（2）中小企业（small and medium—sized enterprises SMEs）
计算机软件的专利保护对于中小企业产生了巨大的负面影响，他们在软件开发过程中会遇到重重麻烦。比如，大公司拥有大规模的专利组合，往往通过交叉许可开发和实施各自的软件专利，而中小企业则缺少谈判的筹码，如果他们预备开发的软件要整合一小部分包含在大公司专利组合的源码，往往得不到大公司的许可，因为大公司是不想看到这些潜在的竞争者发展壮大的。再比如，专利的审查、审批是一件耗费不小的投入，国际专利申请更是昂贵，中小企业微薄的财力很难实施自己的专利保护策略，一旦被拖入旷日持久的“专利战”中，中小企业实在无法与拥有庞大专利法律事务部的大公司抗衡。但计算机软件的专利保护对中小企业也不全是坏消息，一旦中小企业的软件获得专利授权，这些专利就被认为是可靠的无形资产，在有效的评估之后，可以作为质押物吸引中小企业急缺的风险资本，这对创新性、成长型的中小企业极为有利。[15]
当然，产业内的经济主体会对制度变革相应的调整自己的行为。中小企业的组织多是扁平结构，组织成本低，强调创造性，能够根据市场反应迅速集中于核心业务，而大公司纵向层级结构多，组织成本高，对市场的反应慢，业务也比较分散。就目前来看，中小企业对制度变革更为敏感，他们常常发挥自己的速度和成本优势利用专利制度保护和发展自己，相形之下，大公司就显得有点笨拙和迟钝。据统计研究表明：近20几年以来，小公司获得专利所占比例上升极快，在1972年只有5％，到1992年已经高达23％。同时，尽管小公司用于研究和开发的费用只相当于大公司所用费用的3％，但是它们生产出来的新产品获得专利权的比例却高达15％。[16]1994年，小公司斯达科电子公司起诉微软公司专利侵权，最终拥有用于PC硬盘数据压缩的软件产品的算法专利的斯达科电子公司告倒了一个规模庞大的公司，成功地保护了自己的市场，并从而获得了巨大的利益。[17]
产业发展的源泉不是来自于实力雄厚的大公司，而是来自充满活力的中小企业。中小企业的活跃可以保持产业内的竞争态势，而竞争可以限制私利的恶性膨胀，促进创新和效率，实现经济系统的良好运行（想像它的反面，几个大公司形成垄断联盟，低效率生产却以高价格出售）。由于中小企业的活跃是克服垄断和维护正当市场秩序的关键因素，政府经常以治疗市场失灵为由给与中小企业一些政策性的扶持，比如宽松的强制许可制度、在专利侵权诉讼中减少赔偿额和降低专利申请和年费等措施，避免因软件的专利保护出现“强者逾强、弱者逾弱”的局面。
（3）网络外部性
计算机软件市场内存在着网络外部性问题，即消费者从软件产品中获得的满意程度随该产品的其他消费者数量的增加而增加。一个典型的例子是标准化，比如，如果使用同一标准的计算机操作系统而形成较大的网络，就会有诸多益处：可以在该操作系统上运行的广泛的应用软件品种，用户查找运行于此操作系统上的特定应用程序的较低检索费，降低的再培训成本，较大的劳动力流动性以及较宽的硬件配置和外围设备的兼容性。[18]毫无疑问，广泛采用软件产品的标准可以给厂商和消费者带来丰厚的收益，但是如果对计算机软件实施专利保护的话，将会大大减小各个计算机软件厂商开发和采纳兼容性软件产品的激励，他们会去寻求对于标准的垄断，甚至扩及文件格式、网络协议和交互界面，最终不适当的增加了消费者和整个社会的成本（这种情况在版权保护中也并并非不存在，只是被弱化了）。但这也并非一无是处，网络外部性可能阻碍创新，放慢采用改进产品标准的步伐，因为人们已经熟悉了旧的标准而产生了惰性，计算机软件的专利保护可以促进软件厂商积极改进旧的标准并推广新的标准。标准和兼容性一直是计算机产业面临的令人头疼的问题，如果引进计算机软件的专利保护，政府针对网络外部性出台一些相关的配套措施是大有益处的，比如缩短保护期、灵活的强制许可、允许反向工程和接纳改编权。
