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1、过量或不当施用化肥。长期盲目滥用化肥破坏了土壤结构，我国农业用地有机质含量已降到1.5 %，明显低于欧美国家农业用地有机质含量2.5 %～4.5 %的水平。据中国科学院的分析资料，目前我国化肥施用量已达261公斤/公顷，分别是俄罗斯、加拿大、美国的9.0、4.4 和2.4倍，而化肥的利用率仅30 %～40 %。[5]由于不懂科学施肥，氮肥施用量占化肥用量的80 %以上，但是有的氮肥挥发到空气中，污染大气，还对农田邻近地表、地下水造成污染，流失到水中的氮、磷造成了我国湖泊严重的富营养化。
2、滥用农药带来化学农药残毒的污染。农药方面的污染，据农业部对6个省29个基地县的调查，粮食农药检出率为60. 1 %，一些大城市郊区蔬菜农药检出率超过50 %。在一些高产地区，每年施药的次数在十余次，每公顷用量高达15公斤，一些地区的粮食、畜禽、蜂蜜中，农药含量已严重超标，中毒、污染事故越来越多。农药污染直接危害人民健康，同时也严重影响了有益生物的生存，如鸟、青蛙、蛇和蜜蜂等在农区已越来越少见了。在牧区，由于大量施用农药灭鼠，也同样毒死了鼠类的天敌，破坏了自然的生态平衡。
3、不可降解塑料造成的白色污染，如大量使用地膜而不加以回收所造成的严重污染。我国农膜年产量达百万吨，且以每年10%的速度递增。随着农膜产量的增加，使用面积也在大幅度扩展，现已突破亿亩大关。无论是薄膜还是超薄膜，无论覆盖何种作物，所有覆膜土壤都有残膜。据统计，我国农膜年残留量高达35万吨，残膜率达42 %。农膜材料的主要成分是高分子化合物，在自然条件下这些高聚物难以分解，长期滞留农业用地会影响土壤的透气性，阻碍水肥的运移，影响农作物根系的生长发育，导致农作物减产。
4、不当农业技术的误用。例如，甲基溴在设施农业上的应用就是一个典型的案例。甲基溴虽然是一种优良的防治土传病虫害的熏蒸剂，但却是大气臭氧层物质的头号杀手。在1992年11月哥本哈根召开的《关于消耗臭氧层物质的蒙特利尔议定书》缔约国第4次会议上，甲基溴被列入受控物质。在1997年9月蒙特利尔召开的第9 次大会上决定，发达国家于2005年全面淘汰甲基溴，发展中国家2005年减少20 %，2015年全面淘汰[6]。可以确定，虽然甲基溴的淘汰方案已经拿出，但在其完全退出之前，已经造成了对人类生存环境的严重负面影响。
5、城镇“三废”污染通过基本物质循环——生物小循环和地质大循环向农业用地的扩散等也会给农业用地土壤带来污染，这一类污染则主要表现为重金属污染。土壤重金属污染是指由于人类活动将金属加入到土壤中，致使土壤中重金属明显高于原生含量、并造成生态环境质量恶化的现象。重金属是指比重等于或大于5.0的金属，如Fe、Mn、Zn、Cd、Hg、Ni、Co等；As是一种准金属，但由于其化学性质和环境行为与重金属多有相似之处，故在讨论重金属时往往包括砷，有的则直接将其包括在重金属范围内。由于土壤中铁和锰含量较高，因而一般认为它们不是土壤污染元素，但在强还原条件下，铁和锰所引起的毒害亦引起足够的重视。 土壤一旦遭受重金属污染就很难恢复，因而应特别关注Cd、Hg、Cr、Pb、Ni、Zn、Cu等对土壤的污染，这些元素在过量情况下有较大的生物毒性，并可通过食物链对人体健康带来威胁。
此外，农林废弃物、禽畜和水产养殖造成的污染等进入土壤也会给农业用地土壤带来污染；土壤也是人类弃置各种废物、垃圾、废渣、污水等的场所。这些都可使大量有机和无机污染物进入土壤，造成污染。大气或水中的污染物质经迁移转化也可进入土壤造成污染。总之，我们可将人类活动产生的污染物通过各种途径排入土壤，其数量和速度超过了农业用地土壤的自然净化能力，破坏了自然动态平衡，导致农业用地土壤正常功能失调、使农业用地土壤质量下降，影响到农作物的质量和产量等现象称为农业用地土壤污染。通过以上各种途径造成的土壤污染中以重金属元素的污染和化学农药的污染最为严重。与大气和水污染相比，土壤污染因其组成物质复杂，对有害物质的反应多样，具有累积性、间接性和复杂性等特点。
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