在流转税方面，对于进口环节的增值税、消费税应该免缴，对于区内企业的增值税、营业税和消费税应该给予一定的优惠。自由贸易区内的企业在区内销售货物或提供加工、修理修配劳务，免征增值税；自由贸易区内的企业应缴纳的消费税，一率免征；自由贸易区内的企业提供属于营业税征收范围的劳务，应按照税法规定征收营业税。[83]在出口退税方面，因为自由贸易区相当于“关外”，因此国内商品进入保税区就相当于出口，这样这些商品就应该可以享受出口退税的优惠制度。我国现有的《
保税区海关监管办法》第
13条规定，从保税区进入非保税区的货物，按照进口货物办理手续；从非保税区进入保税区的货物，按照出口货物办理手续，出口退税按照国家有关规定办理。海关对保税区与非保税区之间进出的货物，按照国家有关进出口管理的规定实施监管。但是在实践中，由于有关部门对保税区性质认识的不一致，比如海关、财政部门同意将保税区企业视为境外企业，货物从非保税区卖到保税区视同出口，按国家政策予以退税；税务部门则把保税区企业视为境内企业，只有等到货物真正出口方能退税，这样使得退税并没有得到真正落实。《条例》应该通过制定完善的退税制度改变这一现状。
在所得税方面，我国传统的税收优惠主要体现在所得税上，凡是经济特区、经济技术开发区适用的所得税收优惠制度都适用于保税区。过去税收优惠的一个突出特点是对涉外企业给予了大量的优惠。加入WTO以后，自由贸易区也要遵循国民待遇原则，因此，就不能制定专门针对涉外企业的所得税收优惠，应该以产业为导向，制定鼓励相关产业，如高新技术产业的所得税收优惠制度。在企业所得税方面，应以税收直接优惠和间接优惠相结合，以间接优惠为主。具体而言，可以规定税收减免、费用扣除、税前列支、投资抵免、税额豁免、延期纳税、亏损结转、加速折旧、先征后返等优惠制度。[84]此外，在所得税收优惠方面，可以考虑企业所得税和个人所得税相结合的所得税收优惠制度，即在对企业所得给予企业所得税优惠的前提下，对投资于自由贸易区取得的所得及工资、薪金等所得给予个人所得税方面的优惠，力求所得税优惠制度取得最优的效果。
在其他税收方面，对于契税、房产税、土地增值税、车辆购置税和车船使用税等也可以考虑对自由贸易区区企业制定较为优惠的制度。
（7）房地产法律制度
应该借鉴保税区立法中关于房地产方面的规定，制定自由贸易区的房地产法律制度。自由贸易区的土地使用权出让可以授权自由贸易区管理机构代表国家进行出让，和受让人签订国有土地使用权出让合同。国有土地使用权出让金应该用于自由贸易区的基础设施建设。对于发生在自由贸易区内的土地或房屋转让、抵押等，也可以规定在自由贸易区管理机构办理登记手续。
（8）监管法律制度
自由贸易区的自由化与监管并不矛盾，合理的监管更有利于发挥其自由化的优势。监管法律制度主要包括海关监管法律制度和商检、动植物检疫和卫生检疫法律制度。
在海关监管法律制度方面。我国现有的《
保税区海关监管办法》由于其对保税区性质的界定存在不足，使得其规定的海关监管法律制度并完全适合将来的自由贸易区。应借鉴国外自由贸易区的做法，简化海关监管手续，体现自由贸易区的特色，做到“一线放开，二线管住，区内不干预”，真正发挥自由贸易区的优势。海关的监管重点应该放在“二线”。对区内的相关经济活动原则上不予干预。我国现有的相关立法规定，允许在保税区的仓库内进行货物分级、包装、挑选、贴商标等商业性简单加工，但须事先经海关同意。在未来的自由贸易区，这些经济活动应该由相关企业自由选择，无须有关机构的审批。
