英美法系之所以仅将无罪推定作为证明规则对待，可以从竞技式诉讼下的审判中心、陪审制及对证明责任的重视中得到部分解释，但主要是与正当法律程序的发达有关。普通法有“程序先于实体”的传统，而法律和程序也是贵族和平民同王权斗争的手段。从《自由大宪章》(1215)、《伦敦威斯敏斯特自由法》(1354)，到《权利请愿书》(1629)、《人身保护法》(1679)，再到《权利法案》(1689)，作为对王权的限制，人们逐步由重视程序的形式转为重视程序的正当性，正当法律程序保护的主体和内容不断扩大，囊括了从陪审制、对抗制、保释权、人身保护令在内的诸多程序制度和权利。从内容上而言，正当法律程序是一个开放的体系，不仅无罪推定本身被法院解释为正当法律程序的一个要素[4]，罗马法中体现的诸多防范定罪前惩罚的思想和原则基本上都被正当法律程序所吸纳。比如，早在13世纪，基于正当法律程序的要求，英国法庭就提出被指控重罪的人不能当作重罪犯对待，因为在法庭判定某人实施重罪行为之前，重罪尚未系属于任何人{2}；在1275爱德华三世颁布的法令中，保释作为一种程序权利被认可{7}；布拉克顿和布莱克斯通也分别以程序的正当性为基础，论证羁押仅是一种安全监护而不是惩罚，被羁押者在审前应当获得最人道的对待。至英国资产阶级革命后，不受强迫自证已罪的权利、沉默权及获得辩护人帮助的权利逐步确立，正当法律程序的内涵进一步丰富。而辩护律师的普遍参与促使了英国诉讼构造从“被告人说话”模式到“审查控诉”模式的转型，进而使无罪推定以及与此相关的排除合理疑问的证明标准得以真正建立{8}，从而避免了无罪推定沦为“法官对陪审团谨慎裁断的善意提醒” {9}
在大陆法系，无罪推定从萌芽，到被扼杀，再到正式确立，可谓一波三折。在欧洲大陆，弹劾式诉讼的退出和纠问式诉讼的形成并不是一步到位的。而在漫长的转型时期，弹劾与纠问两种因素并存，这为无罪推定思想提供了生存空间。13世纪末期，法国圣典学者约翰尼斯修士总结中世纪早期的无罪推定思想，在评论教皇伯尼费斯八世的一个教令时，最早提出了无罪推定的现代形式。约翰尼斯提出，被告人有获得正当程序追诉的权利，因为，在证明有罪前，他应该被假定为无罪{10}。该格言被迅速传播，并在14世纪，作为布列塔尼半岛习惯法的内容进入了图卢兹大学的法学院。而在16世纪，图卢兹和巴黎最高法院的法官甚至还在审判中运用了该原则{2}。然而，受教会审判程序法的影响，预防性羁押及刑讯被普遍适用，纠问程序由例外变成了原则，有罪推定成为刑事诉讼运行的前提和基础。主流法学家也转而接受“刑讯并非惩罚”和“增强程序人道性会鼓励犯罪”的观点，无罪推定思想遭到实质性抛弃。这种状况直到资产阶级革命前夕才发生转变。1764年，贝卡利亚针对纠问式诉讼的非人道和非理性，提出：“在没有作出有罪判决以前，任何人不能叫罪犯，……因为任何人当他的罪行没有得到证明的时候，根据法律他应当被看作是无罪的人。”{11}以此为基础，1789年法国《人权宣言》第9条规定：“任何人在其未被宣告为罪犯以前，应当被推定为无罪，即使认为必须予以逮捕，但为扣留其人身所不需要的各种残酷行为都应受到法律的严厉制裁。”这标志着无罪推定法律原则的正式建立。
与英美法系不同的是，大陆法系无罪推定的法律原则是资产阶级革命的成果，是反对封建贵族程序迫害的工具，是建立在基本的人身权被限制、剥夺的切肤之痛之上的。所以，从一开始，无罪推定就被定位为一个基于但又超越证据法内涵的人权原则，被赋予了类似美国“正当法律程序”条款的功能。尽管“大陆法系无罪推定的确切性质及其对被告人合法权益的保护程度因国而异”{12}，但从总体上而言，大陆法系无罪推定的效果随着被告人程序权利保障体系的健全而日益彰显，并确保刑事诉讼程序向更加人道和正当的方向发展。而且，在法国大革命以后，欧洲大陆的刑事诉讼基本转向了职权主义模式，而在法官也是证明活动主体的诉讼构造中，证明责任并不是一个特别重要的问题，因此，至少在形成之初，除将疑罪有利于被告视为无罪推定的当然内容外，大陆法系的法官在提及无罪推定时即使采用了“在证明有罪以前”之类的表述，也意在强调以“定罪”或“宣告为罪犯”为无罪推定的终结时点，而不是强调证明责任和证明规则本身。
