实际上，专利丛林的出现是由于专利制度本身的特点引起的，因为专利制度赋予了所有企业申请专利、合法获得垄断权并排斥他人的权利。很多国家为鼓励发明，既重视专利使用费的费率又重视专利侵权的赔偿费，以保障企业获得更多的研发投资补偿，从而激励企业进行创新。但柯塔姆（Kortum）的实证研究发现，虽然美国企业每年申请的专利数量在急剧增加，但用于研发的资金却并没有随之增加，这与专利政策的初衷显然相悖。布隆温（Bronwyn）认为，这其实是企业利用专利制度的特点，从企业战略的高度实施专利战略的结果，即通过申请包括垃圾专利在内的专利形成排他权组合，一方面形成保护范围更大的专利保护屏障，另一方面减少外部专利拥有者可能构筑的障碍，增加交易筹码，从而以更优惠的条件获得外部技术。
为克服专利丛林，不少企业在专利权斗争的囚徒式困境中努力寻求出路。一些企业通过相互间的专利交叉许可和专利联合授权等方式来解决专利丛林问题。专利交叉许可是指专利权人将各自拥有的专利相互授予对方；专利联合授权是指各方联合起来形成统一的产品行业技术标准，再由标准体系的知识产权管理部门对外实施统一许可。其目的都在于降低专利丛林带来的高额交易成本，避免昂贵的侵权诉讼费用，消除相互间的排斥，另一些企业聘请专家对专利丛林进行一一剖析，寻找和剔除专利权人不合理的专利主张，从而降低专利的使用费。如我国在引进浮法玻璃技术时，外方主张了300余项专利，技术转让费更高得惊人，但我国通过聘请专家仔细研究后发现，外方主张的专利不少是过期的或是权利主张存在问题的，最终经过谈判落实的专利只有10余项。而反观2002年，我国出口到欧盟的数千万台DVD因3C、6C企业主张8000多项专利被海关扣押，要求对每台DVD收取20美元的专利费。当时由于没有时间、精力和金钱去一一剖析，最终只好付费才算了事。还有一些国家为了整个产业的利益，组织相关企业和科研院所进行联合攻关，帮助企业绕过专利丛林。如上例中的DVD事件促使我国于2002年成立了数字音视频编解码技术标准（AVS）工作组，以绕过竞争性国际标准视频和音频数据压缩标准MPEG-4/H.264的上百项专利丛林。为了挡住专利投机分子，AVS工作组在成立之初，就认真分析了国内外标准和知识产权领域的经验教训，特别是标准制订和专利授权割裂的弊端，鼓励参与进来的企业通过设计制造大量符合标准的产品来谋利，防止出现专利阻碍标准制定与产品开发的僵局，对每台设备只收取一元人民币的专利使用费，并在工作组内部实行专利联合授权，对标准专利费用进行统一管理。经过几年的努力，他们成功地绕过了MPEG-4/H.264的专利丛林，建立了我国第一个音视频领域的基础性标准，并于2006年3月1日作为国家标准正式实施。
