重整式思路的优势在于对不起诉制度体系进行了系统改造，理顺了各不起诉种类之间的逻辑关系，明确将附条件不起诉界定为酌定不起诉之一种，避免了其与原有制度体系之间的匹配障碍。其问题在于改革幅度较大，尤其需要对酌定不起诉制度进行全面改革，附条件不起诉制度依附于酌定不起诉制度改革。而附条件不起诉的性质是否属于酌定不起诉（或称裁量不起诉），在学界仍存在争议。例如，有学者认为，暂缓起诉（附条件不起诉）是一种待诉权，检察机关附条件地保留了追诉权力，整个诉讼过程处于待定状态；而酌定不起诉则是检察机关放弃了对犯罪嫌疑人进行追诉的权力，对犯罪嫌疑人既无考验的期限，也不再对犯罪嫌疑人已经实施的行为再行追诉，整个诉讼程序就此终止。因此，虽然暂缓起诉也是检察官起诉裁量权的一种，但本质上与酌定不起诉截然不同，将暂缓起诉视为酌定不起诉的一种是不符合诉讼制度的基本法理的。[17]这种反对观点在学界具有一定的代表性。
阶梯式思路的优势在于回避了对不起诉制度体系的大幅度改革，将附条件不起诉定位为我国刑事诉讼法中的第四种不起诉种类，在划定的范围内满足对某些被告人人身危险性进行检验、规制被告人行为、预防再犯、更有效地分流案件等司法实践需要，而且在表述上以嫌疑人可能判处的刑期为界限在附条件不起诉与酌定不起诉之间划出了较为清晰的制度边界。其问题在于，如果我们承认目前适用酌定不起诉的案件存在受办案期限限制，无法准确判断被告人的人身危险性，缺乏对被告人的规制改造的功能缺陷，那么在保留现有案件适用范围不变的情况下直接将其改造为无条件不起诉，实际上并没有解决这部分案件处理过程中存在的制度缺陷。有学者指出，对属于酌定不起诉范围的案件规定一定的考验期（以及对嫌疑人设定特定义务），是能够找到法律依据的。因为根据刑法和高检院规则的规定，对不需要判处刑罚的人，在作出处理时可以训诫、责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，还可以转交给有关主管机关作其他处理，这可以理解为设定考验期和特定义务的依据。如果超过了刑诉法规定的裁量不起诉的范围就没有法律上的根据了。[18]如此看来，阶梯式思路是将原本能找到一定依据设定考验期（以及对嫌疑人设定特定义务），也有设定考验期需要的酌定不起诉案件范围划到了适用考验期的范围之外，有顾此失彼之嫌。此外，对于酌定不起诉的案件适用范围理论界和实务界理解不一，附条件不起诉的适用范围是否是其刑罚范围之上的加重档次不无疑问，实践中二者能否呈阶梯式适用很难把握。
交叉式思路的优势在于也回避了对不起诉制度体系的大幅度改革，将附条件不起诉设计为一种特别制度形式，以明确规定特定适用主体的方式，淡化处理了其与酌定不起诉的界限划分，将属于酌定不起诉范围的部分案件也纳入了附条件不起诉范围，实现了附条件不起诉的制度初衷，也增强了其在司法实践中的可操作性。其问题在于，首先，限定特定适用主体体现出这一思路的过渡性和局限性，也有违附条件不起诉的制度初衷，会大大影响案件适用数量，难以达到通过大量适用附条件不起诉实现诉讼分流、节约司法资源的目的，同时也难以实现其作为正式规则的普遍适用性。其次，淡化处理与酌定不起诉的界限并未能从根本上解决二者的关系问题，反而容易使实务部门在具体适用过程中产生困惑，无所适从。此次向社会征求意见的刑事诉讼法修正案草案将附条件不起诉的适用主体局限于未成年人，将附条件不起诉的条件限定为可能判处一年有期徒刑以下刑罚，表明立法者无意动摇现行刑诉法所规定的不起诉制度体系，仅仅希望以特别制度的形式对目前的制度不足作出弥补。但适用主体仅限于未成年人显然有违附条件不起诉制度的基本理念，对未成年人之外的非特殊主体有待遇不公之嫌。将附条件不起诉的条件限定为可能判处一年有期徒刑以下刑罚，在实践中也不好把握，因为刑法规定的法定最高刑为一年有期徒刑的情况原本就很少，未必有明显效果，且此规定也更易使实务部门在选择酌定不起诉还是附条件不起诉时产生适用困惑，出现做法不一的情况。
