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为落实《规划纲要》提出的各项任务，全面提升国际科技合作的层次和规模，“十一五”期间，应进一步加强统筹协调，强化政府引导，在政策环境营造、经费投入、计划体系建设等方面加大力度，创造有利环境，为国际科技合作的开展提供有力保障。
1. 加强宏观指导和统筹协调，建立健全跨部门、跨地区国际科技合作统筹协调机制和信息资源共享机制。
加强顶层设计和宏观管理，建立跨部门的国际科技合作工作部际联席会议制度，集成国内科技资源，协调对外科技合作。在部际协调机制下，根据需要设立若干专题工作组，负责具体项目的组织协调工作。鼓励部门和地方建立相应的行业或地区的国际科技合作统筹协调机制，在保障国家利益的前提下，发挥行业和区域优势，整合资源，协调一致对外开展国际科技合作，为国际科技合作的协调有序开展提供制度保障。建立跨部门、跨地区的国际科技合作信息资源共享平台和业务沟通机制，增强国际科技合作的整体能力和统筹协调能力。
2. 发挥国际科技合作计划引导作用，形成协调有序的对外开放与合作平台。
国际科技合作计划要以提升自主创新能力为目标，紧密围绕《规划纲要》确定重点合作领域和合作国别，积极支持我国科研人员开展国际科技合作，落实双边、多边政府间科技合作协议（协定）。加强国际科技合作计划与国家其它科技计划的衔接和配合，促进有关经费的集成，加强管理，提高经费使用效益，提高国际科技合作计划的针对性和服务国家战略的有效性，解决制约我国科技、经济和社会发展的重大科学问题和关键技术瓶颈，充分发挥国际科技合作计划的统筹引导作用，集成和整合全国科技资源，形成协调有序的对外开放和合作平台。
3. 完善政府间科技合作模式，努力提升合作层次和质量。
政府间双边、多边科技合作要围绕《规划纲要》的目标和任务，突出国家利益、维护国家安全，尽可能将国家的重点国际科技合作需求纳入政府间科技合作框架内。双边、多边政府间科技合作协议内容应在合作领域、政策对话、知识产权保护、企业参与机制、合办研究机构、人员交流、法律保障、税收等方面营造合作环境和条件，为开展合作提供支撑和保障。在双边、多边科技合作协议框架下，定期召开统筹协调会议，充分发挥部门和地方的积极性，加强资源整合，采取有效措施鼓励企业参加双边、多边合作。
4. 加大对国际科技合作的投入，形成多元化的投入体系。
加大政府财政对国际科技合作的投入，鼓励和引导企业、科研机构、高等学校、企业和社会各界对国际科技合作的投入，逐步形成多元化的国际科技合作投入体系。鼓励和支持我国科研机构、高等学校和企业通过各种渠道争取国外资金的投入，参与国际组织和其它国家（地区）设立的国际科技合作计划和项目研究，有效利用国外各类科技合作资金。
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