我们主张对现行制度作相应的修改与补充。应以法律明确规定，全体成员的三分之二或二分之一以上出席会议，方为有效。出席有效会议的人员三分之二或二分之一以上投赞成票，方为通过。这样就可以避免现存制度中隐藏的极不合理现象的出现。可以假设，本案中若赞成票为10票，其余6票为反对票或弃权票，而全体成员不以16人而是以21人计算的话，那么，同样会出现不能授予其博士学位的结果。
投票问题中另一个争论的焦点是——弃权票在投票中的地位问题。弃权票的含义是：对表决的事项既不赞成，也不反对。如上所述，我国传统的计票方法是计算赞成票与总票数之比，而弃权票是包含在总票数之内的，因此实际上，把弃权票与反对票同等对待。此种计票方法是否科学？是否有违弃权票之中立地位？联合国教科文组织议事规则第82条对“出席及参加表决的会员国”一词的含义明确规定为“本规则中的‘出席及参加表决的会员国’一词系指投赞成票或反对票的会员。会员弃权者称为‘未参加表决者’”。[41]此种做法是将弃权者与未出席者处于同样地位。在日本各议院，弃权票不算在投票总数之内，但把白票（无任何记载的投票）及其他无效投票算进投票总数之中。[42]结合本案，把弃权票计算在总票数之内，是否适当，是否能较准确地反映投票者的意愿，都是可以讨论的问题，但应该说，在目前这更多属于合理性的范畴，而非合法性的范畴。同时，一个有趣的问题是：本案中，同意票在票上显示为划O，反对票在票上显示为划X，既未在票上划X，也未划O的为弃权票。[43]即是说，把在票上未作任何记载的票作为弃权票处理。对于这类票是作弃权票处理，还是作白票来处理更为合适，也是一个值得思考的问题。此外，如果不把弃权票计入总票数，则在弃权票数量较多的情况下，获得的赞成票虽然较少，却很可能符合“过半数通过”的条件，那么此时是否又存在着另一种不合理呢？与弃权票相关的另一个问题是：是否允许投弃权票？我们仍然从一审法院的判决出发，为了避免无休止地重新表决下去，唯一的解决之道就是——杜绝弃权票。这种做法的好处在于简单明确，绕开了弃权票地位这样一个棘手的问题。但是另一方面，目前我国未有法律明令禁止投弃权票，弃权票的存在似乎有其合法的基础；另一方面，不允许投弃权票，是否也是对投票者自由表达意愿的一种限制？或者，从另一个角度来讲，校学位评定委员会委员们的投票行为是行使国家公权力的行为，因此在此种情形下，不允许投弃权票。但是，该行为毕竟也是一种学术评价行为，若要求委员们对一篇申请学位的论文必须作出“非此即彼”的选择是否合理？是否能够反映他们对论文的真实评价和认知程度？
最后，谈一谈记名投票与无记名投票的问题。本案中，如前所述，原告在诉状中多次强调，“论文未获通过，主要原因不是论文存在什么问题，而是人为的问题”。如何在投票中减少“人为问题”的干扰，更重要的是，让相对方信任投票机制的公正性，我们认为，以记名投票取代无记名投票不失为解决问题的一个较好办法。无记名投票固然利于投票者自由表达意愿，但对于投票者本身的监督则相对薄弱。相反，实行记名投票制在增强投票者的责任心，监督投票者秉公投票方面具有较明显优势，同时，对于学位评定委员会这样组成人员并不众多的机构而言，实行记名投票也具有可操作性。此外，我们主张，在实行记名投票中，进一步要求投反对票或弃权票者必须附注理由。这样更有利于对投票者实施严格的监督。
六、诉讼时效
本案中诉讼时效一直是一个引人注目的问题，随着二审法院以原审法院未能查清诉讼时效问题为由，撤销原判，发回重审，[44]这一问题无疑又更加突出地摆在了人们的面前。
在一审法院的判决书上，我们可以看到刘燕文的陈述——“原告刘燕文诉称，……根据规定，论文没有通过答辩的才发给结业证。其在论文未获通过后，曾向各方面了解其论文存在的问题，才发现论文未获通过，主要原因不是论文存在什么问题，而是人为的问题。其在此之后曾经向北京大学多次询问，北京大学给予的答复是无可奉告。其向校长反映，得到的答复是‘研究一下’，但此后再无下文。为此其也曾向国家教委学位办公室反映，学位办说已责成北大给予答复，然而其一直未得到消息。其曾经于1997年向法院起诉，未被受理。在此次起诉前，其也通知了学校，学校仍不管。其在没有办法的情况下，才向法院诉讼……”[45]
《
行政诉讼法》第
39条规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出，法律另有规定的除外。”而《
最高人民法院关于贯彻执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的意见（试行）》第
35条规定：“行政机关作出具体行政行为时，未告知当事人的诉权或者起诉期限，致使当事人逾期向人民法院起诉的，其起诉期限从当事人实际知道诉权或者起诉期限时计算，但逾期的期间最长不得超过一年。”这就是通常所熟知的一年零三个月的起诉期限。至于在行政诉讼中是否可以借鉴民法领域的规则，实行诉讼时效的中断，[46]在一审结束之后，2000年3月10日颁布的《
最高人民法院关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》第
97条作了明确规定：“人民法院审理行政案件，除依照
行政诉讼法和本解释外，可以参照民事诉讼的有关规定。”但就一审期间而言，法律对此并没有明文规定，不过我们可以注意到，在1989年《
行政诉讼法》颁布之前，1982年《
民事诉讼法（试行）第
3条第2款规定：“法律规定由人民法院审理的行政案件，适用本法规定。”因此，在行政诉讼领域中参照适用民法领域的有关规则，在当时也是一个值得探讨和商榷的问题。在本案一审判决中，对于诉讼时效问题，法院认为：“被告作出不批准决定后，刘燕文曾向其反映不同意见，被告提出让刘燕文等候答复，但直到刘燕文向本院起诉时止，被告一直未向刘燕文作出明确的答复，故原告刘燕文的起诉未超出法定的诉讼时效。”在这里一方面并没有适用诉讼时效中断规则，另一方面则会导致这样一个结论——行政相对方向行政主体主张权利，行政主体表示要答复，则行政相对方可以无期限限制地等待答复，即在此种情况下，诉讼时效无限延长，这多少显得不合常理。韦德在《行政法》一书中提到这样一个案件：考试不合格被勒令退学的学生本当得到听证，但他们一直拖了7个月才提起法律诉讼，因而不能使用调卷令与强制令，因为法院不愿给“那些在权利上睡大觉的人”批准特权救济。[47]当然在本案中，刘燕文与“在权利上睡大觉的人”不可同日而语，这里还涉及哪一方对诉讼时效的超出承担责任的问题。但如何公正合理而又令人信服地解决本案所涉及的诉讼时效问题，应该说，一审法院的判决在这一点上并不令人满意。
