3、侧重于对于点源污染的控制与治理， 对于土壤的面源污染防治问题没有有效的调控。
由于对土壤生态的保护缺乏生态整体性观念，对于大范围面源上的土壤污染与土地退化却难以有效。又如，尽管我国刑法也已经明确规定“向土地排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他危险废物，造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者人身伤亡的严重后果的”及“造成特别严重后果的”应当承担相应的刑事责任，但是就
刑法规定来看，承担责任的前提应当是在短期内能够产生土壤污染的较大的土壤污染事故造成的，而且污染源在一定意义上说应该属于环境污染中点源污染的范畴，对于真正意义上的面源污染以及由于土壤污染或土壤退化问题产生的相应环境、社会与经济等问题如何应付，
刑法中并没有规定。
4、侧重于对单一类型的污染破坏行为的规范与治理。
侧重于对单一类型的污染破坏行为的规范与治理，缺乏整体性与综合性农业用地土壤污染防治法律对策。由于土壤与其他环境要素存在密切联系和一体互动的关系，这种重单一性保护、缺少综合整治的方式显然奏效甚微。如《
大气污染防治法》、《
水污染防治法》、《
固体废物污染环境防治法》等这些重要的污染防治法也应当成为土壤污染防治的重要法律规范之一。特别是由于大气、水、固体废物在许可范围内的排放所可能导致的土壤污染没有在其“源头”得到真正的扼制，适用于大气与水污染的“超标罚款”“排污收费”等法律制度在土壤保护中很难有效实施，且罚款、收费后，也往往未对相关污染物质进行治理，导致其通过各种物质循环进入土壤，由于其对于土壤的污染滞后性特别明显，潜伏期也相对较长，也从一定程度上妨碍了对土壤的有效预防治理。
5、对土壤污染防治的预防性措施缺乏规范化、可操作性强的规定，倚重事后救济。
现行的与环境资源保护相关的法律规定对于土壤污染的预防作用并不明显，事后性突出，这样一来就很难真正达到立法的目的。有学者就土壤污染的现状提出了土壤污染的预警制度，这是一个极好的创制，但如何实施，特别是如何以法律的形式作为可操作的制度加以明确仍有一定困难。虽然我国《
环境保护法》第
二十条规定有：“各级人民政府应当加强对农业环境的保护，防治土壤污染、土地沙化、盐渍化、贫瘠化、沼泽化、地面沉降和防治植被破坏、水土流失、水源枯竭、种源灭绝以及其他生态失调现象的发生和发展，推广植物病虫害的综合防治，合理使用化肥、农药及植物生长激素。”其中提出了土壤保护的要求，但是如何保护、未予保护的后果如何、如何防止破坏性后果的发生等都没有明确规定，而在其他相关的法律规范中也没有具体落实防治污染的预警机制。
6、缺乏生态保护的整体性观念
在土壤生态的保护中没有将其他环境因子和资源要素如水、大气、气候、自然物种等的保护综合起来进行全面的保护。尽管我国的《
水污染防治法》、《
大气污染防治法》等法律中规定有综合治理与总量控制的制度，但并没有将可能发生的大气循环与水循环最终可能导致的土壤污染纳入法律规制的范围。因为土壤生态安全与其他生态的安全之间，土壤生态安全与生态安全、环境安全、经济安全、之间都具有互动性，而且常常表现为高度的正相关性，即其它安全状态的改进将有助于土壤生态程度的提高。如：农民为了使土地肥力有所提高，就会不断地增加向土地的投入，而投入到土地的任何物质都不能完全被作物吸收、利用和土地持留，其中一部分通过各种途径进入到水体和大气，且这部分的量随投入量增加而呈指数增加，即污染指数增加规律。所以对土地的投入越大，对水体和大气产生的污染也越大。也正是各种生态与环境因子之间的这种相互作用迫切要求我们对于各种环境资源的保护必须有一个整体的观念。
