（二）碳排放权的初始分配采取何种方法尚无定论
在交易成本不为零的情况下，有效制度是提高交易效率的关键。碳排放权无形但具有稀缺性，由于其来源于法律创设，权利的初始分配就关系到整个碳交易市场的运行效率，碳排放权的初始分配成为碳交易市场的前提。目前欧盟的碳排放交易市场最为成熟和完善，根据欧盟等地区的实践，初始配额分配大多采取拍卖和无偿分配两种方式。
1．无偿分配
此种办法是将碳排放的初始配额免费发放给企业。优点是易于管理且成本较小。缺点是易于产生寻租行为，并且影响市场交易的公平。盖无偿分配有赖于政府和企业的博弈，因此在无偿分配机制下垄断企业受益较多。
2．拍卖
此种方式是企业参与竞价获得碳排放的初始配额。优点是可以减少腐败的产生，稳定碳排放权的市场价格，有利于维护市场交易公平，然而缺点是管理不便，并且成本较高。
从企业的角度看，无偿分配体制下企业可以无偿获得碳排放权的配额，成本低廉，因此企业出于自身利益考量而支持无偿分配。然而无偿分配的风险是极易导致权力寻租，而权力寻租必将阻碍交易的正常进行；经济学家们赞成拍卖方式，因为从市场效率来看，拍卖是实现最低减排成本的最佳途径。在公平性上，拍卖的方式优于无偿分配。然而拍卖的方法的推行阻力较大，因此欧盟在实践中，拍卖的配额比例只有5%，无偿分配的则是95%。
在实践中中国尚未出现该领域内的问题，并非中国的制度运行机制优于欧盟，而是由于现在中国不必承诺减排，因此国内企业不必强制减排，而只有自愿减排，碳排放权对于国内企业是一项可有可无的资产，换言之，碳排放权对于国内企业尚无任何价值。
（三）国内碳排放权交易市场现状混乱
虽然中国尚无须实行强制减排，但是由于清洁发展机制涉及到我国，我国作为碳排放权的重要出售国也因此建立碳排放权交易市场。目前的情况主要有几个问题：
1．各地争相建设碳排放权交易所，盲目建设，有卖无买。
我国已成立了四个碳排放交易所，包括成立于2008年的北京环境交易所、上海环境能源交易所、天津排放权交易所，以及2010年10月成立的深圳排放权交易所。而环境权益类交易所更是已多达9家，专业性环境交易所达19家。[7]各地方出于利益考量，纷纷抢占先机，先行建立交易所，然而在火热的交易所上，交易却极为冷清。[8]现有的国内碳买家多为履行社会责任的企业或个人，因而市场规模非常小。
