第一，两派观念的差异首先体现在因果关系方面。因为以一定的犯罪结果为基础来考虑其与行为之间的因果关系，所以旧派刑法理论更容易采取相当因果关系、定型因果关系的立场，而新派刑法理论，因为其坚持征表主义的缘故，对其而言，定型的因果关系未必是必要的，仅仅从行为到结果的联系就足以，所以更容易倾向于条件说的立场。
第二，关于责任论的不同认识也是体现出了新旧两派的不同之处。首先，责任能力的实质， 大厂茂马认为，“所谓责任能力，指行为人对自己的行为的事实上以及法律上的意义的认识，并依据此认识决定是否实施与现存的动机相关的行为的能力，”所谓责任的核心就是道义非难。小野清一郎于泷川幸辰的观点与此几乎相同。而牧野英一则认为，“所谓责任能力，指通过科处刑罚实现刑罚目的的能力”， [37]责任能力也可以被视为刑罚能力或者刑罚适应性，所以从社会责任论的立场出发，有责任能力者与无责任能力者之间并没有实质的差别，只是社会防卫的方法不同而已。
其次，故意的内容，旧派理论以对行为人道义非难为根据，提出对于故意的成立而言，在对犯罪事实的认识之外，违法性认识也是必要的。小野清一郎更是提出了违法性认识才是故意与过失的分水岭的主张。而新派理论则认为，只要认识到了犯罪事实，就可以认为行为人的危险性格已经体现出来，所以对于故意的成立而言，违法性认识并非是必要的要素。例如牧野英一曾经仅仅将对犯罪事实的认识作为故意的要素，后来他区别自然犯与法定犯，认为对于前者的故意成立而言，仅仅是对犯罪事实的认识就已足够，而后者故意的成立，则还需要违法性认识。木村龟二的观点与牧野英一的后期观点基本相同。
最后，关于事实认识错误的问题，根据故意成立所要求的犯罪意思与行为之间的符合性的程度，可以区别出具体符合说、法定符合说与抽象符合说，前二者更容易受到重视现实发生的犯罪事实、以犯罪人的意思为研究对象的旧派理论的青睐，而第三者则为新派学者所主张。例如小野清一郎与龙川幸辰都认为，在以毁坏财物的故意而致人死亡的案件中，如果不能以毁坏财物罪（未遂）处罚，则应该以过失致人死亡罪论处，这明显是采取了法定符合说的立场，即犯罪的事实与犯罪的意思至少应该在同一构成要件之内符合。而牧野英一则认为，在上述情况下可以视为毁坏财物罪（即遂），因为既然存在犯罪意思，而且基于意思发生了侵害事实，在此之间行为人的反社会性格已经表露无余，已经不需要认识与事实上的符合，这显然是抽象符合说的结论。
第三，关于未遂犯的观点也反映了新旧理论的对立。就未遂犯的处罚，将旧派的理论贯彻到底，其结论就是：在未遂犯的场合，因为犯罪还没有完成，结果还没有出现，所以对于行为人应该不予处罚，至少应该减轻处罚。而重视犯罪意思的新派理论则认为，没有必要区分即遂与未遂，宫本英修还进一步提出，因为犯罪预备同样体现出了行为人的反社会性格，所以也没有必要区分出来。就实行的着手，关注定型的实行行为的旧派理论的客观说与强调发现行为人犯罪意思征表的主观说也形成了对立。根据前者，实行的着手，指开始着手实施该当构成要件的行为，而根据后者，实行的着手，则是指根据外部行为可以确认行为人的犯罪意思之际或者能够看到犯意的飞跃的表现之机。
第四，关于共犯问题的论述，进一步展示了新旧两派的理论差异。首先，就共犯问题的基础理论，重视犯罪定型的旧派理论主张犯罪共同说，即认为共犯指数人共同实施特定的犯罪，原则上要求是符合同一构成要件的犯罪，而新派理论则坚持行为共同说，认为共犯指具有危险性的数人共同实施实行行为，即使各自所实施的实行行为不属于同一个构成要件也没有关系。
其次，从上述基础理论出发，直接就产生了共犯从属说与共犯独立说的对立。从犯罪共同说出发得出的结论是：因为共同实施的犯罪是问题的重点所在，所以对于犯罪的成立而言，处于直接而且重要的地位的行为可以独立成立犯罪（正犯），对于犯罪的成立而言不过是具有间接或者轻微关联的行为，如教唆犯与帮助犯（狭义的共犯），只有在从属于主要行为的情况下才可以成立犯罪，而不能独立成立犯罪，具有可罚性（共犯从属说）。与此相对，从以征表主义为理论基础行为共同说得出的结论是：教唆犯也好，帮助犯也好，因为从其行为中可以发现其社会危险性，对于各自的行为，可以独立地追究刑事责任。此外，在一些具体的问题上，新旧两派理论也得出了不同的结论。
