独立董事制度设计上存在的缺陷，常常使独立董事履行职责过程中陷入矛盾和困惑之中。第一独立人格的矛盾。在制度设计层面要求独立董事必须博学、睿智。既要有经营管理、财务、法律方面的专业知识，又要有相应的实践经验。他们必须在经济利益和个人关系上与公司保持独立性，同时又必须广泛地掌握公司的经营状况和财务方面的信息，以便发表公正的独立见解；他必须保证足够的时间和精力为公司尽职尽责，负诚信和勤勉义务；同时又不得通过公司追求个人利益最大化。由此可见，独立董事几乎被主观地塑造为近于完人，致使其人格个性自存在着多重矛盾。其原因就在于对他的人格界定上，存在某些脱离实际的假想的成份。第二，独立董事的“独立性”不是绝对的，而是相对的，可变的。首先，法律在界定独立性时，无法穷尽影响独立董事独立判断的所有情形；其次，独立董事的独立品格与中国传统的文化难以调和。例如，中国文化中有给熟人“留面子”的“熟人主义”；集体主义至上的“集体主义”；另外，喜欢把事情个人化，我提出这个建议，你反对就是反对我。这样以来，独立董事在董事会这个集体中，因集体主义观念的束缚，碍着执行董事是熟人的面子，对人和对事无法区别对待，再多的独立意见也会被窒息。由此可知，在中国独立董事要发挥作用必须有反传统文化的精神。最后，独立董事当选之初尚能保持其独立性，但在任期过程中很可能被非执行董事所同化，从而失去独立性。按照企业管理的理论“高效管理”董事会的首要目标就是“理念趋同过程”，即董事会成员在企业发展战略等各方面有相同或相近的价值观，这是董事会决策快，没有根本性争吵和分歧的关键因素。然而，当独立董事向执行董事的价值观趋同时，独立董事也就完全丧失了存在的意义。第三，独立董事用来熟悉公司复杂业务的时间是有限的，于是独立董事进行判断就会依赖于一般的经验、常识、以及敏锐的商业头脑，而不是完全依赖于专业知识。由于独立董事不可能象执行董事那样化费较多的时间和精力深入了解公司的业务，因此，管理层就成为独立董事获取信息的主要渠道。这就可能使其受到来自管理层的歪曲、误导和不充分的信息所蒙蔽。可见，独立董事与执行董事及其他管理者在获取信息上存在着不对等性。这一切都势必影响独立董事作出判断的客观性。如果独立董事拿出更多的时间去了解公司的业务，掌握更加充分的信息，使其对公司决策的判断更加具有客观性。然而，这就必然增加他对公司的亲合性，从而导致其独立性的减损。最终，使独立董事陷入一个两难的境地，即：“独立董事越独立，他就越缺乏动力来努力工作；他越有动力努力工作，他就越不独立。[14]”第四，独立董事的激励机制难以建立。最好的公司治理结构安排是剩余索取权和控制权相对应，即拥有剩余索取权和承担风险的人应当拥有控制权。引入不占有剩余索取权的独立董事，要其监督同样是作为代理人的内部董事（经理层），其实是勉为其难。由于独立董事必须在经济利益方面与其服务的上市公司保持独立性，因此，他在经济上不能依赖于从公司取得的酬薪,否则，将削弱和影响其独立性。国外独立董事的报酬，一般由年薪、会议费或津贴的形式获得，并且与公司的业绩无关。公司通常不向外部董事支付大额报酬，而且其报酬极少，仅是对其劳务的补偿。独立董事为公司勤勉、细致和顽强的工作几乎得不到什么。“由于潜在的责任与独立董事所得的报酬太不成比例了，独立董事不但没有动力去工作，而且还会努力去避免各种风险。[15]”第五，独立并不等于公正。独立董事的独立性只是其作出公正判断的必要条件，但不是充分条件。除了独立性之外，信息收集是否全面、充分；诚信义务是否得到遵守；以及独立董事对权力、声望、地位和金钱的追求，都会影响其判断的公正性。有时，独立董事可以使经营管理层以公正的外貌来保护自己。如果有人指责其压制少数股东，他可以以获得了独立董事组成的董事会的同意，作为证明其行为公正性的证据。这就减少了本来可以使控股股东对自己的决定向公众承担全部责任的道德限制，甚至可以使控股股东免于法律责任。公正要求独立董事抱有“中立”的态度，不偏不倚，平等地保护全体股东的利益。因此，中国证监会《
关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》，要求独立董事“尤其要关注中小股东的合法权益不受损害”，既缺乏法理依据，也不符合公正的原则。
