证明资源有限，是证据法的基本规律和出发点。[32]非法证据排除规则的适用，是在人权保障法治维护的价值与证明犯罪打击犯罪的价值之间发生剧烈冲突的情况下，选择了前一种价值而可能压抑后一种价值。而在已经通过长时间的努力，指控犯罪的证据体系已经具备或已基本具备的情况下，否定这种努力的成果，抑制具有天然正当性的打击犯罪惩治邪恶的愿望，无疑会遇到的障碍。因此，这种价值冲突性规范的实行，无疑会有困难。而探讨两个证据规范的执行，主要就是研究这种价值冲突性规范的执行。[33]
（二）证据规定执行的主要障碍
由于上述原因，价值冲突性法律规范的实施会有困难，而在我国目前的法治环境中，这种困难更为突出，可能遇到以下障碍：
最基本的是体制障碍。由于需要依法排除的证据，往往是控诉方的关键证据即有罪口供，因此，要求侦查机关不用，甚至要求控诉机关排除这类证据，有很大难度。这种情况下，法院在排除体制中不能不充当关键性的角色。然而，在目前的体制中，公、检、法三机关在刑事诉讼中“分工负责、互相配合、互相制约”，使得侦查、起诉、审判由三机关各自负责自身的运作程序，而且配合制约也具有相互性，加之统一的领导和协调制度形成一种一元化的体制，在这种体制中，法院难以发挥有效的司法审查功能，法庭审判也容易流于形式。面对承担维稳任务的公安机关，面对担负审判监督职责的检察机关，有时（遇职务罪案时）还面对纪委，在自身独立性、中立性、权威性不足的情况下，即使审判人员认为从事实与法理上看有必要适用排除规范，通常也是有心无力。
观念障碍与社会障碍也具有某种决定性的影响。有力打击犯罪维护法律秩序，并由此而实现“维稳”，实际上仍为影响至深的观念，实现打击犯罪与保障人权、实体公正与程序正义的“两个并重”，短期内难以完全成为司法的现实。[34]而在当今的中国社会，客观真实、实体正义仍然是民众对司法的主要价值要求，因此，以实现程序公正为由，在可能使有罪者逃脱打击或使罪重者作从轻处理，尤其是遇到社会敏感案件时，适用排除规则，必然遭遇舆论压力和实施阻力。[35]
此外，还存在刑事司法实际条件的限制以及两个规定自身局限性的影响。前者是指目前刑事司法中，在部分侦查人员素质不高，侦查取证的技术能力、客观条件也比较有限的情况下，实现两个证据规定所要求的精细化、规范化操作，在实践中会遇到一定的困难。[36]而且两个证据规定自身也有一定局限。一方面因为不是法律，而是司法解释性文件，其效力有限。对排除非法证据这样高难度的司法操作，法律尚且无力，而相对处于低位阶的司法解释性文件作用就可能更为有限。另一方面，两个证据本身还有一些不完善也影响执行。如前述对非法取证行为的界定过于简单，导致对于各种变相的刑讯逼供行为适用排除规则可能发生争议，同时对其他非法获取口供的行为适用排除规则，会感到规范依据不足，从而产生执行障碍。
