但应当指出的是，在刑罚的适用思想方面，《新律纲领》与《改定律例》有所改变。在江户时期，存在着追放刑的规定，即将犯罪人流放至远岛，驱逐出生活共同体。《新律纲领》虽然规定了在实质内容上有所相同的流刑，但是将流放地特定为北海道，而且规定在一定期间的劳役之后，让之继续在当地定居。此后与1870年颁布的《准流法》规定，流刑不再是将犯罪人流放至北海道，而是在监狱中执行，也即流刑成为了徒刑的一种。根据《新律纲领》与《改定律例》的规定，所谓徒刑，是通过劳役苦役，让犯罪人改恶向善、回归社会的制度，所以对于劳役，给予一定报酬，在释放之际交予犯罪人，让之从事正业。“这样，可以说，经过《准流法》，我国的刑罚拂去了追放刑的性质，慢慢向教育刑转变。”[6]
（三）针对初期立法的批判
在明治初期，政府为了实现富国强兵的目的，不但积极推动政治、经济改革，而且大力实施文明开化、思想启蒙政策，以将国民从封建桎梏中解放出来，提高自主行为意识。《暂定刑律》、《新律纲领》与《改定律例》中的复古思想与规定，显然是与时代要求格格不入的。所以当时的有识之士，主要是提倡西欧法制的学者，提出了强烈的批判。[7]可以将之归纳如下：
第一，身份主义。对此，早在1869年就有学者从法律面前四民平等的立场出发，对武士阶层的伤害豁免提出了“从四民平等的原理出发武士的伤害豁免是绝对不能允许”的论断。[8]但是，在数百年的封建传统意识的影响下，在刑事司法中实现四民平等并非容易之事。如上所述，明治初期的刑事立法都保留了传统的闰刑的规定，而且在刑事诉讼之中，具有不同身份者所受到的待遇也不同。例如根据《暂定刑律》，凡具有带刀士以上身份者（具有僧尼身份者准用），不受拷问，法庭规则也规定，在法庭上，不得混淆有身份者与一般黎民的位置、座席。自1872年之后，诉讼程序中的一些身份性规定与实践才慢慢被废除。
就闰刑，在1873年也有人批判道，政府正在革旧立新，广开纳贤之门，诉讼程序中的有关身份的规定也正慢慢消失，但是在行刑之中，官吏可以赎刑，士族享受闰刑，百姓承受实刑，这与当今的政体是不相符合的，因此提出了废除闰刑的建议。[9]
第二，刑罚的一身专属性。针对当时不但适用于犯罪人本人，而且波及犯罪人家族的财产没收与除籍之刑，早在1869年，就有人提出，赏善罚恶，表明了国家劝、惩的意图，对于果真犯罪之人，当然不可宽恕，但我国根据犯罪的轻重不同，刑罚不仅适用于犯罪人本人，而且波及犯罪人的妻子亲族，真是不道且残酷的。若一人为恶，则处罚一人足矣，毫无道理波及无辜的他人。所以，应该及早改正刑及家人的不道规定。[10]在1871年《新律纲领》制定之际，当时的有识之士就向太政官提出建议，废除刑及家人的财产没收与除籍，并获得了明治政府的接受。
第三，宽刑论。随着西方人权、自由等思想的传入，对于笞刑、杖刑以及枭首等严酷的刑罚与执刑方式，当时的有识之士也提出了批判。在死刑方面，虽然明治初期的刑事立法通过改革，废除了残酷的死刑执行方式，如封建时代的焚、磔等，但这些立法也仅仅是止步于此，而且保留了绞、斩、枭三种死刑方式，这表明明治政府内部还是坚持死刑本身，对于将不能改善的犯罪人从社会之中淘汰，以及威慑一般国民，是不可或缺的思想。
对此，当时的学者更是从启蒙思想出发，提出了尖锐的批判。例如启蒙学者津田真道在1876年就提出了死刑非刑的观点，从原理上明确否定了死刑，他言道：“刑者，罚恶之物也。罚者，何也？曰：与犯者恶事之罪业相抵，使之畏所为之罪业、生悔悟之心、归善道之物。刑法之目的宜止于此。然死刑苟一施行，则绝人性命，纵悔之，而心魂体魄皆不在，善道难归，善行难为。故曰：死刑非刑。”[11]
第四， 拷问制度。对于当时在诉讼程序中仍然大行其道的拷问制度，[12]津田真道更是进行了无情的批判，他认为：“天下之恶，其惨无出拷问者，古今之害，其毒无逾拷问者，桀纣之无道暴虐，亦难与拷问相比肩。因何而谓之？ 桀纣之残暴，一人之恶也。拷问之恶害，数十百千法官之恶，殃及数十世也。受其荼毒者，因桀纣一时之残暴而受害者何能比拟。”[13]明治政府招聘来的法国学者等更是提出了废除拷问的建议书。在社会上的反对声中，明知政府于1875年之后，逐步废除了拷问制度。[14]
第五，罪刑法定与比附援引。罪刑法定原则是近代市民思想的先驱，所以随着西方人权、自由等近代思潮传入日本，对于罪刑法定原则的渴望与提倡，乃是必然之事。早在明治维新之前，津田真道就认为，犯罪人仍然是我国的住民，享有住民权，此权利必须受到尊重。决不能不依据律法条例，认定住民有罪，并对之处以刑罚。应该在律法中明知指示可以处以刑罚的犯罪行为，在律法明白规定之外，决不能定罪处罚。此外，应该在律法中明确规定对于何种犯罪应该处以何种刑罚，对于某种犯罪，在律法针对其规定的刑罚之外，适用其他的刑罚，也是绝对不可以的。[15]
