应当承认，在制定《行政处罚法》的过程中，对于包括部门规章和地方政府规章在内的所有规章是否应当具有行政处罚设定权，确实也曾经产生过争议。[19]但这种争议并不是体现在部门规章与地方政府规章权限的不同上，而是体现在对规章功能的整体认识上。可以说，我们在制定《行政处罚法》时，对于部门规章和地方政府规章在立法权限上究竟有无区别是缺乏认识的。对部门规章与地方政府规章立法权限有不完全相同的认识，则是在我国《立法法》制定过程中以及颁布之后，并体现在《立法法》的具体条文之中。[20]在《行政处罚法》制定之初，全国人大常委会相关部门撰写的著作也坦言，《行政处罚法》中对规章设定权的规定，应该说只是过渡性规定，随着法制的不断完善，规章设定行政处罚的权力应当是逐步消亡的。[21]《行政处罚法》赋予部门规章和地方政府规章设定行政处罚的权力，是解决部分领域尚缺乏法律、行政法规，需要暂时性地通过规章或者说部门规章去进行管理的权宜之计。如果以部门规章单一的执行性立法权限加以对照，其行政处罚设定权作为行政管理的“权宜之计”或者“过渡性规定”的特征更为明显。
由此可见，既然是为适应行政管理需要而制定的“过渡性规定”，而且在《行政处罚法》颁布之后的《立法法》又明确规定部门规章仅仅具有执行性的立法权限而不具有创制性，那么这种与基本的立法制度所不相符合的部门规章行政处罚的设定权就有改革的必要。更何况，这种“过渡性规定”已经长达十几年，与我国行政法制建设，尤其是与我国行政立法制度规范与完善的要求不相符合。
(三)行政处罚设定权与行政许可设定权不统一
赋予部门规章行政处罚设定权，与《行政许可法》关于行政许可设定权的规定不一致。制定于2003年8月的我国《行政许可法》对部门规章，没有赋予任何行政许可设定权。《行政许可法》之所以作如此制度安排，正是因为遵循了《立法法》关于部门规章与地方政府规章在立法权限方面的区别性规定，是依照《立法法》对规章立法权限的规定所进行的立法。
行政处罚与行政许可是行政行为体系中最为重要、也是最为基本的两类行政行为。首先，行政处罚与行政许可在对公共利益的维护方面具有相同的目标。虽然，从行为的性质角度而言，行政处罚是对特定相对人的制裁性行为，而行政许可是对特定相对人的授益性行为。然而，对特定相对人违法行为的制裁，必定表现为对不特定多数人权利的保护，即公共利益的维护；而行政许可中对特定相对人权利的赋予，也必然会使不特定多数人在不符合法定条件的情况下不能获得从事特定活动的权利，同样体现为对公共利益的维护。其次，从对行政行为进行规范的角度而言，行政处罚和行政许可都是在实践中实施频率较高且对当事人权利方面影响较为广泛的具体行政行为，其在依法设定与依法实施方面应当有基本相同的要求。我们从《行政处罚法》与《行政许可法》关于立法宗旨的规定中可以看出，两者的表述除了规范对象一个是行政处罚，一个是行政许可，以及语言的顺序有所不同之外，其他基本一致。由此可见两者在规范目的上的基本一致性。最后，从立法制度的角度而言，《行政处罚法》与《行政许可法》均为我国对基本行政行为进行规范的法律，该两部法律中关于行政处罚设定权和行政许可设定权的规定，都属于在特定行政管理领域赋予一定立法权的行为，都必须符合我国《立法法》确立的立法体制与依法行政的要求。可以说，《立法法》对部门规章立法权限的规定与限制，并不存在行政处罚与行政许可事项之间的区别。相反，从统一立法体制的角度而言，无论是对于行政处罚，还是行政许可，乃至于其他行政行为领域行政权的设定，在部门规章的立法权限方面，其规定应当是统一的。
