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2．分则
前面已经述及，《条例》应该是综合性立法。作为综合性立法，《条例》分则规定的内容相应地也比较繁多。分则应该重点规定管理体制、设立和撤销制度、投资和企业制度、贸易制度、金融制度、税收制度、房地产制度、监管制度等。
（1）管理体制
良好的管理体制是自由贸易区健康发展的前提条件。自由贸易区管理体制包括两方面的内容，即宏观管理体制和微观管理体制。在宏观层面，我国现已有15个保税区，但是在中央一级并没有专门的宏观管理机构。各部委只是在各自的权限范围内进行相关的管理，政出多门的现象无法避免。广东省有6个保税区，《广东省保税区管理条例》注意到了宏观管理的重要性，该《条例》第5条规定，全省保税区综合协调管理工作，由省人民政府指定有关部门负责。对于全国范围内的自由贸易区宏观管理，可以考虑，确定一个部委或者重新设立专门机构进行，其主要职权至少应包括：受理和审批设立自由贸易区的申请；监督检查自由贸易区的日常运营状况；负责全国自由贸易区的总体规划和全面管理；与全国人大、地方人大、各部委进行联系、协商；制定自由贸易区的各项政策和管理措施；等等。[78]同时，对这一宏观管理机构与海关、外贸和税务等机构的管理体制也要理顺。
在微观管理方面，前已述及，国外的自由贸易区有三种管理模式，即组织管理模式、行政管理模式和混合管理模式。我国现有的保税区微观管理模式有其自身的特点。一般设立管委会或管理局对保税区实行综合管理，管委会或管理局是所在地方政府的派出机构，对于工商、环保、劳动、财政、规划、投资等事宜授权管委会或管理局执行，同时在区内设立海关、商检、动植物检疫、税务等机构，从事其相关业务。此外，一般设立开发公司，负责保税区的土地开发及其它公共事业。这种管理模式存在的问题是，保税区往往受到地方政府及相关职能部门的掣肘，地方政府往往把保税区当作一般的行政区域看待，没有认识到保税区的特殊性。
我们认为，基于我国的实际国情和已有保税区微观管理模式存在的问题，将来自由贸易区的微观管理模式还是应该采取行政（政府）管理模式。具体而言，自由贸易区作为一个不同于普通行政区域的特殊经济区域，其管理体制必须实行一元化管理，力避多头管理，确立自由贸易区管理机构的权威性，这样才能对国际市场的变化作出灵敏、准确的反应。因此，在《条例》中应该充分授权于自由贸易区的管理机构，确保管理机构的权威性，减少其他部门对自由贸易区的不当干预。对于政府各职能部门，除海关、税务、商检、动植物检疫和卫生检疫等机构外，原则上在区内不设立机构；相关业务授权自由贸易区管理机构执行。以保证自由贸易区管理机构的权威性。另外，对于管理机构与开发公司实施合二为一的开发建设体制。开发公司主要从事基础设施的建设与维护，提供公共服务。实践证明，采用政企彻底分开的开发模式，无法保证招商引资和整体开发工作的正常开展。[79]
总之，应在《条例》中对自由贸易区的宏观和微观管理体制作出明确地规定，对相关主体的权力、义务、职权、职责都要有合理地配置。
此外，可以借鉴美国对外贸易区协会（NAFTZ）[80]的做法，规定自由贸易区协会，该协会可以就自由贸易区发展的相关问题进行研讨，向相关部门提供咨询建议。
（2）设立和撤销制度
设立和撤销制度是和管理体制密切相关的。随着全国经济的发展和区域经济发展的需要，还需要设立新的自由贸易区。比如在西部地区，可以根据经济发展和国家实行西部大开发战略的需要，在特定地区设立新的自由贸易区，以促进区域经济的发展。同时，对已有的自由贸易区由于其本身的运行状况以及周边经济的发展变化，也有必要作出调整。因此，《条例》应该对自由贸易区的申请者、设立和撤销的条件、审批程序等作出详细地规定。为了避免私人企业给审批机构造成压力，使自由贸易区的设立偏离法定的目的，[81]应该规定只有相关的地方政府才能作为自由贸易区的申请者。自由贸易区设立和撤销的主要目的应该是为了公共利益，为了更好的体现公共利益，对于设立和撤销自由贸易区，可以借鉴美国的相关做法，[82]都应该举行听证会。在一般的自由贸易区建设及其监管制度比较成熟的前提下，也可以借鉴美国的做法，规定自由贸易分区，对其设立条件、审批程序作出规定。使得不能在一般的自由贸易区从事经营的企业也能够利用自由贸易区的优越条件。
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