正是由于上述问题的存在，美国开始尝试着提供计算机软件的专利保护，来保护软件创作者的创作构思。专利保护为软件创作者带来更强的保护，也对软件消费者有利，因为软件创作者害怕软件被潜在的竞争者利用而将其创作软件的源代码严格保密，软件消费者就很难修改软件以符合实际运行环境，专利保护可以促使创作者公布源代码而不是天书一般的目标码。然而，专利法规则对于计算机软件这一新生事物也有相当的不适应。从17世纪以来，专利法一直以简单的规则对待不同工业领域的所有技术发展，如果说“可专利的法定主题”和“新颖性、非显而易见性、工业应用性”在过去很多年还算能够应付的话，在计算机软件这个领域专利法既有的专利法规则遇到了真正的挑战。传统的专利法适用于呈现物理结构的、有形的物质实体发明，即便是方法，也要求能够在工业上产生有形的结果，这样才能便于人们直接制造和使用，从而也与纯粹的智力方法相区分。而计算机软件的功能发挥则来自于其独特的逻辑构造，这种逻辑构造与通用计算机相分离，本身并不具备物理结构，很难套用既有的专利法规则。[14]所以，即便是激进的美国联邦巡回上诉法院的法官，在寻求软件的专利保护时也不得不要求可专利的软件必须要和硬件结合，就是要软件借助物理结构而去适应专利法的规则，直到今天，纯粹的软件还是无法取得专利的。现在专利申请人往往以“方法加功能”的方式来描述自己的发明，将权利要求依托在某种有形的物理结构，而不是直接描述计算机软件的逻辑构造，这样才能大大增加获得专利的可能性。由于不能将专利授权的重心集中在计算机软件的特有品质——逻辑构造，削足适履的不良后果也在慢慢呈现。比如，由于长期没有将计算机软件的逻辑构造当作专门的技术贡献，专利审查局没有建立起全面的计算机软件的数据库，专利审查员在审查专利时往往检索不到足够的对比文献，以至于一些厂商将行业内已有的软件包装后申请专利，其中有一些通过了新颖性的审查并获得专利，但是这些专利的有效性大大值得怀疑。再比如非显而易见性标准的问题，对于传统的发明专利，非显而易见性要求发明必须是本领域普通的熟练技术人员所不能轻易预见的，而对于绝大多数软件而言，其逻辑构造的创作构思是本领域普通的熟练技术人员可以轻易预见的。计算机软件在生产过程中先是提出构思，然后涉及结构和界面，最后以代码编写，然而计算机软件不是按照这样的创作路线一蹴而就的，软件设计表现为一系列的“反馈循环”，其中程序的每一阶段都会影响到所有其他阶段，需要不断地测试和重写，所以软件的一般创作价值不在于惊人的构思，而是常规智力劳动的累积，极耗费精力和时间，所以适用传统的非显而易见性标准对软件来说既显得过于苛刻又不公平。