在日本的学派之争中，有一个明显的特点，即：虽然在旧派学者中也存在着泷川幸辰等主张自由主义刑法理论的论者，在新派学者中也有宫本英修一样的尝试能够限制国家刑罚权的理论构成的论者，但两者都不是各自学派的主流，由于新旧两派都是属于天皇制国家与明治宪法之下的刑法理论，总体而言，在新旧两派的主流理论之中，都有着浓厚的国家主义、权威主义的色彩。此外，还需要指出的是，虽然在理论界新旧两派展开了激烈的论战，但是在司法实务界，折衷主义仍然得到了坚持，作为实务界代表人物的泉二新熊的刑法解释论中试图折衷新派的目的刑论、主观主义犯罪论与旧派的报应刑论、客观主义犯罪论的折衷主义的见解，以及同样作为实务家的草野豹一郎（1886-1951）的通过共同意思主体说赋予包括共谋共同正犯在内的共犯理论基础的见解，对于当时的司法实务都有着重要的影响。
新旧两派的论战自20世纪20年代中后期开始得以全面展开。但是不久，日本开始升级对外侵略战争，逐渐进入了“治安刑法”时期，国家主义、全体主义倾向逐渐在日本刑法理论中占据支配地位，形成了日本近代刑法史上的黑暗时期。在这种的情况下，“进步的刑法学终也，”[38]新旧学派的对立也失去了其意义。
三、黑暗时期的刑法与刑法思想
在明治维新初期，因为税制改革等原因，在统治阶级与农民等被统治阶级之间就产生了直接的矛盾，而且随着资本主义制度的发展而逐渐变得尖锐。与此同时，20世纪初期开始在世界范围内的蓬勃发展的共产主义运动也给明治政府的国内统治带来了压力。为了维持独占资本主义，延续天皇独裁政权，明治政府及其后继者很快就走上了对内实施高压，对外进行侵略的军国主义道路。在这一大的时代背景下，扩大治安立法，强化治安体制，就成为了执政者的当然选择。随着日益膨胀的治安立法逐步将刑法置于其阴影之下，日本刑法思想史上的一段黑暗时期拉开了帷幕。
（一）治安立法与治安体制
进入20世纪，尤其是在苏联十月革命之后，日本当时的天皇制政府不得不面对内外双重压力：在外，是以十月革命为起点的各国社会主义革命及其对独占资本主义制度的冲击；在内，是以日本共产党的成立为代表的国内民主运动的高涨，以及经济恐慌带来的民众反抗的大量增加。为了维护天皇制政府与独占资本主义，日本政府对外开始升级侵略战争，对内开始严厉镇压民主运动。因此，通过刑罚严酷、处罚思想犯的治安立法（主要指20世纪20年代以后的治安立法）与战时刑事特别法，就成了日本政府当时的必然选择。
黑暗时期的治安立法体系，主要有三部分组成：第一，是原本以镇压日本共产党为目的的《治安维持法》以及其后的相关改正立法（广义上的治安维持法）。早在1922年2月，当时的大正政府就通过了以压制共产主义、无政府主义运动与思想的《过激社会运动取缔法》，但是该法并未能阻止历史的发展，同年7月，日本共产党成立，标志着日本劳动者的解放运动进入了一个划时代的新时期。虽然当时日本共产党属于非法组织，不能公开开展活动，但是通过合法的杂志，不断地将其思想、行动方针传输给普通大众，呼吁无产阶级为了维护自己的生活利益，进行积极的政治斗争。在日本共产党成立之前的同年3月，以解放为目的的日本全国水平社成立，4月，日本农民协会正式创立。这些都表示日本的无产阶级运动有了飞跃的发展。
为了维护绝对主义的天皇制、独占资本主义以及官僚制度，大正政府以1923年发生的关东大地震后的社会秩序紊乱与骚动为借口，于1925年公布了日本近代最为着名的“恶法”-《治安维持法》。该法集此前治安立法之大成，不仅处罚关于变革“国体”、“私有财产制度”等相关的行为，而且处罚思想本身，所以被称之为“自由死”刑法。[39]《治安维持法》共包括7条，第1条第1款明确规定，以组织以变革国体或者否认私有制度为目的的团体，或者明知而加入者，处10年以下惩役或者禁锢。第2款规定，未遂罪亦处罚。第2条规定，以前条第1款规定之目的，协议进行实行者，处7年以下惩役或者监禁。第3条规定，以前条第1款规定之目的煽动实行者，处以7年以下惩役或者监禁。第4条规定，以前条第1款规定之目的，煽动进行骚扰、暴行或者其他危害生命、身体或者财产犯罪行为者，处以10年以下惩役或者监禁。第5条规定，为资助第1条第1款以及其前述3条规定之罪，提供或者承诺提供金品或者其他财产上的利益者，处5年以下惩役或者监禁。[40]
1928年，昭和天皇（公元1926年-公元1989年在位）主政的当局，颁布了《治安维持法中改正紧急敕令》，进一步扩大了处罚范围，提高了处罚力度。该敕令第1条第1款规定，以变革国体为目的，组织社团者，承担社团的干部或者其他领导者的任务者，处以死刑或者无期、5年以上的惩役或者禁锢。明知相关情况而加入社团者，或者实施有助于实现结社目的的行为者，处2年以上惩役或者禁锢。第2款规定，以推翻私有财产制度为目的，组织社团者，加入社团者，或者实施有助于实现结社目的的行为者，处10年以下惩役或者禁锢。第3款规定，前两款未遂亦处罚。如此，《治安维持法》就在实质上变成了“死刑刑法”。[41]
