目前来看，对于原告刘燕文最有利的、直接的法律依据，是最高人民法院颁布的关于《
行政诉讼法》的新的司法解释，其中第
42条规定：“公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该具体行政行为内容之日起计算。对涉及不动产的具体行政行为从作出之日起超过20年、其他具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。”本案中，原告刘燕文提供了北京大学为其颁发的（96）研结证字第001号研究生结业证书，被告据此认为，原告已于1996年1月得知了被告不为其颁发博士毕业证、向其颁发研究生结业证的决定事实。而原告认为，结业证的实际送达时间应在1996年春节后，而不是结业证上的落款日期，且原告一直在向被告反映其要求，并等待被告的回音，故并未超出诉讼时效。一审法院最后认定：“上述证据表明北京大学已于1996年1月作出了对原告刘燕文颁发研究生结业证、其博士学位论文未获通过、不授予其博士学位的决定的事实”，并且认为“校学位委员会应将此决定向本人送达或宣布。……在作出决定之后，也未将决定向刘燕文实际送达，影响了刘燕文向有关部门提出申诉或提起诉讼权利的行使……”[48]在这里，是否可以认为校学位评定委员会未将决定向刘燕文实际送达，是一个让人质疑的问题，因为原告手中拥有北京大学颁发的结业证书是一个不争的事实。再进一步而言，似乎也难以据此认定本案属于新司法解释第42条规定的情形——相对方不知道具体行政行为内容，因而诉讼时效作相应延长。本案中，根据前面所引用的“原告诉称”，应当说，原告对于颁发结业证、不授予博士学位的决定是知晓的。现在，我们再来看一看新司法解释第43条的规定：“由于不属于起诉人自身的原因超过起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期间内。……”这样似乎很容易得出结论——刘燕文一直为保障自身权利作多方努力，导致本案超出起诉期限的原因并不属于刘燕文本人，这与第43条规定的情形相吻合，因此，被耽误的时间不计算在起诉期间内，本案的诉讼时效并未超出。至此，这一问题似乎已有了答案，但情况并非如此简单，紧接着的一个问题就是——本案能否适用从2000年3月10日起施行的新司法解释？本案所涉被告的具体行政行为发生在1996年1月，而原告于1999年10月提起行政诉讼，一审判决于1999年12月17日作出，二审裁定于2000年4月30日作出，那么，本案发回一审法院重审之后，在法律适用方面，应当作何等考量呢？法律的适用“不溯及既往”是公认的一个原则，当然在这里最有力的一个反驳的依据是2000年3月15日通过的《
中华人民共和国立法法》的规定，其中第
84条规定：“法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。”然而这里又引发两个问题——一是新的司法解释并未对其适用方面“溯及既往”作出“特别规定”，二是《
立法法》本身是从2000年7月1日起施行。总之，有关诉讼时效的问题是一个争论点很多的问题，应当说，设置诉讼时效制度的目的是为了督促当事人及时行使自己的权利，而不是为当事人行使权利增设一个过高的门坎，如何严格适用法律，而又不因过分拘泥于法律文字而有违法律公正之目的，是一个需要深入探讨的问题。
与诉讼时效相关的另一个问题是——举证责任问题。《
行政诉讼法》原司法解释第
29条规定：“对原告起诉是否超过起诉期限有争议的，由被告负举证责任。”新司法解释 第27条规定：“原告对下列事项承担举证责任：（一）证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外；……”因此，在行政诉讼中，如果被告行政主体提出案件超过诉讼时效，则应由被告承担举证责任。在本案中，如前所述，被告依据原告刘燕文提供了北京大学为其颁发的（96）研结证字第001号研究生结业证书的事实，认为本案已超过诉讼时效，这一主张是否有足够的说服力？此外，原告诉称其曾经向北京大学多次询问，曾经于1997年向法院起诉，未被受理，这些主张是否应有足够的证据加以证明？倘若我们认为被告的主张具有足够的说服力，那么是否可以就此断定被告关于诉讼时效的举证责任已经完成，而此后原告就该事项提出的反驳，就应当由原告提供相应证据加以证明？也就是说，在此种情况下，原告实际也承担了一定的举证责任。在
行政诉讼法领域，为保障相对方的权利，规定超过诉讼时效的举证责任由被告承担，但这里有一个证明标准的问题——在何种情形下，行政主体的举证责任因符合证明标准而完成？而此后原告对于诉讼时效所提出的新的主张是否应由原告来承担相应的举证责任，抑或仍然要求由被告承担举证责任？我国目前仅笼统规定由被告承担举证责任，缺乏细致明确的证据规则，而事实上举证责任不可能完全由被告一方承担。在美国证据理论上，认为在每起诉讼中对于每个争议均存在三种责任，即主张责任（pleading burden）,举证责任(production burden)和说服责任(persuasion burden)。主张责任就是提出诉讼主张或请求的义务；举证责任就是提出证据证明诉讼主张或请求的义务；说服责任就是使事实的裁判者相信其举证证明的争议或事实的存在与否达到法律规定的程度的义务。后两者合称证明责任（burdens of proof），即按照法律要求的证明程度和标准证明待证事实或争议的义务。[49]对照本案，原被告双方就诉讼时效问题在举证责任上应作怎样的分配，一方面应充分考虑到行政相对方相对于行政主体处于弱势，不宜过分加重其举证责任，另一方面也应当考虑到证明标准、举证责任的转移等问题，以求做到公正合理。
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七、毕业证问题
本案中，围绕毕业证问题，原被告双方也展开了激烈的争论。争论的焦点在于原国家教委1995年2月颁布的《
研究生学籍管理规定》及北京大学1995年5月制定的《北京大学研究生学籍管理实施细则》的相关规定。
原国家教委颁布的《
研究生学籍管理规定》第
33条规定，颁发博士毕业证书的条件是：“研究生按培养计划的规定，完成课程学习和必修环节，成绩合格，完成毕业（学位）论文并通过答辩，准予毕业并发给毕业证书。”《北京大学研究生学籍管理实施细则》第21条第2款规定：“博士学位研究生完成培养计划规定的全部学习任务，成绩合格，并通过论文答辩，由所在院（系、所、中心）将全部博士学位报批材料送学位办公室审核，经学位评定委员会讨论通过后，按规定发给博士毕业证书和学位证书。”这二者的规定是否一致呢？
