一、监督管理体制问题
监督管理体制规定不合理，各法律法规对监督管理体制之规定不协调，各相关监督管理机构之间职责分工不明，是我国绝大多数法律法规得不到有效执行的重要原因。为了避免走以前的老路，《中华人民共和国土壤污染防治法》应对监督管理体制作出合理的规定，特别是应通过管理体制的合理设计，以协调好土壤污染防治与地下水污染防治之间的关系。其中包括明确规定统管理部门及其职权以及分管部门及其职权划分两个方面。
（一）统管部门及其职权的设定
许多专家学者就土壤污染防治监督管理体制的设计提出了自己的构想，其中主要是就中央和地方统一监督管理机关的确定提出了构想。鉴于我国现行的环境监督管理体制的现状，普遍认为环境保护行政管理部门（国家环保总局）应为土壤污染防治中央统管部门，统一负责全国的土壤污染防治工作。至于地方土壤污染防治统一监督管理机关，专家学者有不同的观点。有些认为地方各级环境保护行政主管机关应为地方土壤污染防治统一监督管理机关；有些认为应借鉴日本的经验，地方各级人民政府应直接统一负责其辖区范围内的土壤污染防治工作，其直接向上级人民政府的环境保护行政主管部门负责。本人认为，为了与各单行污染防治专门法律相一致，特别是与地下水污染防治法律法规相一致，环境保护行政管理机关应为土壤污染防治中央和地方统一监督管理机关；但是，为了有效领导协调各分管机关部门的土壤污染防治工作，应借鉴国外有益经验合理设定统管机关的职权。
（二）分管部门及其职权划分
当前我国在土壤污染防治方面存在多头管理的问题，农业部门、国土资源部门、水利部门等“都管一点，又都不太管”。这种状况，会出现多家管理主体互相推诿、扯皮或者争相管理的现象。其实，统管部门的确定不是问题的关键，最重要的是如何协调分管部门之间的关系，如何通过立法明确它们的职权范围，其中国土资源部门和水利部门之间的职权划分有为重要。根据1998年3月10日九届人大一次会议第三次全体会议表决通过的《关于
国务院机构改革方案的决定》的规定，国土资源部的职能包括土地资源的保护工作，同时其地质环境保护司负责组织地下水的动态监测预报工作以及监督防止地下水污染；水利部水资源管理司负责组织指导全国地下水保护工作，组织编制全国地下水通报，组织编制全国水环境状况通报，指导全国供水水源地和水生态保护工作，组织编制国家水资源公报。该决议一方面根据土地与地下水之间存在不可分割的联系这一基本事实，把地下水的动态监测、预报和地下水污染的监督防止职权赋予了享有土地资源保护职权的国土资源部；另一方面赋予水资源行政主管部门——水利部大量的地下水保护组织指导职能。这样的规定是非常合理的。但是，相关法律法规并没有对水资源行政主管部门和国土资源行政主管部门的地下水保护职能的分工和协调作明确的规定。因此，即将制定的《中华人民共和国土壤污染防治法》应就监督管理体制问题做出如下规定：
