1、监督管理部门之间的关系。国土资源行政管理部门在国务院环境保护行政主管部门的统一领导和协调下，负责组织指导全国的土壤污染防治工作；水利、农业、林业、建设、交通、卫生、铁道等行政主管部门在各自的管辖范围内负责土壤污染防治工作，它们应服从国务院环境保护行政主管部门的统一领导和协调以及国土资源行政管理部门的组织和指导。
2、土壤污染防治监督管理部门的地下水保护职责。国土资源、水利、农业、林业、建设、交通、卫生、铁道等行政主管部门在履行其土壤污染防治职责时，应同时履行地下水污染的监督防止职责；该各行政主管部门在履行地下水污染的监督防止职责时，应接受国务院环境保护行政主管部门的统一领导和协调以及水资源行政主管部门的组织和指导。
3、土壤污染调查监测成果的共享。在环境保护行政主管部门的监督、组织和指导下国土资源行政主管部门负责组织全国的土壤污染调查监测工作，土壤污染调查监测成果应及时向水资源行政主管部门通报。
4、土壤污染防治行政主管部门的地下水调查监测职责以及该调查监测成果的法律效力。在环境保护行政主管部门和水资源保护行政主管部门的监督、组织和指导下国土资源行政主管部门负责组织全国的地下水调查评价和动态监测预报工作；经环境保护行政主管部门和水资源行政主管部门的认可，国土资源行政主管部门组织进行的地下水调查评价和动态监测成果，应成为水资源行政主管部门组织编制全国地下水通报、全国水环境状况通报和国家水资源公报的依据。
二、重要监督管理制度问题
根据国外的立法经验，土壤污染防治立法应该建立健全许多法律制度，其中下列重要的法律制度的构建都涉及与地下水污染防治的协调问题。
（一）土壤污染重点防治区制度
各国有关土壤污染防治的专门立法都有土壤污染重点防治区制度的规定，它们的名称虽然不同，但它们的内容基本相近，例如，我国台湾地区的土壤和地下水污染管制区制度，日本的土壤污染对策地区制度，韩国的需要土壤保护应对措施的地区制度等。我国即将制定的《中华人民共和国土壤污染防治法》必须对土壤污染防治区制度作出合理的规定，以协调好与水地下水保护之间的关系。总的来说应就下列方面问题进行协调。
1、土壤污染重点防治区的划定标准。《土壤污染防治法》应就土壤污染重点防治区应具备那些条件作出具体的规定，其中应明确规定，为了保护生活饮用水地下水源，那些土壤污染并不严重的区域是应划定为土壤污染重点防治区，即根据《
中华人民共和国水污染防治法》已划定的生活饮用水地下水源保护区应划定为土壤污染重点防治区。
