但是，我国《著作权法》第11条第3款与第16条第2款规定，表面上是区别了法人作品与法人享有除署名权之外的其他著作权的职务作品，事实上，不仅混淆了法人作品与职务作品的界限，而且还搅乱了两者的区别。正常情况下，法人或者其他组织要想获得完整的著作权，有两种途径：一是与作品创作者签订创作合同，约定其著作权归属于法人或者其他组织；二是以名义作品形式获得完整的著作权。如果著作权法直接规定法人或者其他组织可以视为作者，成为完整的著作权人，就会引发纠纷。[22]更何况将法人或者其他组织视为作者的情形与职务作品存在明显的交叉重叠，更是容易引起纠纷。[23]
(二)关于委托作品著作权归属于受托人规定的缺陷
我国《著作权法》第17条关于委托作品著作权归属的规定，首先是尊重当事人双方的意思自治，由当事人双方在合同中约定作品著作权归属；其次是保护受托人权益，即当事人双方没有就著作权归属作约定或者约定不明确的，著作权归属于受托人。
从尊重当事人双方意思自治的角度看，尽管委托作品著作权的归属有四种选择，[24]但不论是哪一种，都是当事人的选择，应当是可行的。但是，若当事人双方约定委托作品著作权归属于受托人，则会发生委托合同约定的著作权归属与职务作品或者法人作品著作权归属的矛盾。如果合同约定著作权归属于受托人，而且受托人是自然人，即创作者，那么，创作作品的自然人就是作者，享有全部著作权。但是，若受托人是法人或者其他组织，根据合同约定，受托人本应享有著作权，而由于法人或者其他组织自己没有创作能力，其受托创作作品只能安排、指派或者委派一个或者几个自然人创作。接受安排、指派或者委派创作作品的自然人创作的作品，是职务作品、法人作品或者委托作品，则是需要考虑的问题。若将受托创作的作品作为职务作品，该作品著作权的归属就应当按著作权法规定的职务作品著作权归属的情形确定。但是，我国《著作权法》规定的职务作品著作权归属有四种情形，通常是引发纠纷的原因所在。在这种情形下，只能是“合同约定著作权归属于法人或者其他组织的职务作品，署名权归属于作者，著作权中的其他权利由法人或者其他组织享有”。
由此分析，虽然受托人(法人或者其他组织)的著作权与其安排、指派或者委派的创作者之间的著作权问题得以解决，但是却绕了一个大弯。尤其重要的是，特定的自然人接受受托人的安排、指派或者委派而创作的作品之著作权，到底应当归属于谁，却是有争议的。换言之，委托创作合同约定著作权归属于受托人，是第一层次的法律关系；另一层关系就是受托人与特定创作者的著作权归属关系可能是不一致的，从而引起矛盾。
另一方面，我国《著作权法》第17条还规定，当事人双方没有就著作权归属作约定或者约定不明确的，著作权归属于受托人。此处的“受托人”既可以是自然人，也可以是法人或者其他组织。若受托人是作品的创作者，著作权归属于该自然人，当然没有疑问；若受托人是法人或者其他组织，则同样会出现上述矛盾或者争议。
(三)关于“职务作品著作权归属”规定的缺陷
我国《著作权法》第16条规定的职务作品著作权归属分两种情形：一是著作权完全归属于作品创作者；二是署名权归属于创作者，著作权中的其他权利归属于法人或者其他组织。后者又可以分为三种情形：(1)由法人或者其他组织提供创作所需的物质技术条件，并且由法人或者其他组织承担法律责任的工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等职务作品。(2)法律、行政法规规定著作权归属于法人或者其他组织。(3)合同约定著作权归属于法人或者其他组织。
