关于刑罚，牧野英一认为，刑罚论也应该从等同于社会反射运动的报应刑论向自觉有意识的目的刑论进化、发展。他指出，在方法论上报应刑是回顾性的而目的刑是前瞻性的，这是二者的基本差异。报应刑主义主张通过刑罚满足报应观念，保持社会道义，但作为现实的犯罪对策，很明显并不能有效得发挥作用。所以，应该以发达的自然科学为基础，通过运用实证的研究方法，反思刑法的政策意义。目的刑主义以社会保全的目的，但并不是将通过镇压的方法而是将通过科学的方法对犯罪人进行改善与教育放在了第一位。如此，目的刑论、教育刑论就与所谓的特别预防向结合，朝向要求刑罚改革的改善刑进化。牧野英一目的刑、教育刑论中的国家观是需要特别指出的一点。就此，牧野英一提出了从“始自于警察国家，跨越法治国家，朝向文化国家”的国家进化论，并从文化国家的立场出发，对教育刑论的理念进行了阐释。
从其犯罪论与刑罚论出发，牧野英一对罪刑法定主义持消极的态度。在制定新刑法之际，当时的立法机构消除了旧刑法中关于罪刑法定的规定。牧野英一认为，这是具有积极的理由的，应该对罪刑法定主义进行缓和、批判。因为对于社会防卫、特别预防、教育刑等观念与要求，罪刑法定主义所形成的形式上的法律关系的制约无疑是一种障碍、桎梏。所以，随着刑法的进化，促进罪刑法定主义的变迁，是实现社会防卫的必然措施，也是从19世纪的法治国思想向文化国思想进化的要求。就法官的裁量权与执行官的权限的扩大可能有损于人权的问题，牧野英一认为，“现在的形势与法国大革命时已经相距百年以上，最早的中世纪残暴的擅断主义不过是作为一种沿革淡淡地残留于社会的记忆之中，”[26]也就是说，罪刑法定原则不过是作为罪行擅断主义的对立面登场的历史产物，是法治国家的基本原则，而随着法治国家向文化国家的进化，罪刑法定主义发挥功能的历史背景已经不复存。
从上述对罪刑法定主义的批判出发，在刑法解释论方面，牧野英一对刑法中的严格解释论提出了批判，他认为，严格解释论是在19世纪对应人权保障与罪刑法定主义而存在的，有其特殊性，而在20世纪的今天，已经没有必要担心法律滥用的问题。就刑法解释应该依据的原则，他认为在形式上应该是科学的论理，在实质上应该是社会的需要与时代的趋势。法律本身虽然是在过去制定的事物，但是也不应拘泥于立法者的意思，应该以现阶段的具体妥当性为问题，如此，当然就应该采纳进化论与目的论的解释。就类推解释，他也采取了宽容的态度，他认为，类推解释在实质上也是社会的必要，作为一种解释也是论理的方法。所以，与其他的法律一样，刑法也应该允许类推解释的存在。
牧野英一的新派理论在“将从国家相对独立出来的社会作为直接的对象，对于从”社会“产生的问题，在刑法上也从公平的观点出发予以对处的意思”这一点上，有其一定的积极意义。但他的进化论思考，在根本上不是对国家与社会的现实状况的充分地分析，而是对其现状的简单肯定，尤其是没有承认个人同国家/社会之间的现实的紧张关系。而且，牧野英一在犯罪论领域贯彻了主观主义思想，肯定了如果能够发现向行为发展的犯意等主观要素，原则上可以在广泛地范围内承认犯罪的观点，并展开了承认刑法过早介入的解释论，例如关于实行着手的主观说、关于不能犯的主观危险说、共犯独立说等。所以，日本的新派理论“在富井正章、古贺廉造等引进之时，已经表现出了已经表现出了国家主义、权威主义的侧面，在牧野英一予以展开的时期，这一侧面的浓厚色彩仍然存在，” “（牧野英一的刑法理论）作为新派的国家主义、权威主义侧面地体现，对于个人的权利/自由而言，有着非常大的危险。”[27]
