股东协议对少数股东的保护既体现在内容上，又体现在修改程序上。如前所述，股东协议的修改需要当事人的一致同意，而不是采取公司章程修改中的“多数决”规则。具体地说，股东协议的变更必须按照合同法中合同变更的一般规则处理，并且必须符合股东协议中有关协议变更的约定。除非协议另有约定，协议内容的变更必须取得协议所有各方当事人的一致同意。[17]
股东协议对少数股东的保护还体现在私密性上。与公司章程依法必须向公司登记机关提交、供公司所有股东查阅不同，股东协议不需要提供公开查阅。[18]在股东希望对议定之事项保密时，股东协议就具有明显的优点。[19]例如，如果将少数股东任职公司的报酬条件规定在股东协议中，就可以保证它不会被其他未签署协议的股东知悉。又如，少数股东可以通过股东协议秘密地控制公司的多数表决权。
二、股东协议的性质
关于股东协议的性质，学者们存有不同的见解。有学者认为，股东协议在性质上为“共同行为”。其理由是：民法中之契约“系指相对立的意思表示趋于合致，通常具有利益交换之性质，即一方所负担之义务即为他方所享受之利益。而股东书面协议主要在约定公司内部经营方式与股东间之经济利益、控制权分配等事项，在理论上而言，系属多数相同方向（平行）的意思表示趋于一致，而属利益之共同促进，应为‘共同行为’”。[20]也有人认为，股东协议是当事人之间所签订的合同，可以根据合同法的原则加以强制执行。[21]
传统民法将法律行为区分为单方法律行为、双方法律行为与共同法律行为。双方法律行为，是指双方当事人意思表示一致才能成立的法律行为，其典型为合同。共同法律行为，又称协议行为，指基于两个或两个以上共同的意思表示一致而成立的法律行为。设立公司章程行为、合伙合同，属于共同法律行为。[22]在传统民法中，共同法律行为与双方法律行为的区别有两点：第一，在实施共同法律行为时，当事人所追求的利益是共同的；而在双方法律行为中，当事人的利益是相对的。第二，在实施共同法律行为时，共同意思表示的达成需要遵循一定的程序，而双方法律行为一般不适用此种程序。例如，订立章程要遵守一些订立章程的规则、程序，这不宜完全适用合同法的规定。根据合伙合同或法人的章程，一旦决议以规定的方式作出，那么它对未对决议投赞成票的人也具有约束力。[23]可见，依传统民法对法律行为的不同分类，股东协议在性质上应为共同行为，而非合同。
问题在于，在大陆法系国家的合同法中，当事人利益关系是共同性还是相对性似乎并不是判断其行为是否属于合同的标准。在大陆法系国家的合同法中，合同被认为是一种“合意”或者“协议”。[24]最典型的立法例是《法国民法典》第1101条的规定：“契约为一种合意，依此合意，一人或数人对于其他一人或数人负担给付、作为或不作为的债务”。又如，《中华人民共和国民法通则》第85条规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。《中华人民共和国合同法》第2条规定，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。我国有学者认为，合同的法律性质在于：第一，合同是一种民事法律行为；第二，合同是双方或多方当事人意思表示一致的民事法律行为；第三，合同是以设立、变更、终止民事权利义务关系为目的的民事法律行为。[25]也有学者认为，合同是当事人各方在平等、自愿的基础上产生的法律行为。[26]在英美法系国家的合同法中，虽然一般认为合同是一种“允诺”，但“合意”在合同中的重要性却越来越高。例如，《布莱克法律词典》给“合同”下的定义是：“有约束力的合同是双方或多方当事人之间创设的可强制执行或以其他方式被法律认可的义务的合意”。[27]可见，在现代合同法理论和合同立法中，当事人利益关系或意思表示的相对性或相反性并不是合同的本质要求，合同的本质是一种合意或协议，是当事人意思表示一致的产物。只要当事人订立的协议确定了各方之间的权利义务，即使其中的意思表示并不具有明显的相对性，这种协议仍然被认为是合同。事实上，即使传统上被认为是共同行为的合伙行为，现在的通说也认为，合伙契约虽然为多数当事人订立，但意思表示仍为互相对立，故与共同行为之意思表示平行有别，性质上仍属契约。[28]许多国家的民法亦规定合伙行为为合同。[29]而股东协议的性质与合伙相似，都是多数当事人意思表示趋于一致而成立的法律行为。虽然股东协议当事人订立协议的目的不在于发生债权债务关系，而在于确定公司内部经营管理与股东之间的经济利益和控制权分配等关系，但这些协议在本质上仍然是反映交易关系的，因此应受合同法的调整。
