形式，就其理论基础，现在占据通说地位的也是1924年就任大审院法官的草野豹一郎（1886-1951）在1936年的判例中所提倡的“共同意思主体说。”[18]在1946年刑事诉讼法全面改革之后，共谋共同正犯的概念并没有被废除，适用范围反而从原本被限制于恐吓罪等所谓的以精神支持为主要特征的“知能犯罪”逐渐扩大到放火罪、盗窃罪、杀人罪、抢劫罪等实力犯以及行政犯。日本最高法院1958年的练马案判决更是被视为共谋共同正犯史上最重要的判例。[19]
第三，在刑法学界，大多数学者对于刑法改革持反对态度。就如吉川经夫教授（1924-2006）所指出的，20世纪40年代中后期的刑法部分改正，“也不是日本政府主动提出的，而是根据GHQ的要求被动进行的，根据当时主要刑法学者的论述，对于天皇制等问题的追究并不彻底。尽管当时的吉田政府进行了执拗的反对，但是不敬罪以及危害皇室的犯罪还是因为GHQ的强烈意向被废除了。然而，大权文书伪造罪等仍然保留。就此，当时保守的刑法学者自不必言，即使是进步的刑法学者，也认为废除针对天皇的犯罪是走过了头。”[20]
（三）社会变革
随着政治制度的改革、价值观的转变，日本的整体社会秩序也发生了重要变化，民主与人权观念开始渗透到社会生活的各个层面，市民运动逐渐展开，并发挥着越来越大的作用。与此同时，在第二次世界大战之后，日本很快开始走上经济复兴之路，并在20世纪50年代之后，进入了经济高速增长期，与之相伴的是公害犯罪日趋严重、劳动争议快速增加。这一系列的社会变革，在刑法思想中也明确体现了出来。
第一，随着经济的快速发展，大量新兴产业生出现，需要立法规制的领域逐渐增多。日本政府在20世纪50年代、60年代通过了大量的行政刑法，例如1948年的《大麻取缔法》、1951年的《兴奋剂取缔法》、1953年的《麻药与精神药品取缔法》、1952年的《航空法》、1960年的《交通管理法》、1964年的《新干线特例法》、1970年的《关于处罚强取飞机等行为的法律》等。行政刑法具有以下几点特征，首先，出于保护市民生活安全的目的，行政刑法通常在法益受到现实的侵害之前，就予以积极介入；第二，虽然与事后规制相比较，事前规制可能不当地限制市民的自由，但是这一点在“住民要求”这一口号的影响下并没有得到充分考虑；第三，为了保证行政规则得到遵守，行政罚则在犯罪论中体现出了明显的形式化，在刑罚论中体现出了明显的重罚化倾向。简言之，行政刑法的扩大开始对人权保障形成威胁。与行政刑法的膨胀相对应，现实社会中的违法行为也开始大幅增加。针对上述行政处罚领域中的倾向与现实，日本的刑法学者开始反思。其中平野龙一教授（1920-2004）所倡导的机能主义刑法学，是学界反思的突出体现。
机能主义刑法学，指将犯罪学与刑事政策学的目的观念向刑法学领域全面贯彻，认为在刑法学领域中，占据优势地位的不是犯罪构成理论，而是刑罚理论，并且主张从刑罚论开始重新构筑犯罪论的刑法思想。所以，机能主义刑法学的研究顺序不是从犯罪论到刑罚论再到刑法各论，而是从刑罚论到责任论再到犯罪论，最后论述刑法各论。在基础理论方面，机能主义刑法学的两点主张值得我们注意，一是立足于实证主义，提出刑法是社会统治的手段之一，必须注重有效性；二是立足于民主主义，对国家主义提出了深刻的批判，认为刑法的目的就在于保护人权，保护国民利益。所以，在刑法各论部分，机能主义刑法学也是从侵害个人法益的犯罪开始论述。[21]
第二，随着新兴产业的出现与经济发展，以大都市为中心，出现了大气污染、水质污染、噪音等公害现象。20世纪60年代发生在熊本县水俣湾的水俣病、福山县神通河流域的痛痛病以及三重县四日市的哮喘病等造成重大人身伤亡的公害事件，[22]促使日本相继制定了多部公害立法，如1968年的《公害对策基本法》、1970年的第一部处罚公害犯罪的特别刑法――《处罚危害人体健康的公害犯罪法》等。公害危害的频发与公害立法的通过，直接推动了法人处罚理论的发展。日本的传统刑法理论与判例对于企业犯罪都是持否定态度的，因为“法人没有自己的身体与精神，而刑法规定身体活动与心理要素是犯罪的成立要件，法人的性质与刑法的处罚要件相矛盾。”[23]日本现行刑法第3条规定中的“人”也通常被解释为不包括法人。[24]但在日本的行政刑法中，存在着大量通过两罚模式规定法人处罚的条文。