但是，在社会矛盾尖锐、治安压力增大，以及为确立天皇制国家、以普鲁士宪法为模范的明治宪法的颁布实施的背景下，明治政府还是采纳了新派刑法理论的基本主张，以之为指导思想，在广泛参照欧洲各国刑法，尤其是1871年德国刑法典的基础上，于1907年颁布了新的刑法典（新刑法），也即日本的现行刑法典。
日本的新刑法继承了旧刑法的许多规定，具有位于旧刑法延长线上的一面，例如新刑法将旧刑法中关于伤害罪的正当防卫的规定从分则移到了总则。但另一方面，新刑法更是深受作为欧洲刑法改革运动主导思想的新派刑法思想的产物，具体体现在，第一，消除了罪刑法定的规定。如上所述，日本的旧刑法第2条明确规定了罪刑法定主义，而新刑法消除了这一规定。据此，官方的解释是：“这并非是否定罪刑法定，而是因为其已是不言而喻的原理，所以没有写入，而且有宪法第23条”日本臣民非依法律规定，不受逮捕、监禁、审问、处罚“规定的存在，也没有写入的必要。”[28]但是，这一修改无疑是在新派刑法理论的影响下进行的，而且，作为新刑法主要参考的德国刑法典以及法国刑法典也都明确规定了罪刑法定主义。
第二，对犯罪类型的规定比较概括、而且具有弹性，法定性的幅度显着扩大，在犯罪的成立范围与量刑方面，给予了法官很大的裁量余地。如上所述，旧刑法将犯罪比较细致的划分为重罪、轻罪、违警罪，新刑法将这一区分取消，并在关于各则规定的犯罪类型也非常简约化、包括化。例如，关于杀人罪，旧刑法详细规定了谋杀、毒杀、故杀、误杀以及杀害尊亲属等各种不同情形，新刑法在故意犯罪的情况下仅仅规定了杀人罪、参与自杀罪/同意杀人罪以及在1995年被废除的杀害尊亲属三种情形。关于杀人罪的法定刑的规定，也非常的宽泛，即“处以死刑、无期徒刑或者3年以上惩役。”
第三，关于未遂犯的规定。如上所述，旧刑法关于未遂犯是采取了“必减主义”的立场，即对于未遂犯必须减轻处罚，但新刑法第43条“对于已经着手实施犯罪，但未完成者，可以减轻其刑罚”的规定表明，新刑法采取的是“得减主义”，即对于未遂犯根据相应的情节决定是否减轻，而不是必须减轻。
第四，缓刑与假释等刑事政策制度得到了扩大。新刑法采纳了在新派理论影响下出现的缓刑制度，并缓和了假释制度的要求。根据旧刑法的规定，在有期刑罚的场合，犯罪人需要服完3/4的刑期，在无期刑罚的场合，犯罪人需要被收监15年以上方可以假释，新刑法则减低了上述要求，规定在有期刑罚的场合，犯罪人需要仅服完1/3的刑期，在无期刑罚的场合，犯罪人仅需要被收监10年者即可。这也是着眼于促进犯罪人的人格改善而做出的变革。
最后，在新刑法中，国家主义、权威主义得到了广泛地体现，例如在新刑法第2编第5章“妨害公务执行之犯罪”中，作为旧刑法中“妨害官吏职务罪”的替代，立法者规定了“妨害公务执行罪”。但在内容上，与旧刑法中“妨害官吏职务罪”的规定相比，“公务执行妨害罪”的内容鲜明地体现出了强化国家规定的倾向。首先，“妨害官吏职务罪”的对象仅仅是官吏，包含以公共职员、议员等形式从事国家活动的职务行为，但是“公务执行妨害罪”将之以“公务员”涵盖之；其次，新刑法改变了“公务的内容”，几乎所有公务员所从事的职务都成为了“妨害公务执行罪”的犯罪对象。
