（二）建立专门法院的明显缺陷
为有效融合法律和科技以审理技术性强的案件，英国成立了一些专门法院，如商业法院、专利法院；美国有些司法辖区则采用专业化的蓝带陪审团。我国虽然也设有军事法院、铁路运输法院等专门法院，但这些法院的诞生主要是为了满足行业管理方便的需要，而不是为了满足解决专门性问题的需要。在实践中，有些法院开始探索建立新型专门法庭，如统一受理知识产权民事、行政和刑事案件的知识产权法庭。根据2009年3月30日发布的《最高人民法院关于贯彻实施国家知识产权战略若干问题的意见》的规定，最高人民法院还将探索建立知识产权上诉法院。这里的问题在于，专门法院（庭）可以审理某种特定类型的案件，但对其他涉及专门知识的案件却无法发挥作用。
（三）聘请专家陪审员的困扰
司法实践中，一些合议庭选用专家陪审员参加审理专业性案件，对技术事实的认定起到了一定的作用。但是，自《全国人民代表大会常务委员会关于完善人民陪审员制度的决定》（以下简称《决定》）于2005年5月1日生效后，专家陪审员制度就难以继续推行。《决定》第14条规定，中、高级人民法院审判案件依法应当由陪审员参加合议庭审判的，在其所在城市的基层人法院的人民陪审员名单中随机抽取确定，但是，由于基层人民法院基本无权审理知识产权民事、海事海商等专业性案件，在挑选陪审员时一般不会考虑对专业陪审员的需求，因此，中、高级人民法院从中选定的陪审员很少具备专业知识，难以解决案件的专门性问题。即使这些陪审员中有合适的专家陪审员，也无法满足司法实践对千差万别技术问题的需求；而如果专业陪审员的意见对法庭有决定性的意义，那么又不利于合议制作用的发挥。同时，由具有特定知识的人充当陪审员，也违背了陪审员应该来自社会各阶层的要求，无法体现陪审制度的民主性。
（四）走访咨询专家的困惑
在法院的司法鉴定部门被撤销后，各级法院相继设立了司法辅助工作部门。根据2007年9月1日施行的《最高人民法院技术咨询、技术审核工作管理规定》第3条的规定，司法辅助工作部门的司法技术人员向审判、执行部门提供技术咨询以解决专门性问题。但是，由于人员结构、专业领域限制等方面的原因，法官需要咨询的问题经常会超出司法技术人员的专业范围，这时就产生了对外咨询专家的现实需要。对外咨询专家能提高法官对专门性问题的认知能力，也有助于提高诉讼效率，是在审判实践中法官常用也很实用的方法，几乎涵盖所有的审判领域，但其存在的正当性却备受争议。因为法官决定咨询专家时，当事人没有机会参与决定被咨询专家的人选，无法保证被咨询专家与案件无利害关系。此外，被咨询专家不出庭接受双方当事人的询问，其提供的意见不属于证据，只作为法官裁决案件的参考，法院在裁判文书中也不会提起咨询事项及过程。这种做法不仅剥夺了当事人听审的权利，违背了诉讼程序的正当性要求，而且将裁判建立在无需承担任何责任的专家咨询意见上，也无法保障事实认定的准确性。
