在《行政处罚法》赋予了部门规章行政处罚设定权，而《行政许可法》没有赋予部门规章
任何行政许可设定权的情况下，法制的统一受到了影响。
四、走法制统一之路：取消部门规章行政处罚设定权
法制统一是建设社会主义法治国家所应当遵循的基本原则。《立法法》也明确规定了法制统一原则。作为立法的表现形式之一的部门规章，其必须严格遵循国家的基本立法制度，着力维护国家的法制统一。笔者认为，对制定于《立法法》之前的《行政处罚法》中关于部门规章拥有行政处罚设定权内容进行修改，这是遵循法制统一原则的必然选择。
虽然，根据《行政处罚法》第12条第2款的规定，部门规章对违反行政管理秩序的行为，仅仅可以设定警告或者一定数量罚款的行政处罚。而且，“罚款的限额由国务院规定”。《国务院关于贯彻实施＜中华人民共和国行政处罚法＞的通知》(国发(1996)第13号)已经对此作出了具体规定。这就使部门规章的行政处罚设定权的权限范围受到了严格的限制。但是，对照《立法法》所规定的立法权限，以及与规范行政许可行为的《行政许可法》不赋予部门规章任何行政许可设定权的内容相比，其冲突与矛盾仍然非常明显。
此外，对特定行政相对人而言，行政处罚表现为对相对人权利的剥夺与限制，是一种行政法上的制裁，对其的设定理应要比体现为对特定相对人赋予权利的行政许可的要求更高。有学者甚至认为，对于行政处罚，只能由地方性法规以上的规范性文件予以设定。地方性法规以下的规范性文件，都不能设定行政处罚。[22]
对于《行政处罚法》上关于行政处罚设定权的规定，有学者认为：“处罚法采取太概括授权的方式，让法律、行政法规、地方性法规及规章都可设立行政处罚，这种授权过于浮滥，造成几乎所有的行政处罚都可以轻易地获得了法规的依据，而非仔细的，且事前由立法者预估的法律授权。为了矫正这种‘稀释’了行政罚必须要有法律依据的法定原则，也使行政罚之秩序可获得法治国家原则的保障，处罚法日后修法时应当加以调整。”[23]这一观点值得今后修改《行政处罚法》时予以参考。笔者也注意到，在行政法学界，已有学者认识到《行政处罚法》关于部门规章行政处罚设定权的规定与《立法法》关于部门规章立法权限规定之间的矛盾，其指出，对于《立法法》第71条第2款与《行政处罚法》第12条第2款之间的矛盾，可以有两种规则加以认识。一是新法优于旧法的规则，即根据《立法法》第83条后句的规定，新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定。依此规则，《行政处罚法》第12条第2款的内容在《立法法》施行(2000年7月1日)之后即因与新法抵触而不能被适用。二是特别法优于一般法的规则，即根据《立法法》第83条前句的规定，同一机关制定的法律中特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定。依此规则，如果《立法法》第71条第2款的规定属于一般规定，而《行政处罚法》第12条第2款的规定属于特别规定，那么即使二者之间存在矛盾，在行政处罚的设定方面，部门规章依然拥有创设性的立法权限。在这种适用不同的规则可能出现不同的结论的情况下，需要在具体案件中，针对具体问题作出应该适用哪项规则的选择和解释。[24]
