1. 共同被告间利害关系相反。如果共同被告间有根本的利害冲突，合并审理将会使共同被告相互诬攀，加之检察官法定之控诉弹劾地位，使得刑事被告防御权大打折扣（任何一共同被告都会受其他被告与检察官之双重夹击） 。如果检察官面对共同被告之相互不利陈述选择隔岸观火，任敌意之共同被告相互攻击而收渔人之利，在程序上似显不公正。例如，行贿人A与受贿人B间如果在法庭中相互指证，合并审理将会诱使裁判者产生主观偏见而且不利于共同被告进行防御。所以，对于利害关系相反之共同被告应当分离证据调查程序与辩论程序。法院在审查共同被告间是否具有利害冲突时，应当考量共犯间牵连关系的紧密程度、自白所可能对他被告造成的不利益大小、共同被告是否放弃沉默权而转换为证人等因素。
2. 因违反传闻证据规则与证据排除规则而使被告人遭受不利益时。如果共同被告A于审判外陈述（警讯笔录）：“该案是B指使我干的”。则该陈述只能成为对A不利的证据，而不得成为对B不利的证据（该证词对B而言属传闻）。如果此时B对A审判外陈述未进行反询问保持沉默，则法庭应当分离诉讼程序，按照证人询问程序对共犯中的其他被告进行询问以辨别证词的真实性。[15]如果警方刑求共同被告A或以不当方式侵犯A基本人权而取得相关证据，按照证据排除规则，虽然不构成对A的不利证据，但是能否成为对B的不利证据？对此问题有关学说不同，美国证据法认为可以以“当事人适格”（ standing）理论解决此问题，即只有权利受害人才可以提起证据排除之申请，权利未受侵害之人不得主张证据排除规则之适用。[16]德国刑事证据法对此以“法律保留原则”适用“证据禁止理论”，不以当事人是否提起为要件，但要权衡各种因素决定是否排除（例如侵害权利是否为基本权、是否属“假设侦查流程”、是否“必然发现”等） 。[17]如果使用该项“非法证据”，B是否有权申请分离审判？ 本文认为，对于以侵害A权利的方式而取得证据，如果要用其来弹劾B，则必须进行分离审判。因为如果合并审理，即使排除对A适用，法官也很难不受该非法证据的影响而对B形成有罪心证。
（二）为获取共同被告有利之陈述时——以刑事被告的取证权为中心
如果共同被告人A作出对其他合并审理被告B之有利陈述，依照证据“对质”权理论，该自白只能成为对A的证据，而不得成为对B的证据（因为未经法庭合法调查也未经B对质质证） 。但是如果B试图在A同意作证情形下（A放弃不自证其罪权利） ，由A在证据分离调查程序中对B作出有利陈述，则B此时是否有申请分离审判权利？ 本文认为，在由法官审查A是否出于自己意愿而对B为有利陈述后，法庭应当允许A以证人身份作证，同时分离证据调查程序。我国目前对共同被告自白采取的是“分别讯问”式的证据调查方法，同一审理程序中共同被告不允许分离调查，禁止共同被告间相互作证，而只能从证明力上“相互印证”。
