1、与农村地区集体土地征收的补偿有所区别。

　　按照法律规定，征收土地的，按被征收土地的原用途给予补偿。征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。因而，对农村集体土地征收的补偿主要是对耕地、宅基地和道路的补偿，其补偿标准我国法律有明确规定，此处就不再详述。但遗址区内征地补偿虽然也是对集体土地而言，但遗址区位于城镇范围内，如果单纯按照土地管理法规定的补偿标准进行补偿，将很难满足村集体和农民个人日后的生产生活的基本需要，应当考虑到遗址区内土地、人口的实际情况，采用有别于农村集体土地征收补偿的方式。

　　2、不能直接适用《城市房屋拆迁管理条例》的规定。

　　按照该条例“在城市规划区内国有土地上实施房屋拆迁，并需要对被拆迁人补偿、安置的，适用本条例”的规定，对城市规划区内集体土地进行征收，并对地上建筑物、构筑物和附着物显然不能直接适用该条例规定的安置补偿标准。但城市规划区内的集体土地依法被征收后，该土地上的房屋的拆迁及相关人员的安置能否适用上述条例的规定呢？这是一个值得探讨的问题。按照《土地管理法》的规定，集体土地征收后的补偿安置不管是耕地或是其他土地，其具体的补偿标准和数额要根据当地的实际情况和能否最大限度体现公平合理补偿作为准绳，最终的确定权利由省级人民政府结合客观生产生活等具体情况来行使。这表明对于集体土地征收的补偿、集体土地征收过程中房屋等地上建筑物、构筑物和附着物的补偿以及被征地人员的安置都是有土地管理法及其相配套的法律法规来进行的，作为下位法的《城市房屋拆迁管理条例》不能直接作为集体土地房屋征收补偿安置的法律依据。但立法机关可以通过地方立法的形式在土地征收安置补偿中参照适用。这样做的好处有两个：第一，能够最大限度体现公平适当补偿原则，满足不同地域集体土地的征收补偿安置的需要，使被征地人员生活有所保障，维护社会稳定；第二，能够将城市规划区内集体土地征收补偿安置与国有土地上的拆迁安置补偿相区别，减小城市化的阻力。