但问题随之而来，既然行政行为公定力的基础在于实定法所规定的合法性推定，那么行政诉讼的举证责任该如何分配？举证责任问题发生于实定法的适用语境中，合法性推定也是在这一语境中，如果着眼于此点，“合法性推定→原告的举证责任”是最为自然的归结。事实上，田上穰治正是如此主张的：“上述两个公定力规定足以说明，抗告诉讼[7]的原告对与行政行为违法性相关的所有可能的事实上的争点承担举证责任”。[10](P90)这意味着这两位学者充分注意到了合法性推定与举证责任分配之间的关联，且在逻辑上坚持了首尾一贯。
关于无效行政行为是否有公定力这一问题，田上穰治也有具体而详细的阐述。他认为：“公定力以行政行为成立且有效为前提。……行政机关在组织法上明显没有权限而作出相关行政行为的，该行政行为当然不发生公定力。行政行为的程序或者内容违反了保障人权的重要法规，或者其内容的实现在事实上不可能的，认可其公定力意味着违反尊重人权的宪法原理，或者在逻辑上矛盾。通说认为在这些情况下行政行为当然无效，不发生公定力。换言之，对无效行政行为，相对一方完全不受其拘束，不必等待撤销判决就可以直接就无效行为所发生的法律关系提起法律关系不存在确认诉讼、恢复原状诉讼、返还不当得利诉讼等民事诉讼，即使以实力反抗也不构成妨碍公务罪”。[10](P90-91)
总体而言，田上穰治对公定力概念的阐述是实体性公定力概念的一个到达点，其基本特点有两个方面：第一，坚持逻辑上的首尾一贯，保证了理论的自洽；第二，将“行政权的优越性”这一观念传统与战后日本宪法所确立的实质法治主义尽可能地捏合在一起，提高了公定力概念在新宪法下的可接受性。
四、程序性公定力概念——撤销程序排他性
以实体性公定力概念为内核的行政行为公定力理论，在上个世纪五十年代就遭遇了严厉的质疑。代表性论者是渡边洋三[8]和高根义三郎[9]。两位论者不约而同地将立足点放在了宪法构造的转换上，他们认为，日本现行宪法与战前的明治宪法有着本质区别，在现行宪法下，行政权已经丧失了与裁判权相并列的作为法律宣言机关的地位，行政权与私人一样，必须服从于裁判权。换言之，行政权相对于裁判权而言，已经处于其下位。[10]在这种情况下，行政行为实际上与私人的法律行为、权利主张行为有着相同的本质；不能强调行政行为作为国家公权力行使的特质。[11]要言之，以宪法为依据否定公权力的先验优越性。
前述田上穰治对公定力概念的论证可以说是对这一质疑的一种回应。应当说，回应基本上是成功的，因为它是以实定法规定（《行政事件诉讼法》关于不停止执行和起诉期限的规定）为依据来论证公定力，至少在方法论层面上基本上剔除了在公定力的基础这一问题上的公权力的先验优越性因素，这就提高了公定力概念的可受性。事实上，在上个世纪六七十年代，很多学者对以公权力的先验优越性来论证公定力的观点提出质疑，但几乎没有学者否定公定力本身的存在意义。
但仍然有一个问题需要解决，那就是合法性推定问题。如前所述，合法性推定作为法律上的推定，必然对举证责任分配构成影响。对这种影响，田中二郎和田上穰治采取了坚持首尾一贯的态度，固守合法性推定、同时主张在抗告诉讼中由原告对行政行为的违法事由承担举证责任。这固然使作为合法性推定的公定力理论获得了理论的自洽，但却无法与裁判实务相整合。在战后初期，曾经出现过相当数量的判例，以行政行为有合法性推定为由，判断应由原告对行政行为的违法事由承担举证责任。[12]但进入五十年代后，越来越多的判例采取了另外一种立场：抗告诉讼的举证责任与民事诉讼相同，都应当根据实体法的规定来进行分配。[13]甚至还有判例认为，在任何时候都应当由被告行政机关对所有证明系争行政行为合法的事实承担举证责任。[14]这对于作为合法性推定的公定力理论而言是一个难解的问题：要么坚持认为那些不以合法性推定判由原告举证的判例违法，要么放弃合法性推定。
