可以说，程序补正的过程也就是办案人员消除程序隐患、避免证据出现伪造、变造情况的过程。其实，“瑕疵证据”本身就属于因为侦查人员取证方式存在违法情况，使得该证据的真实性受到怀疑。而“瑕疵证据的补正”则是通过程序上的补充和纠正活动，来最终消除程序瑕疵，并保障证据真实性、可靠性的过程。一份曾经存在“程序瑕疵”的证据，经过这种补正过程，最终成功地被治愈成为合法的证据，并被法院采纳为定案的根据，这一过程足以显示出证据的真实性、认定事实的准确性，的确是程序补正制度存在的重要理由。
除了要消除人们对瑕疵证据真实性的怀疑以外，补正程序还体现了“诉讼经济”的理念。按照这一理念，诉讼活动要通过最低限度诉讼成本的投入，来获得最大的诉讼产出。那种动辄排除非法证据的裁判是违背诉讼经济原则的。因为对于公诉方提交的证据，仅仅因为侦查人员在取证手段上存在违反法律程序的情况，就将其排除于法庭之外，这显然导致侦查人员实施了无效的侦查活动，所投入的诉讼成本没有产出所预期的诉讼效果。但这种对非法证据的排除却是不得已的，是法院为了获得更大的诉讼利益，或者为了实现更为重要的诉讼价值，而不得不对诉讼效益作出的一种牺牲。但是，这种牺牲应当是物有所值的，而不能不考虑所付出的代价与最终收益之间的“性价比”。尤其是对于那种仅仅存在轻微程序违法情形的“瑕疵证据”，法院动辄采取否定其证据能力的裁决，肯定是得不偿失的。因为法院所要制裁的只是一些技术性的违规行为，所付出的代价却是将那些具有证明力的证据排除于法庭之外，并进而可能带来公诉方定罪证据被削弱的问题。
程序补正制度的建立，一方面可以督促办案人员消除原来在侦查程序方面存在的瑕疵和缺陷，另一方面对那些经过补正的瑕疵证据，也避免了排除于法庭之外的结局，维护了公诉方证据体系的完整性。这无论是对于诉讼程序的实施还是准确地惩治犯罪行为，都是一种双赢的结局。至少，法院通过程序补正制度的实施，避免了那种动辄排除控方证据的情况发生，使得侦查人员所收集的有罪证据没有失去用武之地，也使得这些瑕疵证据在真实性方面所存在的隐患得以消除，这其实是符合诉讼效益理念的制度设计。
（三）对“补正不能”的瑕疵证据予以排除的理由
了解了程序补正制度的正当性，也就容易理解为什么法院对于那些无法得到补正的“瑕疵证据”仍然要予以排除了。所谓“补正不能”，是指在法院发出程序补正的命令之后，办案人员仍然无法对瑕疵证据作出必要的补充和纠正，也无法给出合理的解释和说明。简而言之，“补正不能”意味着程序补正的失败，原有的程序瑕疵对于办案程序和诉讼结果的负面影响仍然存在。[27]而对于这种“补正不能”的瑕疵证据保留予以排除的权力，是两个证据规定所确立的重要规则。
之所以要排除那些“补正不能”的瑕疵证据，首先是考虑到办案人员没有成功地履行程序补正的义务，法院不得不对其实施一种程序上的制裁。法院一旦责令办案人员对瑕疵证据进行程序补正，实际等于要其承担带有法律后果的程序义务。法院既没有作出排除瑕疵证据的决定，也没有作出采纳该项瑕疵证据的裁决，而是将该证据的证据能力问题押后作出裁决。作为一种附条件的程序决定，“责令补正”等于给了办案人员进行必要补救的机会。但是，假如办案人员没有利用这一机会，甚至抗拒法院的补正命令，即构成对其义务的违反，则要承担相应的法律责任，也就是带有惩罚性的法律后果。排除“补正不能”的瑕疵证据，就是办案人员所要承受的消极后果。没有这种法律后果，任何办案人员都有可能拒绝执行法院的程序命令，那些本有机会加以补正的程序瑕疵也最终无法得到必要的补救。