关于法人处罚的责任基础，在20世纪初期，“在两罚规定之下，司法判例一直坚持根据雇员的违法行为追究作为业务主的法人的无过失责任”。[25]其后，随着接受德国刑法理论、刑事立法、司法判例影响的日本学者的增多，自然人与法人如果不存在任何形式的过失就不能处罚的观点逐渐在判例与理论中占据了通说的位置。自1957年日本最高法院将之运用至司法实践开始，过失推定说在法人刑事责任论中取得了支配性地位。根据过失推定说，“关于雇员的违法行为，可以推定法人主未能尽到预防违法行为所必需的选任/监督义务，只要法人主不能证明已经尽到了上述义务，则不能免于处罚，”[26]也即“法人的处罚根据在于未能尽到防止违法行为的必要责任，而且只要不能证明无过失，就可以进行处罚。”[27]
在判例确立过失推定说的同时，针对两罚处罚的法人责任基础，板仓宏教授（1934-）提出了企业组织体责任论，主张在法人犯罪的场合，“从企业组织体活动导致危害这一特点处罚，在讨论是否存在个人的可罚行为之前，首先作为总论，应该明确企业组织体自身活动的过失。以此为基础，作为各论，在企业组织体系不存在过失进行运营的情况下，从个人应该的参与程度出发，讨论个人的可罚过失。”[28]此外，以森永毒奶粉事件与契机，板仓宏教授与藤木英雄教授（1932-1977）在认定企业过失方面，提出了危惧感说（不安感说、新新过失论），主张在认定企业过失之际，只要在结果预见可能性方面，存在对于结果可能发生的危惧感或者不安感，而且并没有采取必要的措施回避结果（违反结果回避义务），消除这种不安感，就可以认定企业过失存在。[29]
于此同时，同样是针对新兴产业对社会带来的危害与法人犯罪，基于交通产业等新兴产业在给社会带来危害的同时也是社会发展所不可缺少的这一基本认识，日本最高法院从20世纪50年代开始在实务中引入信赖原则，例如在1966年的判例明确指出，在交通事故犯罪中，自动车驾驶员在信赖其他驾驶员也会遵守交通秩序，并采取适当措施，但仍然导致了交通事故的情况下，可以认定被告人无罪。此后，西原春夫教授（1928-）在总结德国与日本判例的基础上，系统而又详细地阐释了刑法学中的信赖原则。[30]
与信赖原则紧密相关的是得到福田平教授（1923-）、大塚仁教授（1923-）等学者支持的新过失论与允许的危险理论。新过失论是针对传统的旧过失论而言。旧过失论强调的是结果预见义务，或言结果预见的可能性，认为过失的本质是因为不注意而未能预见到危险结果，是与故意并列的责任要素。与此相应，虽然就过失的判断标准，在旧过失论中存在行为人注意能力说（主观说）、普通人注意能力说（客观说）以及主张如果行为的能力高于普通人，注意义务的上限根据客观说确定的折衷说等不同观点，但总体而言，根据旧过失论，过失的判断标准是主观的“人”的注意能力，或言具体预见危害结果的可能性。
新过失论则认为：第一，根据日本刑法理论的通说，犯罪论可以划分为构成要件论、违法性论与责任论三个阶段，与旧过失论主张过失是责任要素、应该在责任论阶段论述不同，新过失论主张过失犯在违法性阶段就已经与故意犯有所区别，也即过失是违法要素，应该在违法性论阶段论述；第二，新过失论将过失概念的核心从结果预见可能性向结果回避义务转移。根据以结果预见可能性为核心的旧过失论，如果存在危害结果与因果关系，而且可以肯定预见可能性，就可以进行处罚。新过失论则认为，旧过失论的处罚的范围过大，因此从限制过失犯处罚范围的立场出发，主张即使存在预见可能性，如果尽到了结果回避义务，就不能认定过失成立，并将结果回避义务设定为一定的客观行为基准，即认为过失是从基准行为的脱离。[31]
