（一）不利于减排技术的提升与发展。
日本现阶段仅将能源使用过程中产生的二氧化碳纳入交易对象，而未涵盖六种温室气体，此种作法在当今虽有一定的合理性，但随着减排时间的推移和减排力度的加大，必将涵盖六种温室气体。由于二氧化碳的减量成本高于其他温室气体，部分参加者可能选择减量成本较低的温室气体作为减量对象。这样易导致不公平，同时不利于减排技术的提升与发展。
（二）无法形成有效的运作市场。
日本温室气体排放权交易制度规模甚小，尚不能像欧盟、英国那样形成有效运作市场，仅仅是积累温室气体排放权交易经验与知识罢了，若欲形成有效市场，需大幅增加参加者。
（三）制度效果因试行期间过短而受到影响。
目前，欧盟温室气体排放权交易制度第一阶段为期3年，第二阶段及以后均为5年；英国温室气体排放权交易制度为期5年。而日本每期均为3年，并细分为3阶段。由于制度试行期间太短，以及参与制度的不确定性，参加者无法对削减排放量作长期性的规划，制度的环境有效性与经济效率性受到影响。
（四）分配方法欠科学性和合理性。
日本温室气体排放权的分配与其它国际温室气体排放权交易制度相同，大多采取溯往原则。此种分配方式使疏于削减排放量的承诺减排目标参加者，反而能分配到较多的排放权配额，因此，这样的分配方法并非科学、合理。
（五）设备补贴的弹性力度不够大。
为提高承诺减排目标参加者（排放源）自愿减排的积极性，日本对承诺减排目标参加者提供设备补贴，而英国则对达成了减量目标的直接参加者支付奖励金。两者相较，日本温室气体排放权交易制度则着眼于确实的减量，削弱其成本有效性。
四、可资借鉴的经验与启示
（一）组建统一协调的国家级高级决策机构
我国虽然于2007年6月成立了以温家宝总理为组长的国家应对气候变化领导小组，但该小组成员比较松散，很难统一协调。参考日本的经验，建议提升气候变化领导小组的地位，加强该机构的职能（尤其是政策、预算的制定），同时理顺政府各相关部门间的关系，扩大现有的气候变化专家委员会的人数，广泛吸收多领域（含法律、经济）权威专家的参与，组建类似于日本那样的“气候变化问题国际战略专门委员会”，为决策层拟定气候变化国际应对基本思路，使我国应对全球气候变化的战略和政策具有高科学水平和权威性。
