从以上的分析可以看出，以
宪法——普通法律这样的自由主义宪政原则之中的法律效力等级来说明理论范式上的自然法——实在法的理论模型存在理论障碍。与
宪法的产生相联系的制宪权问题，
宪法运作过程之中的紧急状态权力问题，以及
宪法本身之中存在的终极权力问题都无法通过这种法律效力类型的区分而贯彻分权与制衡原则。通过自然法理论贯彻权力的制衡原则既不现实也不可能。
2、自然法学说－－超验的困境
自然法在本质上乃为一种超验的形而上的体系。理论上讲，它能给实在法提供价值准则，然而它本身并不能令人信服地解决自身的正当性问题。充其量，它只不过是把什么是良法的论争转变为自然法的内容应该是什么的论争。但是，由于持有不同价值观的人都倾向于认为，自己所赞同的价值观是正确的，合乎理性的，符合历史发展规律的。自然法理论对此不能提供一个为所有人或大多数人所认同的判断价值真伪的标准[17]。
自然法理论范式在其早期发展过程之中并没有表现出很突出的理论缺陷。这是因为，在西方世界中源于希腊－－罗马世界的传统价值观体系，经过基督教的整合，在中世纪以前基本上还是一致的，人们共享着大致相同的道德、伦理观念。在这一情境下，以宗教信条作为其内容，带有神法色彩的自然法学说，的确能为实在法提供能为公众所一致认可的价值准则。但是，自宗教改革开启价值多元之先河，启蒙运动没有实现想象中的理性的大一统，相反却引发了价值判断的相对化与个人化，个人获得了道德伦理价值观的“立法权”，原有的价值共识逐渐丧失。这导致原来属于道德、伦理共同体的人群只能依赖于共同的法律纽带而成为共同体的一部分。虽然法律以其最大的包容性获得了最大限度的社会团结，但是也因此而必须面对同一法律共同体中，持有不同的道德、伦理价值观团体彼此立场的协调问题[18]。在我看来，自由主义允许价值多元就是为了实现最大限度的社会团结。如果将同一共同体中某一价值观集团确立于优越的地位，那这一共同体就不是法律的共同体而是通过某一价值观标准将另外一部分人排除于共同体之外。在这一情况下，主张实质的价值判断的自然法理论就有可能沦为某种意识形态的辩护术或代言人。为了避免这种嫌疑，实证法学思潮开始兴起。
自然法学派对实证法学派的批评在很大程度上来自于实证法学理论避免对实在法进行价值判断的立场，从而有放纵罪恶的主张成为法律，宣称“恶法亦法”之嫌。但是，实证法学派坚持严格意义上的自由主义，避免对价值多元化的侵犯。这并不意味着不对实在法进行价值判断。对实在法的价值判断应该属于道德哲学与伦理学领域的问题[19]。对实证法学理论的兴起，必须结合近代社会生活发展的“私人化”趋势来加以理解。近代市民社会基本上就是一个私人化的社会，它不仅包括了经济活动的私人选择的自由，同时也包括道德、伦理判断的私人化。后者甚至对社会影响更为巨大[20]。因此，可以把实证法学思潮看作近代市民社会发展在法学领域的反响。自然法学者强调法律的道德性，并通过同时赋予法以规范性与正当性两重含义，来确保道德性之诉求。但是，这一理论范式把属于形而下的规范的范畴与属于形而上的价值判断的范畴混合于同一概念之中，不免会造成二者之间的紧张关系。其结果不是倒向于形而上的层面成为变相的道德哲学，就是倒向于形而下的层面而成为“实证主义的自然法”。有学者认为，卢梭与康德的政治哲学理论显现出深度的“悖反”：其政治哲学的理论表面上是自然法的，而其在国家与法律学说的神髓上则是法律实证主义的[21]。这是一个深刻的洞见。但是，不能称其为理论上的悖反。康德以其严密的理论逻辑发现了宪政原则的内在裂痕－－一国之内最高权力的来源问题无法在宪政理论的框架内说明，因而要求人民对此不加过问[22]。卢梭则以一个虚构的公意来消解人民主权（严格地说应是人民专政）中的专制色彩。他们的自然法理论之所以与实证法学有些暗合之处，其原因就在于他们试图在保留自然法理论范式的同时，避免该理论本身所具有的超验的因素。正是这一原因，导致他们的自然法学说实际上是一种向世俗化形态嬗变的自然法学说。这种自然法学说让处于超验世界之中的自然法的立法者（如自然，上帝，理性之类）隐退，但是，又以一种间接的方式使其在经验的世界之中复活。这种在此岸世界之中造神的运动实际上把对于法律良善恶劣的判断权交给了个别“口衔天宪”的普通人。说其为普通人，是基于一种最简单不过的关于人的认识能力的局限性的常识。但是，我们总是可以在历史上看到形形色色的在人间造神的运动。在这些运动的背后无不预示着一种认识论上的困境。这也就是说，自然法学说，为了避免其理论之中的认识论困境，无不以在世俗世界之中塑造出一个全知全能，永远正确的“准神”来完成其理论体系的建构。当这个“准神”开始宣布自然法的戒条时，可以说，自然法理论最终不可避免地会走向某种实证化的形态。在这种前提之下，来自自然法学对实证法学的某些指控自然发生动摇。