在当时的客观情况下，罪刑法定原则不可能得到明治政府的确认。但是，对于明治初期的刑事立法，罪刑法定原则也起到了一定的影响。例如，根据《新律纲领》中断罪无正条的规定，可以进行类推适用刑罚，同时为了防止滥用，规定在比附援引处以刑罚时，必须向上级汇报，接受上级的领导，而且将“不应为罪”，即根据情理处罚的案件中，限制在笞三十至笞七十的刑罚范围内。《改正律令》中断罪无正条的规定，对犯罪与处罚的种类与限度进行了进一步的限制。再如，如上所述，在《新律纲领》中存在断罪以新颁律的规定，但《改定律例》进行了一定的修正，规定如果犯罪存在于律例颁布之前，而且原律规定的罪名较轻，则仍依原律定罪处罚。
综上所述，在王政复古的客观环境下，明知初期的刑事立法无一不体现出了日本前近代时期，尤其是律令法时期的法律思想。但是，这种思想与明治政府大力展开的近代政治、经济改革与文化、社会政策是相悖而行的，所以遭到了强烈的批判与反对。为此，明治政府早早地就开始聘请外国学者，尤其是法国学者，展开了真正的近代立法工作。
二、新旧两部刑法与学派之争
在上述三部初期刑事立法之后，日本先是采纳了法国的折衷主义刑法思想，并以之为指导，制定了日本历史上第一部近代意义上的刑法典。其后，基于社会现实的需要，采纳了新派的刑法思想，制定了沿用至今的新刑法典。在这一过程中，以发生在欧洲的刑法学派之争为蓝本，从20世纪初期开始，在日本也发生了一场刑法学派之争。但与欧洲的先有旧派，再有新派，而后双方展开论证的学派之争不同的是，在日本，是先有新派，后有旧派，而后双方就刑法理论的各个领域展开激烈的论争。
（一）折衷思想与旧刑法
鉴于初期颁布的立法饱受批判，而且更与当时从封建主义社会向资本主义社会转变的社会现实相背离，因此，明治政府很快就开始引进西欧的刑法思想。由于以下四方面的原因，当时的法国折衷主义刑法思想得到了日本学者与立法者的青睐。第一，德川幕府很早就与法国建立了外交关系，这奠定了明治初期对法国法律以及理论进行研究的时代背景；第二，在欧洲大陆诸国中，法国法典的编纂走在了前列，所以法国的法学典籍等资料最先被系统地翻译、介绍进日本，如拿破仑时期的五部法典等；第三，在大量翻译法国的法学与政治学着作的同时，日本政府开设了明治法律学校（明法寮），并与19世纪70年代初就年开始邀请法国的法律学者讲授法国的法学理论，其中就包括了1880刑法典的主要起草人博斯纳德教授（Gustave Emile Boissonade，1825-1910）；第四，是当时在法国占据主导地位的折衷主义或言新古典主义刑法思想所具有的进步性、中庸性以及现实性的特征，深受日本当时的法律学者的推崇，而且与日本传统的律令学有相似之处。[16]
在上述背景下，明治政府的司法省于1875年开始以法国刑法典为范本编纂刑法典草案，并于1876年设立了刑法编纂委员会。作为该编纂委员会主要成员之一的法国学者博斯纳德，在法国拿破仑刑法典的基础上，参考意大利、比利时、德国等欧洲其他国家的刑法典，于1877年独自完成了刑法草案。明治政府于太政官中设置了“刑法草案审查局”，对博斯纳德的草案进行了审查。此后，在审查结果的基础上又增加了若干修正，形成了最后的刑法草案。1880年，日本公布了其第一部近代刑法典（旧刑法）。
旧刑法由4编21章403条组成，第1编总则规定了法例、刑例、加减例、再犯、数罪并罚、共同犯罪以及未遂犯等基本问题，第2编规定了关于公共法益的重罪轻罪，包括针对皇室的犯罪、国事犯罪、妨害信用、健康、工农业的犯罪等，第3编规定了针对身体、财产的重罪轻罪，第4编规定了违警罪。对重罪的主刑，有死刑、无期徒刑、有期徒刑、无期流刑、有期流刑、重惩役、轻惩役、重禁狱、轻近狱，对轻罪的主刑，重禁锢、轻筋骨与罚金，对违警罪的主刑是拘留与科料，附加刑包括剥夺公权、停止公权、禁治产、监视、罚金、没收。从将犯罪分为了重罪、轻罪与违警罪而言，旧刑法与1810年的法国刑法典基本相同。虽然旧刑法中存在反映日本传统刑法思想的规定，如第377条规定了亲族间的盗窃不以犯罪处理，第117条与119条规定严厉处罚不敬罪，第153条规定亲亲相隐不为罪等，但总体而言，旧刑法的主导思想是报应主义与功利主义相结合的折衷刑法思想，这在旧刑法的规定与当时的刑法解释中都体现得非常明显。
