申请人不服，2007年2月上诉至联邦巡回上诉法院。在2008年5月8日的口头审理中，法庭考察以下5个问题：(1)根据专利法第101条，权利要求1是否属于可专利主题？（2）决定一项方法是否是可专利主题应适用什么标准？(3)因为某项主题构成抽象思想或者精神活动，是否它就不属于法定可专利主题？包含精神活动与物理步骤的权利要求何时能成为可专利主题？（4）一种方法是否必须产生一种物理转换，或者必须与一个机器相结合才能成为第101条下的可专利主题？(5)在本案中，重新考虑“州街银行”和“美国电话电报公司”[37]两案是否适当？如果适当，两案是否应被全部推翻？
审判长米歇尔（Paul Redmond Michel）首席大法官连同其他8位大法官[38]起草的法院判决意见书主要关注的是第二个问题。他们认为，是否可仅就一项基本原则提起权利要求，其关键因素在于查询例外范围。比如，若同意授权一项权利要求将造成“先占”基本原则的所有实际用途，则应拒绝该权利要求。法院还引证了两个其他案例：“戈特沙尔克”案和“奥雷利”案。[39]在这两个案件中，涉案权利要求都不属于第101条所规定的范围，因为这些权利要求覆盖了对“基本原则”的所有实际性使用方式。[40]基于此，联邦巡回上诉法院决定采用肇始于“戈特沙尔克”案中所采用的测试方法，即“机器或转换”标准，同时驳回或否定了其他四种标准。[41]法院认为，在下列情况下，所主张的方法满足可专利性：(1)该方法是与某特定机器或设备相联系，或（2）该方法可将某特定物体转换成其他形态或另一种物体。由于“比尔斯基”案中的权利要求并不需要相联系的机器，权利要求1也未规定所分析的数据类型，因此无法确认是否可将特定的物体转换成另一种状态或者其他物体。所以，法院判定其不属于法定的可专利主题。
但纽曼（Pauline Newman）、雷达（Randall Ray Rader）、迈伊（Haldane Robert Mayer）三位大法官并不赞成该判决。[42]纽曼法官不同意判决中对于“方法”之定义。她认为该定义违反了法律规定和先例。她还认为，可授予专利权的方法可为任何方法，无论其是基本原理、自然法则或抽象观念。雷达法官坚持认为“可授予专利权”之测试方法仅能反映出过时的技术。他指出，第101条中的“方法”应包括任何新型有用的方法，专利局或法院可根据第102条、[43]第103条[44]和第112条[45]之规定对这样的方法是否可授予专利权进行判定。迈伊法官也提出了不同意见。他认为判决没有足够限制商业方法专利，商业方法专利没有宪法或者法律支持，专利法中的“方法”不应依赖于法律、商业或其他社会科学的不断发展。[46]
“比尔斯基”上诉案并不代表商业方法可专利性争论的最终结果。该判决并未明确承认商业方法的可专利性，也未对“机器或者转换”标准的进一步适用提供指导，更未考察争议发明的新颖性、创造性和实用性。换言之，在本案中，联邦巡回上诉法院在判定商业方法是否具有可专利性不同于审理“州街银行”案，他们首先考虑申请发明是否属于可专利主题范畴，而不再仅仅以实用性代替可专利性，这将极大地限缩商业方法专利的范围。
（三）“一次点击”专利的新颖性的确认：商业方法可专利性的顽强再生
“一次点击”专利的命运多变。[47]贝佐（Jeffrey P. Bezos）、哈特曼（Peri Hartman）等四位发明者于1997年9月12日向专利商标局提出“一次点击”专利申请，1999年9月28日获得授权并转让给亚马逊公司，专利号为5960411（以下简称411号专利）。该项专利的权利要求如下：一种通过顾客系统用于预订某物品的方法，该方法由以下步骤组成：(1)显示某特定物品并显示一个单个行为的指示，该单个行为发出是用于预订该特定物品的；（2）发出的单个行为将一个接受预订该特定物品的信息发给服务商系统；(3)在服务商接受该单个行为发出的信息之后，该被预定的物品可单独从货架上被标注，从而完成购买该特定物品的行为。[48]
在该项专利被授予不到1个月，即1999年10月21日，亚马逊公司就以该专利被侵权为由将其竟争对手巴诺书店（Barnesandnoble. com）诉至华盛顿西区联邦地区法院。同年12月1日，该法院作出判决，发布临时禁令，禁止被告在其网上书店使用“快速通道”（Express Lane）网上购物技术。被告提出许多抗辩理由，最主要的一点是一次点击购物方法的组成成分已经落入在先技术范围，没有非显而易见性，因而不具有可专利性。为此，其提出了相关的在先技术，主要包括在线订购技术和电子文件传递技术。原告针对被告的抗辩进行了反驳，以证明一次点击技术无论是在商业领域还是计算机技术领域的确存在技术创造，而且一次点击技术在使用中能够吸引更多的顾客，具有重大的商业价值，被告使用其一次点击技术给其造成了巨大的损失。为支持该结论，地区法院对被告公司的技术专家罗克伍德博士(John Lockwood)的证词进行了重点分析。罗克伍德博士证明，尽管他对网上购物筐（Web Basket)很在行，也对其他网上购物程序很熟悉，但他从来没有想过用单一的行为方式进行网上购物，虽然这种软件的修改很容易实现。最后，地区法院同样也以该技术取得了商业上的成功而被其他网站进行复制和模仿来认定一次点击技术具有显而易见性。根据上述理由，地区法院认定系争专利具有创造性，确定亚马逊公司已经充分证明了侵权的存在，因此作出了有利于亚马逊公司的判决。[49]
