其二，证据来源的不可靠。首先是观察的不可靠。观察是证据的主要来源。在法证据学的实践中，人证的获取，勘验、检查笔录以及鉴定结论等证据的获取，都是以观察作为基础和方法。这里包括当事人、证人以及证据调查主体的直接观察，也包括他人观察体验传递而产生的间接观察（各种“传来证据”），还包括借助仪器进行的科学观察。这些观察，其体验的可靠性不可避免地受到观察者观察能力、观察方法以及观察条件的影响。其传递的信息，还受到传递信息递减与扭曲律的影响。无论何种观察，其客观性都是有限的。科学家已经用大量的实验证实了观察的不可靠。生理学家已经证明，知觉在一定程度上是解释的过程，即透过我们过去的经验来对某种知觉现象做出解释。在这个意义上，眼见不一定为实。除了知觉中会有盲区、错觉以及遗忘导致不自觉的认识偏差外，人们还受自己情绪、利益、偏好等主观影响，有意无意地变造事实。
其次是保存与再现的不可靠。证据是由历史事实中产生的与历史事实相关的信息。这种信息传递到事实判断主体有一个或长或短的过程。在判断主体知悉前，证据信息必须被保存起来。对言词性证据的保存依靠记忆（有时也可以靠记录），但记忆的衰减与变化或慢或快都会发生。而书证、物证的保存也可能因时间的推延而发生变化甚至毁损灭失。当通过时间管道证据信息最终到达事实判断主体处时，可能因主观与客观的原因，出现证据内容的非还原性再现，尤其是人的证据。当事人因利益所系扭曲事实作对已有利的陈述是一种普遍的情况。
其三，证据资源的有限性。资源有限是经济学的规律，而证据资源有限也是证据学的规律。证据是历史遗留的碎片。要将碎片还原为一幅拼图十分艰难。通常情况下，人们只能获得十分有限的证据资料。可能获得的证据资源，会因为时间推移而消失，会因人为的隐匿和破坏而不能获得，会因证据获取手段的有限而无法取得，或者无法从证据材料中获取有用而有效的信息。有时，人们为了其他一种价值，还可能牺牲一部分证据资料。例如为了法治与人权保障的利益，而将某些非法获取的证据资料排除于证明过程之外，即使这些证据资料仍然具有证明价值。在资源有限的情况下完成证明任务，人们往往是勉为其难，因此不能指望某种绝对客观的事实回复。
其四，证明过程与证明方法的主观性。证明过程，是一个主观的“心路历程”。事实已经发生，它遗留了一部分信息在人们的主观印象痕迹与客观物质痕迹之中。对事实的回复是一个回溯思维的过程。由接触证据产生初步心证，到心证的逐步确立，再到心证的巩固和验证。因此，就事实判断而言，证明过程，就是判断者心证形成的主观过程。这种主观的心路历程，其认识的形成。结果的产生，受到诸项主观因素的影响，如判断者的经验与认识能力、好恶及价值观的影响等。而且，证据学中证明方法与标准也具有主观性和不确定性。因为证据学是一门经验科学，不是精密科学，虽然在确定某些事实要素时可能采用实验科学的技术与方法，如通过枪弹检验确定涉案枪支的类型、通过DNA鉴定确定现场遗留血迹是否为某人血等，但这些实验方法所产生的结论，并非历史事实的整体性、综合性判定，只有中间性而不具有最终性。而判定基本事实，无法采用具有条件可控性、结果可重复性及结论可检验性的实验方法，而只能通过举证而使证据作用于判断者的主观意识，使其产生合理的心证。这就使“合情理性”成为事实判断的标准。在证据与事实判断的意义上，所谓“合情理性”，是指某种证据结论即事实认定，具有一种主观特性，即“合理的可接受性”。
理解“合理的可接受性”，是理解证据学证明方法与证明标准的关键。而正确把握“合理的”概念则尤为重要。所谓“合理的”（Reasonable），不同于“理性的”（Rational），因为理性可以是抽象的绝对性概念，而合理则必须是具体的，即与具体时空相联系的相对性概念。这种合理，一般指符合常识，符合事理即事物的一般规律，同时也符合逻辑。显然，这里不存在试错性的实验即直接验证，而是一个推理判断过程，在据以判断的知识、据以判断的材料以及判断过程与方法都具有主观性及不确定性的情况下，判断结论的或然性（盖然性）即成为不可避免。即使达到最优的证明状态，也只能是“最大限度”的盖然性。
正是由于上述原因，采用证据学方法获得的“心证”，可以说并非科学意义上的“证实”（verification），而只是一种具有一定主观性的“确证” （confirmation）。
认识证据判断的盖然性，有助于我们破除一种不切实际的盲目自信，使我们能够对证据认识过程保持警惕。因为合情推理是冒风险的、有争议的和暂时的，我们必须充分注意这种推理过程可能出现的差误，以审慎的眼光去看待某种判断结论，同时建立必要的纠错机制，使证据与事实上发生的差误能够得到纠正。
（四）证明的不同要求与不同方式
认识上述盖然性及不确定性还有另一方面的意义，这就是便于设定不同的证明标准，并由此确定不同程度的证明责任。证明过程是不确定性消长的过程，但就不同的证明对象，不同的证明任务，应当设定不同的不确定性要求。当人们面临最为重大的事实判断任务，而在这种判断的基础上作为的行为可能极大地影响社会的重大利益时，就必须最大限度地消除事实判断中的不确定性，否则可能会给人们带来灾难。而就普通生活中的证明，也许只需要一般确信或者产生一个相对优势的证明力，就可以据此产生行动。因为在证明的过程中，不确定性的消除与证明资源的耗费成正比，在证明资源有限的情况下，人们必须区分证明任务的轻重缓急，做出合理的资源分配。
对证明程度与方法的不同要求，在某些法证据学理论中被区分为严格证明与自由证明两种类型。对案件主要事实的证明为严格证明，需要通过法定证明方法以高度盖然性标准进行证明，而对案件非主要事实以及程序事实的证明则属自由证明，可以采用比较灵活的证明手段，达到基本能够认定的较低盖然性标准即可。这一组概念可以转移使用到其他部门证据学以及各部门证据学的相互比较中。例如，法证据学的证明总体上属于方法约束较严同时证明度要求较高的严格证明，而历史学的证明以及人们日常交往中的事实证明，在总体上则属方法比较灵活证明度要求较低的自由证明。
三、证据学方法