其次，排除“补正不能”的瑕疵证据，也是为了避免法院采纳错误的公诉证据。既然程序瑕疵经过专门的程序补正仍然无法治愈，这说明原来潜存于瑕疵证据中的隐患并没有得到消除。例如，询问证人的笔录反映出“在同一时间段内，同一询问人员询问不同证人的”，这属于一种典型的瑕疵证据。这里存在着侦查人员伪造证言笔录的较大隐患。对于这种瑕疵证据，办案人员有义务解释这究竟是证据记录上发生了错误，还是询问程序上发生了违法情况。假如在法院提出程序补正的要求后，办案人员拒绝进行任何形式的补正，也不给出合理的解释和说明，或者所进行的补正无法消除人们对多份证言笔录真实性的怀疑，那么，这就足以说明伪造证言笔录的可能性并没有得到排除。对于这种可能存在伪造证据情况的瑕疵证据，法院唯有采取排除措施，才能避免错误采纳证据、错误认定事实的危险。
其实，面对一份瑕疵证据，法院责令办案人员进行程序补正，这本身就说明该证据存在着错误的可能性，但又没有充分的把握确认该项证据的虚假性。对于程序补正的命令，办案人员拒绝执行或者没有成功地履行补正义务的，就说明原来的隐患仍然存在，该瑕疵证据仍处于“真伪难辨”的状态，甚至伪造、变造的可能性仍然不能排除。对“补正不能”的瑕疵证据保留加以排除的权力，意味着法院对于案件的事实真相负有最后的审查责任。“法院的使命是裁断，而不是发现。”这句罗马法的格言也说明，面对是非不明、真伪难辨的瑕疵证据，在经过无效的补正程序之后，法官只有将其排除于法庭之外，才能成为公正的裁判者。
五、程序瑕疵的补正与治愈
在传统刑事诉讼理论中，“程序补正”又称为违法诉讼行为的治愈，是指法院对于那些情节轻微的程序性违法行为，在对其作出无效宣告的同时，允许侦查人员、公诉方或者下级法院重新实施特定的诉讼行为，在纠正原有程序性违法情况的前提下，重新制作相应的诉讼决定。例如，英美法中的“撤销起诉”制度，就允许法官作出“无不利后果的撤销起诉”，也就是法官在作出撤销起诉的裁定之后，允许检察官对公诉程序作出必要的补正，然后继续对被告人的同一行为提起公诉。[28]又如，对于初审法院违反法律程序的行为，各国都允许上诉法院作出撤销原判、发回重审的裁定。这里所说的“撤销原判”也就是宣告原审判决无效；而这里的“发回重审”其实就是责令下级法院另行组成法庭，重新进行初审程序的意思。[29]
大陆法中的诉讼行为无效制度，提供了另一类型的程序补正方式。这种程序补正不是通过法院责令侦查人员、公诉方重新实施诉讼行为，也不是以责令下级法院重新审理的方式来展开，而是将当事人在法定期限内未提出无效抗辩、放弃无效抗辩或者当事人因为主动行动致使违法情形失去消极后果等，视为违法行为得到补正或者治愈的标志。[30]
两个证据规定确立了瑕疵证据的补正规则。根据这一规则，对于侦查人员存在程序瑕疵的侦查行为，法院责令办案人员进行补正，或者给出合理的解释或说明。经过补正程序，对于那些成功得到补正的瑕疵证据，法院就将其视为程序瑕疵的治愈，可以直接采纳为定案的根据；相反对于那些办案人员拒绝补正或者没有成功补正的瑕疵证据，法院将视之为“没有得到治愈的瑕疵证据”，仍然保留排除的权力。可见，法院所要求的不是侦查人员对某一特定侦查行为进行补正，而是对其存在程序瑕疵的证据进行补充和纠正。法院不是首先作出侦查行为无效的宣告，更不是责令侦查人员重新实施某一侦查行为，而是仅仅要求侦查人员对特定的证据瑕疵进行补充和纠正。程序瑕疵并不以当事人放弃答辩或者接受违法行为的结果作为治愈的标志，而是由办案人员亲自进行补充和纠正的工作，并由法院最终来审查判断瑕疵是否得到了补正。
